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根据党的十八届三中全会以来中央扶持发展新型农业经营主体、鼓励发展农民专业合作社的精神和总体要求，在修改思路上主要把握以下几点：一是坚持大稳定与小调整相结合。修法在保持现行法律基本原则和主要制度稳定的前提下，重点修改不适应当前农民专业合作社发展需要的规定。二是坚持顶层设计与基层实践相结合。既要坚持从全局性、方向性上进行总体把握，又要考虑到我国不同地区经济发展水平和农民文化观念的差异。三是坚持合作社基本原则与尊重农民自主权相结合。既要坚持合作社的基本原则，又要充分尊重农民的主体地位和首创精神。
农民专业合作社法第一条规定：“为了规范农民专业合作社的组织和行为，鼓励、支持、引导农民专业合作社的发展，保护农民专业合作社及其成员的合法权益，推进农业农村现代化，制定本法。”农民专业合作社法的立法目的主要包括以下几个方面：
1.规范农民专业合作社的组织和行为。作为一种独立的具有法人地位的市场主体，农民专业合作社只有具有规范的组织机构和运行模式，符合市场经济的基本规则，才能在激烈的市场竞争中获得认可，得到持续健康的发展。一方面，立法要规范农民专业合作社基本的组织规则，包括设立和登记的条件和程序、成员资格和入社退社程序、权力机构即成员大会和成员代表大会的职权和运行规则、理事会和监事会等管理机构的职责，以及联合社的组织规则等。另一方面，立法要规范农民专业合作社及其成员的各种行为，包括农民专业合作社的盈余返还、公积金提取、内部审计等经营管理行为，以及农民专业合作社的合并、分立、解散和清算等，同时对违法行为规定明确的法律责任。
此次修法，将立法目的中的“鼓励支持引导”和“规范”的内容进行了对调，将“规范”放在了首位，“鼓励支持引导”放在其次，体现了立法者对我国农民专业合作社发展阶段发生变化的基本认识。在农民专业合作社法立法之前，我国农民专业合作经济组织总体上处于自发组织的初始发展阶段，法律地位不明确，数量少，规模小，急需得到政府的支持、引导、扶持和服务，因此，原法将“支持”“引导”农民专业合作社发展作为首要任务，是符合当时我国农民专业合作社发展基本情况和所处阶段的。2007年7月1日法律实施后，我国的农民专业合作社进入了依法发展的快车道，据农业部统计，截至2017年11月底，全国依法进行工商登记的农民合作社达199.9万家，是2007年年底的76倍，年均增长60.1%，平均每个行政村近3家合作社，入社农户占全国农户总数的46.1%，社均成员60户。在快速发展的同时，一些专业合作社内部管理不民主、财务制度不规范等问题日益凸显，一些地方出现了“空壳社”“挂牌社”“家庭社”，还有的农民专业合作社和合作社管理人员存在一些违法行为，影响和制约了农民专业合作社的健康发展，扰乱了正常的市场经济秩序。在修法过程中，一些部门和地方，以及部分全国人大代表提出，经过十多年的快速发展，我国的农民专业合作社在数量和规模上已经实现跨越式增长，当前的立法目的应当着重提高农民专业合作社质量，规范农民专业合作社的组织和行为，不断推动农民专业合作社完善升级，提升其市场竞争力，促进农民专业合作社持续健康发展。
2.鼓励、支持、引导农民专业合作社的发展。十多年来，中央文件多次明确提出大力发展农民专业合作社，要求各方面给予支持和补助。有关部门依法履行支持、引导和服务农民专业合作社发展的职能，开展了大量的工作，极大地促进了农民专业合作社的蓬勃发展。一方面，农民专业合作社的成员主体是农民，并以服务农民为宗旨，扶持农民专业合作社就是扶持农民和农村。作为蓬勃发展的新型农业经营主体，农民专业合作社在连接小农户和大市场之间起到了重要作用，在提高农民组织化程度、增加农民收入等方面起到了积极作用。十多年的快速发展证明，农民专业合作社是符合我国农村生产力发展要求的很好的组织形式，应当继续给予鼓励、支持和引导。另一方面，与公司等其他市场主体相比，农民专业合作社发展的历程相对较短，自身的规范性、盈利能力、市场竞争力相对较弱，许多农民专业合作社仍然是一种弱者的联合，主要从事的是初级农产品的生产经营，缺乏高水平的技术、营销和管理人才，经营的难度比较大，需要各方面的鼓励、支持、引导和服务。
3.保护农民专业合作社及其成员的合法权益。对农民专业合作社而言，一方面，作为近十多年发展起来的新兴的市场主体，农民专业合作社自身的发展还不够成熟和完善，在激烈的市场竞争中总体上处于弱势地位，权益容易受到侵害。其互助性经济组织的本质特征，自有资金不足的明显特点，导致其抵御各种风险的能力较弱，需要法律法规予以特殊的保护。另一方面，农民专业合作社以农村家庭承包经营为基础，扎根于农村，在被有关方面支持、引导、扶持和服务的过程中，其生产经营活动也可能受到非法干预和摊派，强迫其接受有偿服务，侵占、挪用、截留、私分本应由农民专业合作社使用的扶持资金和实物补助等，需要通过立法来予以保护。
对农民专业合作社的成员而言，一方面，由于其主体是农民，自身的法律知识、文化水平普遍不高，对农民专业合作社的运行规则、组织机构、以及成员的权利和义务、成员入社和退社的程序等不够了解，其自身能力和知识面的限制导致其合法权益容易受到侵害。另一方面，在实践中，一些农民专业合作社还存在少数人控制或者管理层违法违规操作等现象，侵犯了部分成员的合法权益。这些问题，都需要在法律中通过完善组织规则、规范权利义务、明确法律责任等加以解决。
4.推进农业农村现代化。这一立法目的是此次修法新增加的内容，是根据全国人大常委会委员审议意见修改的。审议意见提出，党的十九大报告提出“加快推进农业农村现代化”，建议在立法目的规定中体现相应的内容。该意见最终得到了采纳。党的十九大报告明确提出要实施乡村振兴战略，提出要坚持农业农村优先发展，按照产业兴旺、生态宜居、乡风文明、治理有效、生活富裕的总要求，建立健全城乡融合发展体制机制和政策体系，加快推进农业农村现代化。农民专业合作社十多年的发展成就，证明了其能够提高农业生产经营效率，促进先进农业科学技术推广应用，提升农业产业发展水平，必将成为实施乡村振兴战略的重要力量。通过支持引导农民专业合作社的发展来进一步推动农业农村现代化，也必然成为立法的一个基本目的和重要导向。