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农民专业合作社法对于农民专业合作社的设立采取登记主义，即只要符合法律规定的条件，无须经过行政机关的批准，即可依法登记为农民专业合作社。
符合法定的设立条件，是农民专业合作社成立的前提。农民专业合作社法第十二条规定：“设立农民专业合作社，应当具备下列条件：（一）有五名以上符合本法第十九条、第二十条规定的成员；（二）有符合本法规定的章程；（三）有符合本法规定的组织机构；（四）有符合法律、行政法规规定的名称和章程确定的住所；（五）有符合章程规定的成员出资。”上述五项内容为农民专业合作社作为法人成立的实质要件，只有同时具备这几项条件，登记机关才能确认其法人资格。农民专业合作社设立条件有：
第一，设立农民专业合作社，其成员人数必须符合法定人数要求。设立农民专业合作社，其成员数应当在五名以上，而且成员应当符合农民专业合作社法第十九条、第二十条的有关规定。即成员必须为具有民事行为能力的公民，以及从事与农民专业合作社业务直接有关的生产经营活动的企业、事业单位或者社会组织，能够利用农民专业合作社提供的服务，承认并遵守农民专业合作社章程。具有管理公共事务职能的单位不得加入农民专业合作社。成员中，农民至少应当占成员总数的百分之八十；成员总数二十人以下的，可以有一个企业、事业单位或者社会组织成员；成员总数超过二十人的，企业、事业单位和社会组织成员不得超过成员总数的百分之五。
第二，设立农民专业合作社，其章程必须符合法定要求。即在农民专业合作社成立时，设立大会应当通过由全体设立人一致通过的章程。农民专业合作社法第十五条规定：“农民专业合作社章程应当载明下列事项：（一）名称和住所；（二）业务范围；（三）成员资格及入社、退社和除名；（四）成员的权利和义务；（五）组织机构及其产生办法、职权、任期、议事规则；（六）成员的出资方式、出资额，成员出资的转让、继承、担保；（七）财务管理和盈余分配、亏损处理；（八）章程修改程序；（九）解散事由和清算办法；（十）公告事项及发布方式；（十一）附加表决权的设立、行使方式和行使范围；（十二）需要载明的其他事项。”农民专业合作社成立后，可以根据经营情况和实际需要对章程进行修改，但修改的程序应当符合本法规定，即农民专业合作社召开成员大会，作出修改章程的决议应当由本社成员表决权总数的三分之二以上通过，章程对表决权数有较高规定的，从其规定。对章程内容的修改应当到工商行政管理部门进行相应的变更登记。
第三，设立农民专业合作社，其组织机构应当符合法定的要求。本法第四章规定，农民专业合作社的组织机构包括成员大会或者成员代表大会、理事长、理事会、执行监事或者监事会。这里需要明确的是，根据法律规定，农民专业合作社必须设立的法人机关只有两个，一是理事长，二是成员大会，其余法人机关是否设立，可由农民专业合作社根据自己的实际情况决定。
第四，设立农民专业合作社，其名称应当符合法律、行政法规的规定并且具有章程确定的住所。
法人的名称是法人之间互相区别的标志，是其独立人格的体现。农民专业合作社作为法人有自己的名称，才能成为特定化的、排他的组织。农民专业合作社的名称应当符合我国法律关于商号登记的有关规定。商号，是指商主体在从事商行为时所使用的名称，即商主体在商事交易中为法律行为时，用以署名或让他的代理人用其与他人进行商事交易的名称。我国法律对商号的选定实行严格限制，根据有关规定，商号必须反映商主体的真实情况，也就是说，商号与商主体的营业种类、经营范围、投资状况等相一致，不能给公众造成一种假象或者产生迷惑，否则法律将禁止使用。在我国，商号的构成一般采用四段式结构，第一部分是主体所在行政区域的名称；第二部分是主体的具体字号；第三部分是依照国家的行业分类标准划分的主体行业或经营特点；第四部分是主体的组织结构或责任形式。根据相关法律规定，我国商主体对商号的选定有一系列的限制，主要有：第一，商主体原则上只允许使用一个商号，在同一工商行政管理部门辖区内，新登记的商号不得与已经登记注册的同行业的商号相同或者近似，如有特殊需要，经省级以上工商行政管理部门批准，商主体可以在规定范围内使用一个从属商号。第二，不得使用法律中规定的禁止使用的内容和文字作为商号。如：有损国家和社会公共利益的商号；可能对公众和社会造成欺骗或者误解的商号；以外国国家（地区）名称、国际组织名称作为内容的商号；以党政名称、党政机关名称、群众组织名称、社会团体名称及部队番号作为内容的商号；以汉语拼音字母（外文名称使用的除外）、数字作为文字的商号。第三，商号的选定必须符合语言文字统一的要求。农民专业合作社不论对商号进行创设登记、变更登记、转让登记还是废止登记，都应当到工商行政管理部门依法办理相应的手续。农民专业合作社对于已经进行相关合法登记的商号，享有专有使用权。
根据本法规定，设立农民专业合作社还应当具有由章程确定的住所。农民专业合作社的住所，即主要办事机构所在地。在设立农民专业合作社时应当明确住所并记载在章程中，其他形式的文件不得涉及住所的设定和变更。若需变更住所，应当变更章程的相关规定并进行变更登记。
第五，设立农民专业合作社，应当有符合章程规定的成员出资。农民专业合作社作为法人存在的重要条件之一是有必要的财产，并能够以相关财产独立行使权利和承担责任。当然，农民专业合作社依法占有、使用和处分的财产，不仅是成员出资，还包括公积金、国家财政直接补助、他人捐赠以及合法取得的其他资产所形成的财产等。这些财产共同构成了农民专业合作社的财产，合作社以上述财产对债务承担责任。但在农民专业合作社成立之初，成员出资是其财产的主要来源。同时可以看到，此次法律修改未对农民专业合作社成员的最低出资额作出具体规定，也就是说，农民专业合作社没有法定最低出资额。这主要是因为目前我国的农民专业合作社发展的规模和水平不一，本法没有对出资额作出统一的规定和限制，而是授权章程根据实际情况确定出资的方式、数额等有关事项。通过降低门槛，可以给不同类型的、不同发展阶段的合作社一个更广阔的发展空间，让更多农民专业合作社尽可能容易地取得法人资格，开展正常的生产经营活动。
农民专业合作社法第十三条第一款规定：“农民专业合作社成员可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地经营权、林权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产，以及章程规定的其他方式作价出资；但是，法律、行政法规规定不得作为出资的财产除外。”近年来，我国新型城镇化进程加快，农村人口不断向城镇转移，农村家庭承包经营制度进一步完善，土地流转已成为常态。农民以土地经营权、林权等作价出资入股合作社的情形越来越多。农业部从2015年起在黑龙江、江苏等7个省各选择1个县开展土地经营权入股发展农业产业化经营试点。农民专业合作社通过流转土地经营权，提供代耕代种、联耕联种、土地托管、产供销统一服务，有效地提高了规模经营水平。2016年，21.6%的流转土地流向了农民专业合作社。此次修法前，土地经营权、林权等作为出资方式没有明确的法律依据，没有形成合理的作价机制，使承包农户的利益有被货币、实物、知识产权出资挤压的风险，进而损害合作社中小规模农户的合法权益。
党的十八届三中全会提出，允许农民以承包经营权入股发展农业产业化经营。2014年中办国办《关于引导农村土地经营权有序流转发展农业适度规模经营的意见》要求，允许农民以承包经营权入股发展农业产业化经营。2015年中办国办《关于完善农村土地所有权承包权经营权分置办法的意见》要求，积极开展土地经营权入股农业产业化经营等试点。2015年中央1号文件要求，引导农民以土地经营权入股合作社和龙头企业。为适应农民财产多样化和农村承包土地“三权分置”的发展趋势，平衡农民财产权利的实现与农村社会稳定之间的关系，保护农村家庭承包经营户在农民专业合作社中的利益，完善农民专业合作社出资结构，体现农民专业合作社自治精神，本次修法明确土地经营权、林权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资入股合作社。
为保障农民专业合作社的资本充实，出资为有效出资，农民专业合作社法第十三条第二款规定：“农民专业合作社成员不得以对该社或者其他成员的债权，充抵出资；不得以缴纳的出资，抵销对该社或者其他成员的债务。”
农民专业合作社法第十四条规定：“设立农民专业合作社，应当召开由全体设立人参加的设立大会。设立时自愿成为该社成员的人为设立人。设立大会行使下列职权：（一）通过本社章程，章程应当由全体设立人一致通过；（二）选举产生理事长、理事、执行监事或者监事会成员；（三）审议其他重大事项。”
设立大会是设立农民专业合作社的必经程序。召开设立大会时，全体设立人必须都参加，并就农民专业合作社管理和运转有关事项达成一致，如此农民专业合作社才可能成立。设立大会由全体设立人组成。设立人是农民专业合作社设立时自愿成为该社成员的人。设立大会作为设立农民专业合作社的重要会议，本法规定了其法定职权，包括以下几项：
第一，设立大会应当通过本社章程，章程应当由全体设立人一致通过。章程是农民专业合作社成员之间合作的基础性文件，对全体成员具有约束力，即所有成员都必须严格遵守章程的规定，如成员的权利和义务、成员的出资额和出资方式、盈余分配和亏损处理等。章程必须由全体设立人一致通过。任何未经全体设立人一致通过的章程性文件，都不能称之为章程并发挥章程的作用。
第二，选举产生理事长、理事、执行监事或者监事会成员。理事长作为农民专业合作社的法定代表人，是法人的执行机关，也是法人的必设机关。而执行监事或者监事会作为监督机关，合作社可以根据自身的需要决定是否设立，以及选择设立执行监事还是监事会。经理不是农民专业合作社的必设机关，可由理事长或者理事兼任。但是，在选举产生上述人员时，还应当符合农民专业合作社法第三十七条、第三十八条的规定，即农民专业合作社的理事长、理事、经理不得兼任业务性质相同的其他农民专业合作社的理事长、理事、监事、经理。执行与农民专业合作社业务有关公务的人员，不得担任农民专业合作社的理事长、理事、监事、经理或者财务会计人员。
第三，审议其他重大事项。前述两项职权，是法律赋予设立大会的必须履行的职权，是法定事项，是农民专业合作社具备法人资格能够依法成立的最基础性要求。但由于每个农民专业合作社的情况有所不同，需要在设立大会上讨论通过的事项也有所差异，所以本法亦为设立大会的职权作了弹性的规定，以符合实际需要。