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农民专业合作社的登记是指农民专业合作社为了设立、变更或者终止其法人资格，依照法律、行政法规规定的内容和程序，将登记事项向登记机关提出申请，经登记机关审查核准，将登记事项记载于登记簿的法律行为。农民专业合作社的登记包括设立登记、变更登记以及注销登记等。
农民专业合作社的登记是商事登记的一种，是对其经营中与开展经营活动密切相关的重要事项的记载。登记的内容和范围受到法律某种程度上的限制，即登记的内容和范围要符合法律规定，不是组织的任意行为。农民专业合作社的登记具有以下特征：第一，登记是导致农民专业合作社设立、变更或终止的法律行为，这一法律行为的效力可作用于合作社本身、合作社的成员以及合作社的交易人和第三人。第二，登记是一种要式法律行为，必须按照法定的要求将法定事项在法定主管机构办理，即登记行为的内容、行为的方式以及行为的生效等都必须符合法律设定的要求。第三，登记是国家对农民专业合作社进行监管的重要手段之一，也是维护社会经济交易安全的重要举措。
商事登记作为国家调整市场交易行为的一个重要手段，对于保障交易安全有着重要意义。农民专业合作社通过登记可以公示合作社的经营身份、经营状况、经营能力，确立经营信誉；同时有利于合作社的交易相对人或社会公众对其经营相关的基本情况有一个清晰的了解，进而保护交易相对人和社会公众的利益；另外，通过登记，国家可以及时了解农民专业合作社的经营状况，以便更好地实现宏观调控，确立更加适合农民专业合作社发展的法律环境。登记对于农民专业合作社而言，也是其获得法律地位、取得法律保护的重要途径和手段之一。经过登记的农民专业合作社可以同其他市场主体一样，平等地参与市场竞争，开展交易和生产经营活动。
农民专业合作社法第十六条第一、二、三款规定：“设立农民专业合作社，应当向工商行政管理部门提交下列文件，申请设立登记：（一）登记申请书；（二）全体设立人签名、盖章的设立大会纪要；（三）全体设立人签名、盖章的章程；（四）法定代表人、理事的任职文件及身份证明；（五）出资成员签名、盖章的出资清单；（六）住所使用证明；（七）法律、行政法规规定的其他文件。登记机关应当自受理登记申请之日起二十日内办理完毕，向符合登记条件的申请者颁发营业执照，登记类型为农民专业合作社。农民专业合作社法定登记事项变更的，应当申请变更登记。”
1.登记机关。在我国商事登记的主管机关是工商行政管理部门，农民专业合作社的登记机关也是工商行政管理部门。核定注册单位名称，审定、批准、颁发有关证照并实行监督管理，是工商行政管理部门的重要职责，也是实施其他市场监管活动的必要前提。工商行政管理部门独立行使登记管理权，并实行分级登记管理原则，不同级别的工商行政管理部门独立行使职权，但上级登记主管机关有权纠正下级登记主管机关不符合国家法律法规和政策规定的行为。
2.设立登记申请应提交的文件。农民专业合作社的设立人申请设立登记的，应当向登记机关提交的文件有七项：（1）登记申请书；（2）全体设立人签名、盖章的设立大会纪要；（3）全体设立人签名、盖章的章程；（4）法定代表人、理事的任职文件及身份证明；（5）出资成员签名、盖章的出资清单；（6）住所使用证明；（7）法律、行政法规规定的其他文件。需要注意的是，农民专业合作社向登记机关提交的出资清单，只要有出资成员签名、盖章即可，无须其他机构的验资证明。
申请登记的文件是农民专业合作社显示组织合法存在的证明，也是成员资格和权利有效存在的重要证明，其真实可靠性是保证社会交易安全的必然要求。农民专业合作社法规定，农民专业合作社向登记机关提供虚假登记材料或者采取其他欺诈手段取得登记的，由登记机关责令改正，可以处以五千元以下罚款；情节严重的，撤销登记或者吊销营业执照。
3.登记流程。登记流程由申请、审查、核准发照以及公告等几个阶段组成。申请是农民专业合作社的设立人或者农民专业合作社提出的创设、变更农民专业合作社有关登记事项的行为，是登记的初始阶段，必须以书面形式提出，并且应该按照有关法律的规定提交相关文件、证件等。如果农民专业合作社的经营活动是必须经行业主管机关许可的，还须提交相应的许可证明。只有符合法定要求，登记机关才能受理。审查是指受理登记申请的机关在收到申请者所提交的申请之后，于法定期限内，对申请者所提交的申请内容依法进行审查的活动。登记机关在收到申请人的申请及相关的材料并予以审核之后，应在法定期限内将审查、审核的结果，即核准登记或不予登记的决定，及时通知申请人。对于核准登记的，应该及时颁发有关证明。公告是指将登记的有关事项通过有效的途径使利益相关人知晓，以便于商事交易的进行、公众监督、保障交易各方的合法权益。
4.登记时限、类型和费用。本法虽未对登记工作的具体程序作出规定，但对登记机关受理登记申请后的工作时间作出了明确限制，即登记机关应当自受理登记申请之日起二十日内办理完毕，向符合登记条件的申请者颁发营业执照，登记类型为农民专业合作社。作出这一时间限制，主要是从法律层面限制和约束登记机关的行政行为，提高行政效率，保护农民的合法权益。这里的登记申请，包括了设立登记、变更登记和注销登记等。也就是说在登记机关受理登记申请之日起开始计算，所有类型的登记工作应当在二十个工作日内办理完毕。
本次修法的亮点之一是根据民法总则，将农民专业合作社的登记类型明确为农民专业合作社。2017年3月，第十二届全国人民代表大会第五次会议通过的民法总则第九十六条规定，本节规定的机关法人、农村集体经济组织法人、城镇农村的合作经济组织法人、基层群众性自治组织法人为特别法人。民法总则第一百条规定，城镇农村的合作经济组织依法取得法人资格。法律、行政法规对城镇农村的合作经济组织有规定的，依照其规定。
5.变更登记。为了保证登记事项的及时有效，维护农民专业合作社及其交易相对人的合法权益，稳定社会交易环境，本法明确规定农民专业合作社法定登记事项变更的，应当申请变更登记。这一规定首先明确了法定变更登记的发生情形，即在法定登记事项变更时，农民专业合作社应当向登记机关提出变更登记的申请。所谓法定登记事项变更，主要是指：经成员大会法定人数表决修改章程的；成员及成员出资情况发生变动的；法定代表人、理事变更的；农民专业合作社的住所地变更的；法律法规规定的其他情况发生变化的。这些登记事项对农民专业合作社的存在和经营有很大的影响，直接影响着交易活动的正常开展和交易相对方的合法权益，所以为了保障社会经济秩序的稳定，规范市场主体的资格和行为，在这些事项发生变化时农民专业合作社必须到登记机关进行变更登记，这是合作社的责任和必须要履行的义务。如果农民专业合作社没有按照有关登记办法和规定进行变更登记，则须承担由此产生的法律后果。
6.登记信息共享。修法过程中，有的部门和地方提出，农民专业合作社登记的基础数据应当及时通报农业、林业等有关部门，以利于对农民专业合作社的指导、扶持和服务。为此，农民专业合作社法第十六条第四款规定：“登记机关应当将农民专业合作社的登记信息通报同级农业等有关部门。”
另外，农民专业合作社法第十六条第五款规定：“农民专业合作社登记办法由国务院规定。办理登记不得收取费用。”根据法律实施同步有效性的要求，《农民专业合作社登记管理条例》也应当及时修改，重新颁布。考虑到农民总体收入水平低、支付能力有限的基本情况，为了减轻农民负担，本法明确规定办理登记不得收取费用，即办理任何类型的农民专业合作社登记都不得以任何理由和借口，以任何形式，向农民专业合作社收取任何费用。
为加强对农民专业合作社的规范和引导，促进合作社整体发展水平。此次修法专门增加了报送年度报告有关条款。农民专业合作社法第十七条规定：“农民专业合作社应当按照国家有关规定，向登记机关报送年度报告，并向社会公示。”这条规定旨在清理整顿不规范的农民专业合作社。国家工商总局实行农民专业合作社年度报告登记管理，对未按时报送年报的合作社将列入经营异常名录。农业部应及时通报并督促各地指导合作社按时报送年度报告，将年度报告结果列入国家示范社评定监测范畴。据国家工商总局数据，截至2017年3月底，全国有23.5%（43.6万户）的农民专业合作社被列入经营异常名录。
农民专业合作社法第十八条规定：“农民专业合作社可以依法向公司等企业投资，以其出资额为限对所投资企业承担责任。”在修法过程中，一些地方和农民专业合作社提出，农民专业合作社在向公司投资、从事农产品深加工以及其产品进入超市销售等方面存在诸多限制，建议法律保障农民专业合作社享有与其他市场主体平等的法律地位，因此参考现行公司法第十五条的规定，进一步明确农民专业合作社可以依法向公司等企业投资，以出资额为限对所投资企业的债务承担责任。