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国企混改，必然会涉及多方利益群体关系重新调整。各相关方与受影响者会表达不同意见（支持、犹豫或担忧），由此而表现出既有积极响应参与，又有消极等待敷衍，这些皆属正常现象。所以，在国企混改中，遇到各种阻力也在所难免，国企改革呈现出“成就巨大、问题突出”的“两头冒尖”状态。
大型国企集团，希望维持治理与经营的现状，既掌握控制权，又有经营效益，所以认为没必要混改。而部分中小型国企可能把产生的治理与经营问题全部归于前一阶段的改革，既不完全掌握控制权，不能完全说了算，又怕经营不善，造成国有资产流失，于是反对进一步混改。如果这些阻力不能及时有效地化解，那么国企混改就难以落到实处。
党的十八届三中全会召开后，大多数省（市）都在深化国企改革方案中，明确了国企混改具体的“时间表、路线图和指标系”，对发展混合所有制企业抱有很高期望，但是，很快因出现无法清楚说明国有资产是否流失的弊端，担心犹豫或拖延敷衍。此后，有关国企混改利弊的争执，从未停息，而且一直未有效达成统合意见。不少从事混改实施操作的基层国企“为混而混”，因功能分类尚不清楚，难以把握混改尺度，怕混合多了，抑制国有经济发挥作用。还有些“一混了之”，不管不问，国企原本发展计划受到影响，正常经营的积极性也受到削弱。此外，更有不少国企偏离混改重心，转向只为上市发挥作用的改革操作。尽管各国企都认真学习国务院发布的《关于国有企业发展混合所有制经济的意见》，但由于是政策指导性文件，缺少具体改革方案，虽留下充足的发挥空间，但也造成许多制度赏罚漏洞。加之，推动垄断性国企集团层面混改的难度大，放开可竞争环节及国企垄断竞争业务的阻力大，一直在拖延国企混改的实际进展。至2019年12月，受经济下行压力和中美贸易争端影响，国企混改步伐略有放缓。从总体上看，虽不断涌现国企混改的个案亮点，但尚无法形成系统性的改革经验。
与民企大致相同，国企混改也面临相似类别的控制权配置问题，但也有些区别。国企商业效率往往低于民企，还要满足更多复杂的社会公益目标，所以，在治理矛盾上，国企有自身的特点。当前，在多数国企控股的前提下，要初步实现股权多元化。但是，虽然国企集团内控股多家混合所有制企业，集团母公司仍保持国有独资控制状态。已有政策明确要求国企集团整合优质国有资产上市混改，但常常又会陷入“为何改，如何改”的争议中，难以有效推进。在国企混改后，国有股东是否要永远绝对控股？是否要凡事都掌握控制权？其前提依据和决定条件是什么？这些问题都不太好回答，在本质上，还是因为国有经济战略改革不到位、尚未建立起现代企业制度、内部人控制问题仍为突出，
以及国资监管跟不上时代发展等。而且，国企新老问题兼有，相互交织，对混改中控制权配置会产生严重影响，进而出现诸多的制度矛盾。