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脾胃学说最早可追溯至《黄帝内经》时代，古代先贤对脾胃的生理和病理状态进行了系统观察，为机体的生理功能、病理机制和临床辨证论治规律提供了重要的理论和实践依据。《黄帝内经》中有很多关于脾胃功能的记载。《素问·太阴阳明论》云“脾者土也，治中央……脾藏者，常著胃土之精也，土者，生万物而法天地，故上下至头足，不得主时也”，对脾的重要地位给予了充分重视；“脾藏者，常著胃土之精也”，说明脾常储藏胃的精气，为胃行其津液。《黄帝内经》将脾胃归属于五行中的“土”，认为土为万物生长的根本，具有贮藏、化生万物之功能，《素问·阴阳应象大论》云：“天地者，万物之上下也……中央生湿，湿生土，土生甘，甘生脾……其在天为湿，在地为土。”《素问·六节脏象论》又云：“脾、胃、大肠、小肠、三焦、膀胱者，仓廪之本……此至阴之类，通于土气。”种种论述皆指出，脾胃在五行属土，位置居于中焦，其功能主转输，上可达上焦，下可达下焦。故《素问·太阴阳明论》得出：“脾者土也，治中央，常以四时长四脏，各十八日寄治，不得独主于时也。脾脏者常着胃土之精也，土者，生万物而法天地，故上下至头足，不得主时也。”《灵枢·决气》说：“中焦受气取汁，变化而赤，是谓血。”《灵枢·营卫生会》曰：“中焦亦并胃中，出上焦之后。此所受气者，泌糟粕，蒸津液，化其精微，上注于肺脉，乃化而为血。”血液是由水谷入胃，经胃下送于小肠，再经小肠受盛化物，泌别清浊，清者由脾转输心肺气化而成，说明了脾胃具有气血生化之源的生理功能。
脾为五脏之一，其经脉络胃，与胃相为表里，在体合肉，在窍于口。脾胃为气血生化之源，《黄帝内经》最先指出了脾胃系统是参与运化、传导过程的器官，概述了水谷入于胃后化生精微及其输布的全过程，而以“脾胃为气血生化之源”的学术观点概括了脾胃的重要生理功能。脾胃功能正常，气血津液得以敷布周身，则人体“阴平阳秘”，诸脏得以行使正常功能。“得谷者昌，失谷者亡”“五脏者，皆禀气于胃”，形象地描述了脾为五脏之本的功能特性，《素问·灵兰秘典论》云：“脾胃者，仓廪之官，五味出焉。”王冰注“仓廪，谓脾胃”“饮入于胃，游溢精气，上输于脾，脾气散精，上归于肺，通调水道，下输膀胱，水精四布，五经并行”“胃者，水谷气血之海也”，并有“五脏六腑皆禀气于胃”、以“胃气为本”之论述，为后世医家提出的“脾胃为后天之本”奠定了理论基础。
在病机上，《素问·太阴阳明论》：“太阴阳明为表里，脾胃脉也，生病而异者何也……阳道实，阴道虚。故犯贼风虚邪者，阳受之；食饮不节，起居不时者，阴受之。阳受之则入六腑，阴受之则入五脏。入六腑，则身热，不时卧，上为喘呼入五脏，则睛满闭塞，下为飧泄，久为肠癖。”其中“阳”指阳明胃腑，“阴”指太阴脾脏，指出“阳道实，阴道虚”，说明脾病多虚，胃病多实的病理特点，为脾胃病的辨证做了纲领性的指导。
在脾胃病的治疗上，《黄帝内经》中也提出了一些治疗原则。《素问·藏气法时论》云“脾苦湿，急食苦以燥之”“脾欲缓，急食甘以缓之，用苦泻之，甘补之”，《素问·至真要大论》云“土位之主，其泻以苦，其补以甘”，《素问·至真要大论》云“诸湿肿满，皆属于脾”，说明了太阴湿气行令，每多伤脾，《素问·阴阳应象大论》云“中满者，泻之于内”，等等，为后世调治脾胃疾病提出了基本立法用药原则，为后世脾胃学说的兴起及发展起了很大的推动作用。