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当代大学生马克思主义理论教育链是一个新问题。经过数年研究，笔者认为它有四个方面的创新：一是跨学科创新，二是跨方法创新，三是跨理论创新，四是跨实践创新。
本书的创新点之一是实现马克思主义理论学科与脑神经科学相融合的跨学科创新。本书尝试采用神经科学和功能性磁共振成像等方法来探索马克思主义理论入脑过程，以此为线索来探索科学的马克思主义理论所形成的脑机制：一方面确定马克思主义理论入脑过程所具有的理论含义，使马克思主义理论入脑过程框架更为清晰和具操作性，另一方面找出马克思主义理论的心理和神经加工过程分布的不同脑区及不同阶段脑区激活的差别，为探明大学生对马克思主义理论的知、情、意、信、行发展轨迹提供科学依据。综观马克思主义教育学科领域关于马克思主义理论教育链的研究成果，截至目前，类似研究还处于空白状态，因此将脑神经科学引入马克思主义理论教育链的研究可谓首创之举。
本书的创新点之二是采用了哲学方法、教育研究方法、信息化方法、神经科学方法等多学科研究方法相结合的跨方法创新。一是采用分析与综合、归纳与演绎、抽象与具体、逻辑与历史等哲学方法，总结和梳理各类思想发展脉络和理论研究成果，剖析推进精神文明与物质文明协调发展视域下的当代大学生马克思主义理论教育链的基本理论；二是采用实证范式、解释范式等教育研究方法探究了“用中国理念、价值、精神推动物质文明是两个文明协调发展根本之举”的总体状况、基本特征、相互关系、两组对应以及成就、经验和问题；三是采用信息化方法、神经科学研究的磁共振方法探究马克思主义理论入脑过程的脑机制。这些方法结合在一起，形成了推进物质文明和精神文明协调发展视域下的当代大学生马克思主义理论教育链研究的方法链，是马克思主义理论教育链研究的方法创新。
本书的创新点之三是实现了马克思主义理论教育教学理论与脑神经科学理论相融合的跨理论创新。第一是通过厘清本书研究的历史前提，把握好理论研究背景与前景；第二是系统建构了马克思主义理论教育链的理论（内涵、特征、分类、目标、原则、价值、结构、功能、作用）、马克思主义理论入脑过程的理论（内涵、特征、分类、基本过程、各阶段的关系、各阶段的规律），针对马克思主义理论入脑过程的理论教学链和实践教学链的基础理论（内涵、特征、分类、构成、运行和作用）；第三是通过10多年滚动质性研究，反复改进验证深描教育链的效果；第四是通过引入脑神经科学理论，设计马克思主义理论脑神经科学实验，探寻马克思主义理论入脑过程的脑机制理论。这四个方面分别突破了以往单纯的马克思主义理论教育链理论研究的广度和深度，尤其是第四个方面的马克思主义理论入脑过程的脑机制理论填补了马克思主义理论教育学科的研究空白，是本书最大的理论创新亮点。
本书的创新点之四是探究了两个实践问题，一是通过采用SPSS软件进行实证分析，明晰了在用中国理念、价值、精神推动物质文明从而促进两个文明协调发展的历史实践中所取得的成就、经验和问题，并提出“硬实力和软实力两轮驱动、双翼共振”“建设社会主义文化强国”“加强国际传播能力建设”“用中国梦和社会主义核心价值观凝聚共识、汇聚力量”等改进措施，为在建设中国特色社会主义事业新的历史征途上用中国理念、价值、精神推动物质文明发展，从而推进两个文明协调发展提供路径借鉴；二是通过深入马克思主义教育的实践教学领域，对当代大学生进行访谈和问卷调查，总结和抽象出针对马克思主义理论入脑过程的实践教学链的基本理论，为推进两个文明协调发展视域下的当代大学生马克思主义理论教育链建构提供实践支撑。