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在东亚这片由中国、日本、朝鲜占据的广阔地区，漫长的16世纪也是个格外充满活力的时期。经历漫长的蒙古族统治后，汉人的政治传统及文化传统在1368年（明朝建立）到15世纪30年代的明朝初期，在中国土地上再度确立其强而有力的地位。明初的几位皇帝重振官僚体制政府和官僚体制所倚赖的科举制度。他们清洗前朝大臣，创立专制政府。他们宣示服膺儒家正统，鼓励搜集和刊印儒家典籍。大运河建成，使北方得以从盛产粮食的长江流域得到稳定的粮食供应，北京随之在1420年重拾帝都之位。
从上述种种方面来看，此后一直延续到1911年辛亥革命才遭废除的中国政府体制，其实是明朝建立的。儒家学说在明朝时重新取得文化上的至尊地位，且这地位维持了和前述政府体制几乎同样长的时间。
明朝最初的支持者认为元朝的统治充斥腐败、压迫、横征暴敛，而明朝的兴起，就代表对元朝统治的激烈反对。
明朝皇帝遵循儒家思想，抱持视土地为真正财富的农民意识形态，把财富牢牢系缚在对上、对下的社会义务上。社会秩序及文化一统（帝国稳定的最重要条件）与农民生产体系牢牢挂钩，而王朝威权就靠农民生产体系的完粮纳税支撑。鉴于社会脱序促成元朝的覆灭，且害怕农民不满而造反，因此，尽管边防支出巨大，构成财政压力，明朝仍不愿对民众课以重税。到了16世纪，明朝皇帝所掌控的官僚体系，已是人力不足，薪资过低，能力不足应付庞大帝国治理所需。
税基过窄，政府机关又不准从事贸易，财政随之出现危机。明朝欲借由屯田让军队自给自足，以减轻国防支出，但到了16世纪末期，这种尝试已完全失效。
农村脱序（在明朝的大部分时期里脱序程度相对较低）也开始急剧恶化。
这时，明朝的外交方针，乃是稳住外部环境，以维护内部稳定。从这观点来看，郑和奉永乐帝之命下印度洋的那几次著名远航，就属反常——可能是担心遭帖木儿和其继位者攻击而有此作为。永乐帝，“第二开国皇帝”，1403年至1424年在位，是个格外坚毅且积极进取的君王。派海军下西洋，对北方游牧民族用兵，或许都是他确立中国在东亚之霸权的策略（功败垂成之策略）的一部分。
但这一策略太耗国力，非明朝所能负荷。他之后的皇帝断然改弦更张。扩张海权的冒险作为，迅即遭废。民间的海外旅行、贸易遭禁。而在防范大草原游牧民族入侵华北，或阻止华北与游牧民族没必要的接触方面，他们不像永乐帝诉诸军事远征，而较倚重长城防御。长城大体上是1470年后，根据前人所建的边防设施予以延伸，并强化其防御而成的。长城在接下来的几个世纪里逐渐完善，1644年明朝覆灭时，长城还在兴建。
因此，后来的明朝统治者选择以强调自身文化的统一和拒绝对外通商，来维护中国在东亚的地位。那意味着不再介入元朝时曾大力干预的内亚政治事务。欲将沿海、内亚两地的贸易强行纳入中国僵固的朝贡体系，需要持续不懈地防堵朝贡之外的非法通商行为，而到了16世纪初期，这种防堵已力不从心。大草原游牧民对中国布匹和谷物的需求，远非官方贸易渠道所能满足。边境战事随之加剧。
对周边的游牧民而言，明朝不愿卖给或禁止卖给他们的商品，只有透过袭击、掠夺来取得。在沿海，当中国感受到欧洲商业入侵的初期效应和日本政、经转变（比前者重要许多）的初期效应时，同样的限制性政策也逼出猖獗的走私、海盗。
从12世纪末期起，日本一直通过妥协式的权力安排来治理国家，即让天皇享有最高的统治大位，但实际权力掌握在皇室正式认可为总督或摄政的幕府将军手中。幕府将军是（或试图成为）世袭的军事独裁者，通常出自天皇底下的将领阶层。但幕府将军真正的权力基础，在于他与封建领主及其武士结成的联盟。但在足利幕府时期，这一“体制”瓦解为各领主交相征伐的“封建无政府状态”。混乱局面从15世纪60年代开始，直到16世纪中期才结束。约略同时，15世纪日本经历了一段商业显著扩张期。栽种新作物，出口新货物，包括铜、硫黄、武士刀。明朝管制对外贸易，因此日本商品主要透过走私贩子、海盗进入其主要市场中国。但幕府垮台（幕府将军同样不喜非官方的贸易），“大名”（占有大量登记入册之土地的大领主）兴起，其中许多“大名”本人对贸易有兴趣，从而使日本人海上活动剧增。到了16世纪50年代，日本商人、掠夺者和倭寇的活动范围远至泰国、缅甸、印度。大量的白银使日本成为“亚洲的墨西哥”，成为已进入太平洋的葡萄牙人、西班牙人的主要贸易伙伴之一。
1567年，明朝皇帝不再禁绝非法贸易，开放中国口岸——但不对日本开放。
1578年广州向外国商人开放。日本则于1571年准许葡萄牙商人定居长崎。
东亚这些行动正值基督教传教事业的一个辉煌阶段，传教总部位于葡属印度的首府果阿。教皇委以葡萄牙向异教徒传教的重任，并认可葡萄牙垄断亚洲的探勘权和贸易权。数十名传教士经果阿进入亚洲。1542年，衣衫褴褛的耶稣会创办人之一圣方济·沙勿略（St Francis Xavier）光着脚来到果阿，十年后死在华南沿海。他死后肉身奇迹般不腐，遗体后来运回果阿埋葬，每年一次公开供人瞻仰。不腐的肉身在基督徒里威名远播，以至教皇坚持至少要割下他一条胳臂运回罗马。另一些耶稣会士则前去莫卧儿皇宫。有位叫罗贝托·迪诺比利（Roberto di Nobili）的耶稣会士，在南印度待了数年，试图将天主教教义、印度教教义的差异调和到让婆罗门满意的程度，但终归徒劳。耶稣会士中，成就最斐然者，大概非利玛窦莫属。他在16世纪80年代前往中国，经过数年耐心的周旋，终于在1601年获准前去北京。他以中国文人的谈吐、作风巧妙包装他所带来的西学，然后靠着这身学问，一到北京，就得到皇上召见。利玛窦绘制了中国第一幅描绘有美洲的地图。他在地图绘制、医学、天文学方面的本事，成为耶稣会传教团的标志和获得敬重的主要依据。利玛窦的真正目标（让信奉儒学的知识分子相信，他们的上天观念其实和他的上帝观念没有二致）就大不如传播西学那么成功。但他死了许久以后，传教团仍是欧洲人了解中国事务的最可靠渠道，直到约1750年欧洲商人大量来到华南才改观。
但对明朝而言，不管是商业上的让步，还是安抚边境游牧民敌意的作为，都只是暂时缓解压力。1570年后，日本经历了群雄逐鹿的动荡局面，织田信长、丰臣秀吉两人，在滑膛枪、火炮这两样新火药科技的协助下，先后以无情手段在交相攻伐的“大名”之间脱颖而出，称霸天下。丰臣秀吉决意掌控朝鲜沿海的中日贸易路线。受挫于明朝政府的拖延之后，他拟订了先灭朝鲜再下中国的惊人计划。1592年他带着20万大军入侵朝鲜。明廷派兵援朝后，丰臣提议谈和，要求让日本在朝鲜享有一定权力，要求与中国自由贸易，作为撤兵条件。明朝拒绝，他便于1597年再次发兵入侵朝鲜，但随着秀吉猝死，战争迅即结束。秀吉野心勃勃，但其军力不足以支撑其野心。明朝的地位并非其能撼动的。但在这两场战争中真正受损的，乃是明朝财政和政府。
明朝已挡住日本的威胁，但仍面对蒙古游牧民族在长城沿线不断的侵逼。明朝最危险的敌人女真，已开始在其边疆建造帝国，并在1620年后让明军节节败退。16世纪90年代，效法成吉思汗模式崛起的游牧民统帅努尔哈赤，已建立起满人政体。这政体将来自森林与大草原的部落中的元素融入了中国东北边疆地区过定居生活的农业聚落。在明朝因财政危机和日益混乱的国内情势而国力日衰时，努尔哈赤加强了其对边疆蒙古人和汉人的掌控。对这些边疆居民而言，他的掌控实在而直接，明朝的威权则是名存而实亡。1601年，他建立以“旗”为单位的常备军，这种制度既强调满族的民族身份，又将军队分为主要的社会、行政管理单位。1615年，他最后一次派人赴北京进贡。三年后，他发出讨伐檄文，以“七大恨”谴责明朝之不是，宣布要推翻明朝。到1636年，努尔哈赤的继任者靠着武力征服和汉族有权势者的归服，实现了这一抱负；但清朝要到攻陷北京之后才正式成立，因此传统上均以1644年作为清朝国祚的开端。
这一“天命”上的改变，还有1590年后日本的复归一统，对后世有何影响？两者一起中断了1550年后东亚所尝试的“开放”实验。16世纪下半叶，日本在商业方面和海上的同步扩张，中国的开放，欧洲贸易的渗入，已刺激了人员、货物、观念的流动。
中国人、日本人移入东南亚，欧洲人抵达日本和中国。在中国，瓷器与丝织品的海外新市场，促进城市的发展。日本、美洲两地的白银透过购买中国货物的方式流入中国，使中国经济和其岁入制度货币化——对没有贵金属的国家来说，这是重大的获益。
有着大量人口（可能是1200万，当时不列颠人口的三倍）、海上活动、白银矿藏的日本，可能是促成这开放的最关键力量。1580年后耶稣会士抵达时，基督教所建立的据点是日本西南部的贸易港。耶稣会士巧妙利用基督教在动乱年代凝聚社会人心的功用，推广其宗教。
但丰臣秀吉的一统天下，标志着日本“基督教世纪”和开放海外贸易的短暂时期渐渐步入尾声。在他之后，德川幕府的第一位将军德川家康（1542—1616年），有计划地削弱“大名”的自治权。幕府将“大名”的反抗归咎于基督教，尤其是在九州岛（该地于1638年至1639年爆发一场大叛乱）。许多基督徒被杀。1640年基督教在日本完全遭禁。德川家康曾想控制对外贸易，他之后的幕府将军，则倾向于将欧洲人完全逐出。1624年西班牙人被逐出日本，那时英国商人已离开。只能在长崎港中的出岛活动的葡萄牙人，1639年也被迫离开。1635年后，幕府禁止日本人出国。中国商人和工匠仍可前来：长崎有其中华街。中国的文化影响仍然极强。但对世界其他地方来说，日本的锁国政策几乎是滴水不漏。
对外锁国的同时，以江户为都城的德川新幕府，在国内有计划地重新宣扬儒家思想。德川幕府让“大名”仍拥有领地，维持封建体制的表面形式，但调整其实质部分。幕府让村拥有自治权，将地方武士阶级改造成领俸禄（以稻米支付）为幕府治理“大名”领地的统治阶层。为合理化新统治体制，早期的德川幕府赞助儒学思想家和教育者。他们宣扬儒家的士农工商四阶级观，要人在井然有序的社会里追求社会与自然的和谐。
清朝也有类似的发展。儒家学说未随着改朝换代而遭扬弃，反倒被刻意确立为新政权的官方意识形态。清朝统治者不像明朝皇帝那么本能地敌视对外通商，但对于对外通商在长江以南沿海地区所可能产生的政治效应却存有疑虑。长江以南的沿海地区距北京遥远，难以控制，且是反清复明残余势力的藏身地。
但清朝最重大的成就，乃是扭转了明朝边疆政策那种最终酿成大祸的内缩倾向。清朝高明的理藩策略，促使内蒙古成为缓冲区，帮助清朝势力深入内亚，有效化解危及清朝稳定的北方内陆威胁。一度制造混乱的日本，这时遁入被新儒家精神笼罩的锁国中，安稳过其太平日子。朝鲜、越南则受儒家思想的牢牢掌控。清朝在这种环境下建立，预示了东亚世界秩序不凡的恢复。欧洲势力，以遥远的爪哇为基地，只能在中国大门的钥匙孔里活动。原先对直接贸易、外交往来感兴趣的荷兰人，这时兴致缺缺，荷兰与中国对彼此都不再有兴趣：1690年时荷属东印度公司已不再派船到中国。
在这同时，清朝国势臻于巅峰。