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药物治疗的目的是缓解症状，并把促甲状腺素、游离T4以及游离T3控制在正常范围内。大多数内分泌专家认为“正常”的促甲状腺素就是参考范围，但很多患者反映自己感觉“就像树懒一样”，而同时他们的促甲状腺素却是“正常”的2.5μIU/L！有些人可能需要提高剂量，直到促甲状腺素低于或等于1μIU/L。
含有T3的甲状腺药物，诸如Armour ® 、复合型T3/T4、Thyrolar ® 以及Cytomel ® 会扰乱甲状腺功能检查结果。在检查甲状腺功能时，应该在每日服药之前进行检查。因为这类药物通常都是在早晨服用的，患者需要延迟检查日当天的药物服用，直到验血结束。