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对运脾法的研究给我们一种有益的启示，我们的科学研究必须是能够发挥中医药的特色和优势，又能密切结合临床需要的选题。以我的临床体会，要发展中医事业，既要发挥中医能治慢性病的优势，更要在治疗急性病特色上下功夫。中医儿科广阔的发展空间还是在急性病。面对近几十年抗生素的快速发展，中医治疗细菌感染性疾病已经不占优势，而急性病毒感染性疾病则中医药大有可为。这样，从90年代开始，我又将研究视野转向了儿科急性病毒感染性疾病中有代表性的病毒性肺炎。
1996年我申报了江苏省社会发展计划项目“清肺口服液治疗小儿病毒性肺炎的临床及机理研究”和江苏省教育委员会自然科学基金项目“开肺化痰解毒法治疗小儿病毒性肺炎痰热壅肺证的研究”，获得资助。我们组织了附属医院和常州市中医院、盐城市中医院一起做。这次的做法进一步规范。先按照我们对本病基本病机的认识：痰热阻肺、肺失宣肃，拟订开肺化痰解毒活血治法，筛选药物，组成了清肺口服液处方，经制剂研究制成了院内制剂。经药品管理部门批准，调入协作研究单位使用。选用西药利巴韦林注射液为对照，作了多中心随机临床研究。共完成研究病例147例，试验组疗效显著优于对照组。同时进行的药理研究表明，清肺口服液具有解热、止咳、化痰、平喘和抗病毒、抗菌等作用。
2001年我又申报并中标“十五”国家科技攻关计划项目“中医药现代化研究与产业化开发·小儿肺炎中医证治规律研究”。对于小儿病毒性肺炎中医证候规律的研究，在天津中医药大学第一附属医院、湖南中医药大学第一附属医院、南京中医药大学附属医院、南京军区南京总医院四所医院进行。筛选住院患儿480例，对调查资料采用CMH卡方分析、方差分析、判别分析等方法作统计学处理，提出了34项辨证学指标，统计分析各项指标在小儿病毒性肺炎不同证型中的出现率及表现特点，对不同证型的贡献率；风寒郁肺证、风热郁肺证、痰热闭肺证、阴虚肺热证、肺脾气虚证各证型的临床发病情况等。在此基础上，进一步研究了各项指标与证型之间的函数关系，得出了各证型的Bayes判别函数。对该判别函数作回代验证，各证型的判别结果与传统经验辨证结果相近，表明该判别函数对小儿病毒性肺炎中医辨证客观化具有一定的价值。在四个中心前述纳入病例内，选择痰热闭肺证患儿360例。按GCP要求，作了以利巴韦林注射液为对照，评价清肺口服液治疗小儿病毒性肺炎痰热闭肺证有效性和安全性的分层区组随机、平行对照、盲法、多中心临床研究。研究结果，符合方案集试验组231例、对照组115例，痊愈、显效、进步、无效例数分别为：试验组119、88、22、2例，对照组33、52、27、3例；占总数比例分别为51.07%、37.77%、9.44%、1.72%，28.21%、44.44%、23.08%、4.27%。经秩和检验， P ＜0.0001，试验组疗效显著优于对照组。咳嗽、痰鸣（咯痰）、气促、鼻扇，肺部湿啰音，恶寒、发绀、出汗、小便、食欲、四肢，X线全胸片等指标好转情况，试验组均优于对照组。临床安全性指标研究结果，清肺口服液未显示对于重要脏器有毒副作用。
同时期作了金欣口服液（清肺口服液加减）新药研究。按照中药六类新药的研制要求，做了相关的制备工艺、质量控制、药物稳定性、药理、毒理等研究。以“一种治疗小儿病毒性肺炎的清肺口服液制剂及其制备方法”提出发明专利申请，获得国家《发明专利证书》。金欣口服液2004年获得国家食品药品监督管理局《金欣口服液药品临床研究批件》。将《金欣口服液药品临床研究批件》和《发明专利证书》一并转让制药企业，开展了新药研究。
在以上研究的基础上，2014～2018年又承担完成了一项新的“十五”国家科技攻关计划项目“中医药疗效评价方法研究·中医药治疗病毒性肺炎疗效评价方法研究”。此项研究在北京儿童医院、天津中医药大学第一附属医院、河南中医学院第一附属医院、南京中医药大学附属医院和广东省中医院同时展开。本项目研究通过文献研究、专家调查，确定治疗方案，经多中心、区组随机、平行对照206例临床研究，证实清开灵注射液与儿童清肺口服液联合应用，治疗病毒性肺炎痰热闭肺证的有效性、安全性和卫生经济学评价，均优于利巴韦林注射液和复方愈创木酚磺酸钾口服液配合使用的对照组。因此，推荐清开灵注射液静滴与儿童清肺口服液口服联合应用作为治疗小儿病毒性肺炎痰热闭肺证的优化临床治疗方案。在本次研究中发现主症和证候疗效具有动态变化的特征，多数指标中药组起效时间显著早于西药组。提出病毒性肺炎的疗效评价，不仅要评价终点疗效，而且应当对不同干预方案起效时间的不同作出客观评价。由此，本研究创立了基于主症、证候动态变化的病毒性肺炎疾病疗效评价新方法。采用这一疗效评价方法，更能客观、准确地评价疗效，彰显出了起效时间早的中医药干预方案的优势。
随后我又带领研究生开展了中医药治疗小儿病毒性肺炎疗效机理的多项研究，如：国家自然科学基金“清肺口服液对腺病毒3I、7b型相关基因调控影响的研究”“金欣口服液对呼吸道合胞病毒感染生命周期影响及分子机制研究”“金欣口服液对RSV活化的TLRs信号转导通路作用机制研究”等。这些项目研究结果从血清药理学体外抗病毒实验、细胞凋亡及其相关调控基因、炎症细胞因子、阻断病毒入侵靶细胞等多靶点阐明了清肺口服液拮抗呼吸道合胞病毒、腺病毒机理。建立体内外病毒感染模型，从病毒感染后细胞凋亡及病毒感染进程各环节（黏附、融合、侵入、复制），探讨金欣口服液抗病毒效应及其分子机理，表明其能影响病毒生命周期，尤其在抑制病毒与细胞的膜融合环节，调节机体免疫及组织细胞功能。金欣口服液能明显减轻RSV感染小鼠的肺部炎症，是治疗RSV感染的有效药物，其作用机制之一是通过抑制RSV诱导的急性期TLR3/IRF3信号通路过度激活从而防止IFN-β的高表达引起免疫损伤，同时维持IFN-β表达发挥抗病毒作用，金欣口服液对TLR4（TLR7）/MyD88/NF-κB/炎症因子通路也有一定的调控作用，此外可能通过调控负反馈因子SOCS1、A20间接稳定激活TLRs通路。研究将中药治疗本病的机理研究深入到了细胞、蛋白、基因及信号通路水平，为中药抗病毒药效学研究提供了新的思路和方法。2017年完成的“基于代谢组学的小儿病毒性肺炎证候学生物标记物研究”则通过对病毒性肺炎患儿血液和尿液的代谢组学检测，建立了基于生物标记物表达差异的痰热闭肺证、风热郁肺证、风寒郁肺证所致的代谢物特征谱库，进一步明确了小儿病毒性肺炎证候辨证依据、病证关系，揭示了病毒性肺炎中医证候的科学实质及代谢网络的变化特征，为病毒性肺炎辨证学体系建立提供了客观基础。
多年来，我担任课题负责人，先后主持完成了包括2项国家科技攻关计划、4项国家自然科学基金等在内的国家级、部省级、厅局级科研课题29项。研究成果获教育部科技成果奖、国家中医药科技进步奖、江苏省科技进步奖、江苏省优秀教学成果奖、中华中医药学会科学技术奖等39项次。