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综合分析可知，各项指导意见还特别突出以下两项重要内容：第一，国企及其业务分离板块的分类改革要求：主业在竞争性商业领域内，要积极引入非公资本实行股权多元化的公司制改革，国资控股或参股推进混合所有制企业整体上市；主业在关键性商业领域内，
要支持非公资本联合投资参股，但要坚持国资控股态势；主业在自然资源垄断领域，以“明确政企关系、国资独立运营、私资特许加盟、依法合规监管”为政府指导国企混改的关键内容，尝试社会公共资源的市场化配置改革，而非彻底改变国资所有制为其他所属；主业在公益性领域内，需要实行国有全资独立核算，但鼓励非公资本战略合作、资源整合。第二，建立国资投资运营公司及国企混改基金，
前者可将国资外投集中于专业团队运作，国资委以管资本为主，明确职责定位，阻隔其对国企经营的直接干预；
后者由国资牵头并放大杠杆效应，吸纳非公资本并拓宽其融资渠道，分散投资风险，改革现行国有资产经营激励机制。无论是组建国资投资运营公司，还是发起设立改革基金，都对出资人的资本实力和运作经验提出很高的要求。因此，还需要强化出资人监督，主要包括：改进派驻外部监事代表资格审查机制及经营性国资审计监督体制，加强经常性纪检监察与巡视，强化对国企领导的监管，共享信息资源，提高监督效能。
目前，从国企监事会设置和运行的实践情况来看，监事会的监督作用有名无实。《公司法》规定，监事会由国资委外派监事和内部职工选举监事组成。其中，外部监事由国资委派出，其人事档案及党组织等关系隶属于国资委，但是，大多监事不太了解国企内部情况。内部监事是职工代表，隶属于国企，其工资薪金、人事关系与职位升降均由董事会和经理层决定，很难自主开展监督，受到很大制约。监事会中，内部监事远多于外部监事，因此国企虽已设置监事会，但监督功能却因遇到各监事无独立性的障碍无法行使，导致监事会不能正常运行。此外，在监事会中，政工干部担任监事居多，与工程经济、会计审计、法务技术等专业相关的专家或学者的比例远低于董事会和经理层，因此，也无法进行专业检查，难以发现违规情况。虽然法律或章程规定监事责任，也并不区分内部监事和外部监事，但由于国资委管理并支付外部监事报酬，后者薪酬奖励远低于前者（附带股票期权激励等）。另外，监事会的组织费用仍由董事会和经理层决定，也制约着国企监事会的监督功能。
现今，国资干部和国企高端的管理体制仍互通。例如，国家及地方各级政府产业主管部门与自然垄断性央企或地方骨干国企的高层主管均由中央组织部任命，所以，经常会出现监管部门领导与被监管国企高管互换岗位的现象，监管者与被监管者的关系逆转，甚至于现有监管者监督的是之前的老领导，极易共谋获利。当然，出现这种状况，原因在于“政企不分”。改革开放以来，多数大型央企和地方国企都脱胎于各政府主管部门。所以，后者总会以当地产业、部门本身、下属国企的利益最大化为出发点，制造各种借口，如保护特色产业、利税上缴财政、稳就业保治安等，以排斥、限制或妨碍其他市场主体参与竞争，阻碍或延缓国企混改。
即使推动国企分拆并重组上市来混改，但停留在放开部分地区市场竞争，或者仅引入很少比重的非公资本，在过段时间后，又会回到国企独家或寡头的经营状态。例如在2004年，中国电信、中国移动和中国联通互换高管，为使国资保值增值，就设置行政性进入壁垒，以限制通信市场的外来竞争，即行政干预与寡头经营交织叠加。但是，消费者权益却因此受到影响。在经济转轨国家中，不合理的行政干预，既不是为了国家利益，也不是出于规模经济，考虑更多的是维护部分利益集团或个人的利益。同时，政府依然保有绝对的控制权，以掌管这些国企高管的任免权，各方都难以相互监管。
在垄断性领域，国资流动性仍然较差，难以达到“有进有退、合理流动、动态优化”的配置要求，通常会面临政府部门不当干涉。垄断性国企改革和国资监管都没有到位，前者缺乏明确可行的整改路径，追求行政垄断，保护已有的经济利益，不愿公平参与市场经济；后者还是按《企业法》改制的国企，虽已完成公司制改革，但未进行股份制改革，国资没有被完全股份化，难以进行产权交易或上市募资。目前，对国企分类管理，以管资本为主，调整国企各类考核指标，但未从国资投资、运营、监管上，分类别设计有针对性、符合定位、摆脱困境、解决难题的国资管理制度体系（如公司治理、会计审计）。所以，国企分类混改、国资投资运营等推进机制，至今尚无实质性进展。国资运行与监督机制改革不到位的突出表现是微观国企内部治理机制的失效，于是，对国企实施合理定位、强化竞争、混合股权、设置三会、信息披露等标准或措施，要相互配套地促进国企转变治理机制，使国资体制改革落实到位。
目前，自然垄断性央企多已完成“政企分开”改革，但在监管模式上，部分采取“政监合一”（如电信、航空等），还有部分采取“政监分离”（如电力等）。“政监合一”模式，使政府主管部门（工信部、交通部）不再直接从事垄断经营，而改制为监督管理活动。于是，央企的自然垄断性与政府的管制性相结合。政府的多项职责具体表现为：既制定产业政策，又实施行业监管，规范与管理合二为一。例如在2003年，国家电监会成立，隶属于国务院，就实行部分的“政监分离”模式，即只向政府主管部门提出调价建议，最终，定价权不归国企，而是归国家发改委。对重要非公资本投资或新进民企入股，国企上级部门（国家电监会）也不能独立行使管制权或监管权，而由政府部门（国家发改委）最终决策。
自然垄断性央企既要获取收益，又要使国资保值增值，导致政府部门既要制定促进产业发展政策，又要对国资运作实施监管。国企双元使命定位造成了经营目标的模糊，政府监管双重职责也使行为选择两难。政企各自及其相互间的关系都需要平衡。但现实情况是，对“国资保值增值、促进产业发展、政府监管得当”等效果的评判标准，都集中在“自然垄断性央企财务绩效指标是否达到所有者权益的增长”上。即央企利润越高，改制就越有效，政绩也就越高，那么，极易造成政府与央企合谋，即为了维护央企利润，政府可以放松甚至于放弃监管。基于上述原因，政府与自然垄断性央企的关系就变得十分密切。在推进央企市场化混改中，政府对不同所有制的企业会实施歧视性政策，往往以体制转轨宜缓不宜急、特殊情况应特殊对待为由，给予自然垄断性央企各种政策袒护，导致垄断性领域的国资很难流动。
当前，促改革进入深水区，调结构步入阵痛期，国资监管阻力明显。国企混改要开放部分垄断领域，新进入者会带来市场竞争，国企未必能维持现有收益，更不用说平稳度过产业低迷期，或保障高管高待遇以及员工高福利。由此，国企内部的混改积极性不强，只能拖延混改或应付政策。例如，敷衍非公资本，仅对其开放利润率低的行业领域，而且，会强制附加“安置下岗员工、购置最新设备、偿还大额贷款”等不平等的投资准入要求，这样，非公资本也会失去积极性。非国有股东亦会担心重大事项决策的“话语权、知情权、监督权”等合法权益受限，从而影响不同所有制股东间的互信程度，最终，国企混改难以推进，陷入僵局。此外，在国资监管体制改革后，“政企不分”的问题仍然存在。随着国企混改的深入，非国有股东参与治理决策会更加频繁，“权、责、利”关系必然得重新调整。国企高管尤其是“一把手”，掌握着分配国企资源的权力，但很少受到约束，
又常与政府官员交叉任职，薪酬与身份不相称，对国企绩效不敏感，
对混改监管积极性也不强，更多的是消极对待。但是，他们会倾向于迎合政府，换取“晋升资本”，而放松经营与监管。
国资监管矛盾，除有直接的经济利益冲突外，还受到诸多制度上的阻力。其主要体现在，国资运营投资的激励与约束机制，落后于社会主义市场经济体制的改革步伐与新时代要求，所以，对国企混改达到预期目标也产生很多影响，亟须对国资监管机制做出适应性革新。目前，国资经营仍采用由政府权威监督主导的奖惩机制。在“管人、管事、管资产”的监管制度下，国资委不仅决定着国企经理层薪酬任免，还掌握着对国企绩效的考核评价，以及重大决策事项的审定监察。政府仍替国企决策，并代市场评价，会存在信息的不对称性，又受限于有限理性，并陷于政企利益关联，很难维持公平公正，造成国资运营偏离市场规律。在国资监管中，政府将部分社会职能与监管责任转给国企承担，将其作为“提供公共服务、执行产业政策、调控宏观经济与实现国家战略”的工具。
由于薪酬限定且监管规范，即便国资价值提升，对国企经理层的激励也很乏力。少数自利的国资经营者，会倾向于将政府指令而不是市场信息作为决策首要依据。如果不改变扭曲的监管体制，即使引入非公资本，也会与国资运营者在“资金使用、投资模式、利益诉求”等选择上发生冲突，由此引发国企混改后的控制权争夺。其结果大多为，非公资本股东集体撤资，致使多元股权治理结构关系的制衡目标落空。此外，由上至下地推行国资运营与监管改革，政府部门本应发挥更大作用，但因改革并未给予直接利益，以及国资监管“有追责无容错”，部分官员担心改革失误，极易惰于现状。
当然，国资国企改革主要聚集在大多数正发展的省份。
其各级政府有大量的债务负担
，在混改合同中往往会处于谈判的弱势地位，所以，政府需要技术、资金援助，才可强化监管能力，或者重新组建更适当的监管机构。
此外，非公资本也会考虑到运作环境差（洽谈冗长、信息匮乏）、不确定性强（民族矛盾、文化冲突）与各种投资威胁（宗教冲突、治安混乱、政权不稳、产权保护）等而犹豫不决。但即使是在西方资本主义发达国家，政府也往往缺乏有效监管国资运营所需的政策力度与政治经验。政府没能力或不愿意监管国资国企改革，主要是因为缺乏完善的法律法规体系，导致缺少执行确定性及指导连续性。在经济稳定期，便招来非公资本参与国企混改，但到经济快速波动期或面临公共问题压力时，政府却因确立太多不切实际的目标，或急于迅速解决债务，或提升政绩，往往又实施资本管制或市场限制，将非公资本赶出门外。因此，在国资国企改革前，应该率先完善行业监管法律和产业监管规制。根据经济转轨国家私有化民营化的经验教训，国资过度分散，就会失去对国民经济的主导作用。国企股权过度多元化，就会失去对国有经济的支撑作用，对行业的控制权力，就会集中到生产供应商、产品零售商手中，就连招投标都无竞争性，使其直接就可获得长期专营权合同
，最终导致产业上下游垄断或行业渠道半垄断等不良后果。
而在自然垄断领域尤其如此，广大消费者在购买关键商品和必要服务时，完全或几乎没有选择余地。而且，行业渠道商一旦确立市场支配地位，往往会提高价格、压低成本。
所以，对国资运营或国企混改，没有或缺乏行业法律法规监督，会产生诸多社会问题，包括以下四种，一是边缘化穷人。在国资流出公用事业领域后，因非公资本的逐利性，其不会为所有公众提供社会服务，而仅限定在经济发达城市及地区。
即使在定价上，按照基础成本价，富人认为合理可接受，但部分穷人依然支付不起，或需花费大量收入来满足该基本需求。全社会将会被非公资本划分为有钱和无钱的两类群体，分别享有不同质量及数量的社会产品服务（如教育、治安、供水供电供暖及社区设施等）。“穷愈穷，富愈富”。二是福利补贴被止。国资国企上缴大量税利补贴医疗、教育等民生福利，混改后企业便不会承担，只能靠政府用所剩不多的财政资源承担，还要大力对其贴补，使其继续能够承担。即国资国企改革市场化后，政府资源稀缺，却还要贴补非公资本或民企。三是转嫁合同风险。即使有严格的国资运营标准，国企混改合同很难一次性完成。在大部分情形下，还会涉及各种合同关系的不断调整或重议。此过程中，政府
及社会公众
常常都缺乏经验，也无准确信息渠道，往往处于非常不利的谈判境地。同时，非公资本还会用公关行贿、进度压力等手段，来确保或威胁政府制定出对其有利可图的合同（如会附带有回报率、免受贬值、放松环保、贷款担保、紧急注资等条款
）。四是欺诈腐败多发。保障公共服务不再由国企提供，而是由民企承担，并且要求其遵纪守法、操作透明，但前提是法制健全，否则，混改前后都会发生逃税、欺诈
、腐败等犯罪行为。在有序公开的公用事业中，政府和民企存在共同利益。只要混改能使经营效率增长，所获收益能够弥补交易成本，而且高于违法经营
，那么就能避免形成暗箱操作型经济活动（Shadow Economy）。