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关于小儿的生理病理特点，历代医家续有论述。如《灵枢·逆顺肥瘦》最早提出：“婴儿者，其肉脆、血少、气弱。”《诸病源候论·小儿杂病诸候》则指出“小儿脏腑之气软弱。”《颅囟经·脉法》论述：“凡孩子三岁已下，呼为纯阳，元气未散。”
钱乙在前辈医家的启发下，结合临床观察，提出：小儿“脏腑柔弱，五脏六腑成而未全……全而未壮。”（《小儿药证直诀·脉证治法》）并从脏腑发育角度明确了小儿的生理特点。钱氏论小儿五脏不足，尤其重视脾、肺、肾。《小儿药证直诀·脉证治法》有多处“脾脏怯也”“脾脏虚也”等论述，脾为后天之本，气血生化之源，小儿脾胃功能尚未健全，但生长发育较快，所需气血供养较多，因而脾胃运化功能的负荷较重；加上小儿饮食不能自节，更易于损伤脾胃，发生食积、吐泻、疳证、伤风腹胀等疾病，故后世有“脾常不足”之说。肺主气，外合皮毛。小儿肺系发育未全，卫外功能较差，形气未充，腠理疏松；加之衣着冷暖不能自调，一旦受邪，肺首当其冲而出现发热，咳嗽，气急喘息，故云“肺脏怯”。肾为先天之本，内藏精气，生后必“受五脏六腑之精而藏之”以助生长发育。但是，小儿五脏六腑全而未壮，精血化源不足，势必造成肾中精气相对不足，易于发生胎怯、立迟、行迟、齿迟、鸡胸、解颅等虚弱病证，故称“肾主虚，无实也。”
对于小儿病理的认识，该书原序中指出“易虚易实、易寒易热”，这是对小儿病理特点的高度概括。小儿病情常受其体质强弱和医生用药性能的影响，邪气易实而正气易虚，实证转为虚证，虚证转为实证，寒证变为热证，热证变为寒证的病理变化均属常见。钱氏认为小儿急性外感疾病之初，多为实证、热证，故阳热亢盛、津液耗伤是其常见病机。但是，热邪既能伤阴也能耗气，久治不愈之外感咳嗽、哮喘等，也常见有阳气不足之证，故有时也要用到益气养阴温阳等法。如对疳证的成因，他提出是误下太过，亡津液所致，“小儿易虚易实，下之既过，胃中津液耗损，渐令疳瘦”（《小儿药证直诀·脉证治法》）。并说治疗虚实腹胀要注意不可过服寒热攻补之剂，因“小儿易为虚实，脾虚不受寒温，服寒则生冷，服温则生热，当识此勿误也。”（《小儿药证直诀·脉证治法》）告诫后人治疗小儿疾病要及时正确谨慎，时刻注意辨别疾病虚实寒热变化。