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农民专业合作社法第五条第一款规定：“农民专业合作社依照本法登记，取得法人资格。”
1.农民专业合作社具有法人资格。法人是指具有民事权利能力和民事行为能力，依法独立享有民事权利、承担民事义务和民事责任的组织。法人是自然人之外最为重要的民事主体，有其独立的法律人格，可以拥有自己的财产，以自己的名义从事民事活动和诉讼活动，以其财产独立承担民事责任。在农民专业合作社法制定之前，农民专业合作社的法律地位不明确，组织性质不清晰，直接导致这种组织无法在全国统一登记，很大程度上影响了其正常经营活动的进行，成为农民专业合作社在市场经济中发展壮大的最大障碍。2007年7月1日开始实施的农民专业合作社法，明确规定“农民专业合作社依照本法登记，取得法人资格”，解决了农民专业合作社发展主要的法律障碍，使其从此走上依法发展的快车道。这也是当时立法的最大成果和亮点之一。
明确农民专业合作社的法人地位具有重要的意义。第一，进一步明确农民专业合作社这一组织形式的合法性，使其获得法律认可的独立的民商事主体地位。虽然之前制定的农业法等有关法律也规定农民可以设立农民专业合作经济组织，并应当依法成立、依法登记，但对其是否具有法人资格，属于什么性质的组织，并没有明确，而且，由于当时没有配套的法律法规，在实践操作层面也很难进一步实施。第二，有利于明确对其进行行政管理的方式和部门。在农民专业合作社法颁布实施前，各地的合作社登记比较混乱，有的在工商行政管理部门登记，有的在民政部门登记，或仅在农业部门备案没有进行登记，登记的类别、形式也五花八门。立法明确农民专业合作社在工商行政管理部门登记后取得法人资格，在全国范围内形成了统一的注册登记管理体系，提高了农民专业合作社参与市场竞争的公信力，也便于有关部门开展管理和服务。第三，有利于明确农民专业合作社的民事权利、民事义务和民事责任，更好地维护市场竞争秩序。在法人制度的基础上，建立农民专业合作社的财产制度和责任制度，明确农民专业合作社拥有独立的财产权，并以此承担有限责任，具备法人的权利能力和行为能力，可以以独立的名义从事申请商标、专利、订立经营合同等民事活动，使得农民专业合作社以独立的市场主体资格参与市场竞争，在市场经济中不断发展壮大。第四，有利于引导农民专业合作社按照法人组织的要求完善组织机构，规范内部管理。依法完善成员大会、成员代表大会、理事会、监事会的职权和运行规则，明确成员的权利义务，更好地开展生产经营活动，更好地保护农民成员的权利和利益。
2.农民专业合作社的法人类型。虽然修改前的农民专业合作社法明确了农民专业合作社的法人地位，但由于当时我国的法人制度主要由民法通则来规范，民法通则规定的法人类型只有四类：企业法人、机关法人、事业单位法人和社会团体法人。其中，后三种一般被称为非企业法人。农民专业合作社与非企业法人的区别比较明显，由于其是一种经济组织，在工商行政管理部门登记注册，与其他市场主体一样开展经营活动，以其自身财产承担有限责任，但又有互助性、通过“一人一票”民主管理等特点，一般将其看作是一种特殊的企业法人。2017年3月15日，第十二届全国人民代表大会第五次会议通过新制定的民法总则，并于2017年10月1日起正式施行。民法总则适应社会组织改革发展要求，按照法人设立目的和功能等方面的不同，将法人分为营利法人、非营利法人和特别法人三类，并在第一百条明确规定：“城镇农村的合作经济组织依法取得法人资格。法律、行政法规对城镇农村的合作经济组织有规定的，依照其规定。”相关说明中指出，城镇、农村的合作经济组织对内具有共益性或者互益性，对外可以从事经营活动，依照法律的规定取得法人资格后，作为特别法人。据此，农民专业合作社拥有了独立的法人类型。
3.农民专业合作社与其他组织的区别。农民专业合作社之所以拥有独立的法人类型，根本原因在于它是一种独立的组织形式。
首先，农民专业合作社不同于公司等营利法人。从设立目的上看，成员设立或者加入农民专业合作社，其直接目的是利用农民专业合作社提供的服务，更好地开展农业生产经营活动，即成员和合作社之间有着十分紧密的业务联系，合作社存在的目的就是服务成员的农业生产经营活动，是以服务成员为宗旨的。而股东组成或者加入公司，其直接目的是通过投资行为获得资本回报，股东与公司之间并不需要有紧密的业务联系，公司存在的目的就是为了让股东获得投资利润，并不是为了向股东提供生产经营服务。从决策方式上看，农民专业合作社是典型的“人合组织”，成员之间的表决权是平等的，在决策方式上主要按照“一人一票”的方式进行民主决策，实行民主管理。公司是典型的“资合组织”，股东之间的表决权大小主要取决于所持股份或者出资占比，在决策方式上主要按照“资本多数决”的原则。虽然为了解决农民专业合作社的资金问题，以及鼓励成员与合作社之间的交易，农民专业合作社法允许出资额较大或者与本社交易量（额）较大的成员按照章程规定可以享有附加表决权，但也对其进行了严格限制，即本社的附加表决权总票数不得超过本社成员基本表决权总票数的百分之二十，以保障成员对农民专业合作社的民主控制。从分配方式上看，农民专业合作社采用的是“惠顾返还”和“资本报酬有限”的原则，即盈余主要按照成员与农民专业合作社的交易量（额）比例返还，返还总额不得低于可分配盈余的百分之六十。而公司对股东的分红主要依据的是股东所持股份或者出资占比，是典型的资本报酬原则。虽然农民专业合作社法允许合作社将返还后的剩余部分，以成员账户中记载的出资额和公积金份额，以及本社接受国家财政直接补助和他人捐赠形成的财产平均量化到成员的份额，按比例分配给本社成员，但这种“按资分红”方式是受到严格限制的。
按照法人理论，非营利法人和营利法人的区别在于，非营利法人不能向任何控制它的自然人，包括成员、管理人员、董事或托管人分配净收益。非营利法人是不以营利为目的的法人。不以营利为目的体现为：禁止将利润或盈余在法人成员之间分配。所以如何处置其所赚取的利润或盈余，成为区分营利法人与非营利法人的标准。所以合作社应当是非营利法人，而公司等企业应当是营利法人，两者的区别是明显的。
其次，农民专业合作社不同于社区性的股份经济合作社或者经济合作社。近年来，随着农村集体产权制度改革的深入推进，一些地方将改革后的农村集体经济组织称为股份经济合作社或经济合作社。这种合作社作为我国农村集体经济的组织载体，在农村集体产权制度改革和发展壮大农村集体经济过程中发挥着重要作用。虽然社区性的股份经济合作社或经济合作社与农民专业合作社都是以农民为主体，都实行一人一票的民主管理，但两者在成员边界、财产关系、运行机制等方面存在本质区别。一是成员边界不同。社区性的股份经济合作社或者经济合作社的成员，是以户籍为基础，综合考虑土地承包关系、对集体积累的贡献等因素，依照法定的程序、标准和具体办法予以确认，是原始取得，或者说是自然赋予的，成员身份具有封闭性，迁出和加入有严格限制。而农民专业合作社是以产业为基础，成员入社是自愿的、退社是自由的，不受户籍和地域（行政区划）限制，也不受土地承包关系的限制。二是财产关系不同。农民专业合作社的资产是全体成员出资以及合作生产经营积累形成，产权关系清楚。而社区性的股份经济合作社或经济合作社的资产主要是集体经济组织历史积累形成，强调成员集体所有。通过产权制度改革，将集体资产以股份或份额的形式量化到本集体经济组织全体成员。只有集体经济组织的成员才有资格拥有股权，股权具有明显的身份依附性、封闭性和不可交易性，只能在社区内进行转让和继承。三是运行机制不同。农民专业合作社依据法律规定，是由成员自愿联合共同设立的经济组织，可以自行合并、分立、解散、破产等，但社区性的股份经济合作社或经济合作社不能随意破产。农村集体经济组织是基于社区范围内的集体土地为纽带自然形成的，主要从事集体经济组织所属的资产、资源的开发利用等经济活动，具有社区性和地域性。承担一定的社区公益和社会职能。四是在盈余分配方面不同。社区性的股份经济合作社或经济合作社实行按股分红，农民专业合作社实行盈余主要按照成员与合作社的交易量（额）比例返还。此外，从承担的职能上看，社区性股份经济合作社或者经济合作社一般还承担当地的公共服务职能，而农民专业合作社则主要开展生产经营活动，不承担社会公共服务责任。农民专业合作社与社区性的股份经济合作社或经济合作社二者之间是有本质区别的。
最后，农民专业合作社不同于行业协会等社团组织。从形式上看，农民专业合作社的登记机关是在工商行政管理部门，依照营业执照开展经营活动，有着明确的经营范围。按照法律规定，农民专业合作社应当建立严格的财务会计制度，并应当按照国家有关规定向登记机关报送年度报告。连续两年未从事经营活动的，将受到吊销营业执照的处罚。农民专业合作社以其显著的经济组织的特征，明显区别于其他非经营性社会团体组织，如农民专业技术协会、农产品行业协会等，这些组织一般只提供非经营性的技术、信息服务，不开展经营活动，在组织形式和运行机制上也与农民专业合作社有明显区别。
4.农民专业合作社法人资格的取得。民法总则第五十八条规定，“法人应当依法成立。法人应当有自己的名称、组织机构、住所、财产或者经费。法人成立的具体条件和程序，依照法律、行政法规的规定。设立法人，法律、行政法规规定须经有关机关批准的，依照其规定。”根据农民专业合作社法第十二条规定，设立农民专业合作社应当具备符合法律规定的成员、章程、组织机构、名称，以及符合章程规定的住所和成员出资等条件。符合上述条件的农民专业合作社即可向工商行政管理部门提交申请，在获得注册登记后取得法人资格。具体程序还需符合《农民专业合作社登记管理条例》的要求。
农民专业合作社法第五条第二款规定：“农民专业合作社对由成员出资、公积金、国家财政直接补助、他人捐赠以及合法取得的其他资产所形成的财产，享有占有、使用和处分的权利，并以上述财产对债务承担责任。”农民专业合作社法第六条规定，“农民专业合作社成员以其账户内记载的出资额和公积金份额为限对农民专业合作社承担责任。”
1.农民专业合作社具有独立的财产。独立的财产或者经费是某一组织具有法人资格的基本要求。民法总则第五十八条第二项规定，“法人应当有自己的名称、组织机构、住所、财产或者经费”。拥有独立的财产或者经费，是法人成立的基本条件，也是法人承担责任的物质基础。需要说明的是，法人的独立财产并不一定指法人享有所有权的财产，而应当从其是否对财产拥有独立的支配权作为考量的标准。以国有企业为例，国有企业的出资来源于国有资产，所有权属于国家，或者叫全民所有，企业对其财产并不享有所有权，而只有支配权，但并不妨碍企业对其财产行使权利。企业国有资产法第十六条规定，国家出资企业对其动产、不动产和其他财产依照法律、行政法规以及企业章程享有占有、使用、收益和处分的权利。因此，农民专业合作社的财产应当是其能够独立支配的财产，而不必是由农民专业合作社享有所有权的财产。农民专业合作社财产制度的特征在于成员保留对合作社的出资和公积金份额的所有权，并可以在退社的时候在承担责任的基础上索取这些财产。
2.农民专业合作社财产的构成、权利和责任。根据农民专业合作社法第五条第二款的规定，农民专业合作社的财产主要由五个部分组成，包括成员出资、公积金、国家财政直接补助、他人捐赠，以及合法取得的其他资产所形成的财产。农民专业合作社对这些财产享有占有、使用和处分的权利，并以上述财产对债务承担责任。这里的责任承担形式为有限责任。
3.成员财产的构成。农民专业合作社成员的财产是以成员账户为依据的。根据本法规定，成员账户记载着成员财产从加入到退出期间财产变动的情况，是成员享受合作社盈余分配的依据，也以在成员账户中记载的份额形式，表现成员对农民专业合作社财产的终极所有权。根据成员账户的记载，成员的财产包括：成员的出资额、公积金份额以及可分配盈余。成员对其出资享有所有权和收益权，可以依据出资享受章程规定的股金分配，在退出农民专业合作社时，可以依法取回出资。农民专业合作社的盈余分配绝大部分是依据成员与合作社的交易额，这种分配标准体现了农民专业合作社所有者和利用者同一的特点，是成员利用农民专业合作社所得收益，属于成员所有。至于国家财政直接补助形成的财产，分配时平均量化到每个成员，是为了使国家财政补助形成的收益平均到每一位成员，成员退社时不能带走，甚至农民专业合作社清算的时候，也不能处分这部分财产，具体要按照国务院财政部门有关规定来执行。
4.农民专业合作社与成员之间的财产关系。根据农民专业合作社法的规定，农民专业合作社对其财产统一占有、使用和依法处分，并通过这些财产来实现生产和服务的目标，成员则保留出资财产的所有权和收益权。成员对其账户内财产份额的所有权，表明农民专业合作社对其财产的支配是有限制的，这种限制就体现在农民专业合作社章程的规定以及成员（代表）大会的授权。但是，通过这种约束，依然保持农民专业合作社财产权行使的独立性。另外，农民专业合作社必须为每个成员设立成员账户，通过成员账户的设立记载成员与组织之间的相关权益，明晰成员获得资产增值的收益，以及要承担资产损失的责任，使得农民专业合作社与成员之间的财产权利义务相互清晰、独立。
5.农民专业合作社与成员之间的责任关系。成员对农民专业合作社承担有限责任。即农民专业合作社成员以其账户内记载的出资额和公积金份额为限对合作社承担责任，对农民专业合作社债务不再承担其他的清偿责任。采取有限责任的形式，相当于建立了农民财产责任的保护机制。一方面，可以解除农民的后顾之忧，鼓励农民踊跃组建、参加农民专业合作社。另一方面，明确的责任制度是合作社高效运行的保障，可以免除成员和农民专业合作社之间不必要的权责纠纷。同时也保障了交易对象的信赖利益，交易对方不必担心农民专业合作社的责任承担能力。一旦农民专业合作社进入破产清算程序，明确的责任制度更有利于保障各方的合法权益。