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桥本氏病具有遗传易感性，而且这种病容易在家族中频发。所以，桥本氏病患者的直系亲属都有患病风险。桥本氏甲状腺炎有两种类型：与HLA-DR3基因遗传有关的器官衰减型（萎缩型），以及与HLA-DR5遗传有关的甲状腺肿大（甲状腺肿大型）
。这些基因在白种人当中非常常见。
对于基因易感人群来说，已确定的环境诱因包括碘摄入、细菌和病毒感染、激素失衡、毒素，以及特定类型的药物治疗。令人惊奇的是，吸烟和降低桥本氏病的风险有关。
在拥有同卵孪生兄弟/姐妹的桥本氏病患者中，只有50%的患者的孪生兄弟/姐妹有甲状腺抗体，这说明基因本身并不是决定性因素，环境诱因也极其重要。 1