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1949年中华人民共和国成立后，政府十分重视儿童健康，在发展我国传统医学的政策支持下，在现代科学技术日新月异的学术氛围中，中医儿科学也进入了快速发展的新时期。
20世纪50年代开始了现代中医中等和高等教育，1978年开始中医儿科学硕士生教育，1987年开始中医儿科学博士生教育，2005年有了中医儿科学博士后，2017年又建立了中医儿科学本科专业，中医儿科学完整的人才培养体系已经形成。大批专门人才的培养，使中医儿科队伍素质不断提高，成为学科发展的有力保证。
从20世纪50年代起，编写出版了适用于中医学专业中专、大专、本科、研究生各层次教学的多版中医儿科学教材，2019年又组织编写了中医儿科学专业系列教材。这些中医儿科学教材的编写出版，比较系统、完整地同步反映了中医儿科学的学术进展，适用于现代中医儿科人才的培养，而且为现代中医儿科医疗、科研的需要，提供了比较规范的参考书。
在现代院校教育的同时，中医传统的师承教育方式在现代继续采用。由各级政府、医院主导的中医儿科“师带徒”层层开展，以徒弟跟师临床为主，记录病案，研习导师学术思想与临床经验，阅读古代文献，为学科培养了一批熟悉传统理论，能应用中医学思维处理儿科临床问题的人才。全国老中医药专家学术经验继承人已经培养六批，以师承教育和院校教育两种形式相结合，产生了数以百计的中医儿科学术继承人。
近70年来，通过影印或重新编排，点注校译等各种形式，全面整理出版了历代儿科名著，利用现代传媒手段，使过去普通学人难以窥见全貌的古代中医儿科各家著作全面展现出来，对于现代中医儿科工作者学习前人论说带来了极大的方便。1990年张奇文主编、江育仁主审出版了《儿科医籍辑要丛书》1套6册；2002年陆力生、李迎辉主编，汪受传、陆现彩主审出版了《中医儿科古代文献数据库》光盘。全面整理了历代中医著作，选辑其中对现代儿科临床有指导意义的内容作了归类点注，光盘更提供了多种检索手段，为儿科临床、教学、科研提供了便捷的古代文献查找工具。
现代中医儿科基础理论研究的学术争鸣活跃，通过学术书刊、学术会议等平台的交流研讨，在许多中医儿科基本理论问题上的认识渐趋一致。就小儿生长发育、生理病理等方面若干理论问题，如“纯阳”“稚阴稚阳”“变蒸”、五脏“不足”“有余”等的学术探讨，促进了认识的趋同。例如，对于始自西晋王叔和的“变蒸”学说，经过对传统记载的发掘和中西医学比较研究，明确了它是我国古代医家总结了婴幼儿生长发育规律提出的学说。对于养胎护胎、母婴同室、母乳喂养、人痘接种、小儿养生保健要求等中医学理论、观点、方法的总结，彰显了中医学在儿童保健医学中的历史性贡献。
现代中医儿科学术界结合当代临床，探讨传统理论在现代的临床应用，并通过大量经验总结和临床研究，提出了对当今儿科临床具有理论指导和实践应用价值的新理论、新观点、新方法。江育仁教授弘扬了儿科温阳学说，建立了温阳法在现代儿科临床危重症及慢性病中的应用范例；他提出的“脾健不在补贵在运”学术观点，认为现代小儿脾胃病以脾运失健者居多，应以运脾法为主治疗，有效指导了临床。王烈教授提出哮喘分发作期、缓解期、稳定期三期证治，根、苗之治并重。张奇文教授提出“肺胃肠相关论”“宣肺勿忘解表、清肺勿忘清肠、止咳勿忘化痰、化痰勿忘运脾、润肺勿忘养胃、标去勿忘培本”的治则。汪受传教授提出了“胎怯从补肾健脾证治”“小儿肺炎从热、郁、痰、瘀论治”“消风法治疗儿童过敏性疾病”等，进行了一系列的理论论证、临床和实验研究。其他如俞景茂教授对于钱乙学术思想的研究、苏树蓉教授对于儿童体质特点的研究等，都为中医儿科基本理论应用于当代临床提供了指导。
儿科诊法应用，在传统突出望诊的基础上，丰富了山根诊、舌诊、肛门诊等内容。尝试扩大传统四诊手段，利用血液化学检测、分子生物学试验、超声影像技术等搜集到的儿科疾病体内变化信息，将其纳入中医儿科辨证体系，即宏观辨证与微观辨证相结合，已经做了不少工作，逐步取得一些共识，使中医儿科辨证学的内容得到补充。四诊客观化是现代儿科诊法研究的重点，如色诊定量、舌诊微观化、闻诊声音分析、脉象仪等，都可以应用化学、物理学原理及现代工程技术研制的仪器设备获得客观资料，但仪器所记录到的四诊信息如何进行定性定量分析，并作为客观证据融入中医儿科学诊断辨证体系，则还有大量的工作要做。
中医儿科多种疗法的应用，包括药物外治疗法、小儿推拿疗法等，因其方便、安全有效，不断在临床推广。如香囊佩挂“辟邪”预防呼吸道感染，受到家长们的普遍欢迎；哮喘的冬病夏治敷贴疗法，在各地医疗机构被大量应用；小儿推拿疗法的学习和应用，在国内外形成热潮。关于多种疗法的疗效机理研究，也有了研究报告，如药物预防对于提高儿童免疫功能的作用，通过临床及动物实验研究获得证实。儿科中成药的研究和开发应用，更是有大量的研究成果涌现，专用于儿童的中成药，包括经典方制剂和现代方中成药研制，以及原用于成人的中成药扩大适应对象用于儿童，都有大量的范例。当然，中成药，特别是注射液的药品不良反应报告也有不少，鉴于中成药方便儿童给药的优点不容忽视，而儿科用药的副作用也值得重视，戴着有色眼镜一味打压中成药，或者视而不见中成药应用于儿科的风险，都不是正确的态度。所以，对于中成药儿科应用的歧视性政策应当抗争，而对于中成药尤其是应用于儿科的注射液制剂工艺、质量控制标准的研究，提高制剂质量，增效减毒，也成了中成药现代研究的重点领域。
实验研究是现代科研中的重要方法，中医儿科最常进行的实验研究是建立符合中医病证特点的动物模型与中药的药理、毒理实验。用实验动物建立病、证结合的病理模型，既可提供作为该病证的病理生理研究对象，又有助于从药理药效学、毒理学筛选和研究有效方药。迄今为止，已经研究建立了一批儿科病证的动物模型，如我们的研究团队就研制了采用病因模拟造模法的“饮食失节”制作厌食、积滞、疳证的主要证候模型，“禀赋未充”制作胎怯肾脾两虚证模型等病证结合的动物模型。
中药药理实验是以中医基本理论为指导，应用现代实验技术方法，研究中药对机体的作用和作用机理以及体内过程，以阐明其防治疾病原理的实验。一些儿科常见病、证已经建立了比较规范的主要药效学研究方法。例如：脾虚证的主要药效学研究，可以在建立小鼠脾虚模型后，做健脾益气（应激能力试验，免疫功能测定）、运化水谷（胃功能试验、肠功能试验）等方面的试验。小儿外感发热的主要药效学研究，可以做药物对发热动物模型的祛邪作用（抗病毒作用、抗菌作用）、解热作用、发汗作用、抗炎作用、固表作用等试验。中药毒理学研究依据给药时间的长短和观察目的不同，分为急性毒性试验、长期毒性试验和特殊毒性试验3种，有些中药和制剂尚须进行安全限度试验等，都已开展了不少工作。
在中医儿科学预防医学方面，以中医学“治未病”思想为指导，在研究小儿体质特点的基础上，提出调整体质偏颇、降低发病率的方法，取得进展。胎养胎教学说的科学内涵在现代被逐一证实，宣传推广我国传统的养胎护胎经验，对促进优生发挥了积极作用。以“药自母传”为依据，通过孕妇妊娠期服药，作用于胎儿，预防新生儿黄疸、胎怯，证明了其可靠的效果。发挥中医药扶正固本、调整机体的优势，通过对体弱儿童辨证给药，增强体质，提高免疫力，减少了反复呼吸道感染儿、脾虚儿的发病率，提高了支气管哮喘、肾病综合征等疾病的缓解率。在流行性感冒、病毒性肝炎等传染病流行时，用中药内服、药液喷喉等方法，保护易感儿，预防发病，取得良好效果。中药保健药品、保健食品、保健用品的开发，更加拓宽了中医儿科预防医学的应用领域。
在中医儿科学临证医学方面，借助于现代临床诊断技术的进步和中医儿科临床研究方法的不断完善，科研成果大量产生。将传统的临床经验用现代科学方法加以总结验证、比较甄别、提高创新，使临床诊疗水平大为提高。20世纪50年代，以中医学“小儿暑温”理论指导流行性乙型脑炎辨证论治取得成功树立了一个范例，即对西医学明确诊断的疾病，应用中医儿科学理论分析其病因病机，采用中医药学方法辨证治疗，这样，不仅提高了中医儿科诊疗水平，而且使其能克服部分医学难题的优势得到广泛认同。中医药治疗小儿流行性感冒、肺炎、百日咳、细菌性痢疾、病毒性肝炎、传染性单核细胞增多症、流行性出血热等感染性疾病，取得良好的临床疗效，而且通过药效学研究表明，不少中药不仅具有抗病毒、抗菌作用，而且能调整机体免疫、改善器官功能及组织代谢、减轻病理反应等，说明中医治法的特色在方药整体效应，即多靶点效应。在因矿物元素、维生素等营养物质缺乏所致疾病中，如厌食症、营养性缺铁性贫血、维生素D缺乏性佝偻病、疳证等，中医药治疗显示了自己的优势，即：不仅不少中药中含有一定量的矿物元素和维生素，增加了摄入量，更重要的是中药的调脾助运等作用，促进了机体对各种营养物质的吸收和利用。许多中药新药的发明和剂型改革，如热毒灵注射液用于感染性疾病，青蒿素治疗疟疾，雷公藤、昆明山海棠治疗肾病综合征，三尖杉碱、靛玉红、砷制剂用于白血病等，都提高了疗效，方便了用药。其他如小儿外感高热、急惊风等急症，哮喘、肺痈等肺系疾病，泄泻、肥胖症等脾系疾病，病毒性心肌炎、注意缺陷多动障碍等心系疾病，癫痫、肝痈等肝系疾病，肾病综合征、五迟五软等肾系疾病，新生儿黄疸、新生儿硬肿症等新生儿疾病，中医药临床治疗研究都取得了不少成果。
儿科临床的规范化研究逐步开展，以“十五”国家科技攻关计划、“十一五”“十二五”国家科技支撑计划为代表，对于小儿肺炎、反复呼吸道感染、感冒、泄泻、过敏性紫癜肾炎等儿科常见病的多中心、大样本、随机、对照临床研究，提升了中医儿科临床研究成果的证据等级。自2005年开始的循证性中医儿科临床诊疗指南编制技术方法研究，不仅在儿科，并在中医药行业内得到广泛应用。2012年由我们团队牵头完成的《中医儿科常见病诊疗指南》提出了40种疾病的临床诊疗指南，成为中国行业指南中第一部循证性中医临床诊疗指南；2014～2018年完成的又一批中医儿科常见病诊疗指南制修订项目，已经通过中华中医药学会、世界中医药学会联合会作为中国、国际学术团体标准发布；我们建立的循证性中医临床诊疗指南编制技术方法在新一轮中医临床诊疗指南制修订项目中得到广泛认同和应用，发挥了引领作用。