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从对自然资源有偿使用与生态补偿制度的本质定义，可以看到这是两种具有各自特殊价值功能的制度。自然资源有偿使用制度的核心在于在自然资源转让过程中，要求使用者支付能够反映市场供求和资源稀缺程度对价，体现自然资源的经济价值和生态价值。生态补偿制度的核心在于使提供生态服务溢出效益的主体获得生态服务的价值，使得利用自然资源提供的生态功能的主体支付相应的对价，也可以表述为“受益者补偿”。由此看来，自然资源有偿使用与生态补偿应当是两个独立的法律制度，有其各自特殊的功能与价值。这一点在2013年发布的《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》中也得到了印证。该决定提出要加快生态文明制度建设，明确指出实行资源有偿使用制度和生态补偿制度。在明确自然资源有偿使用和生态补偿是两个独立存在的制度的前提下，紧接着需要追问的是：两种制度之间的关系如何？界限在哪里？二者之间存在怎样的逻辑关系？对这些问题做出清晰、合理的解释是制度构建的前提要件。
当前，我国学界对生态补偿概念的核心内涵仍存在分歧，概念外延泛化较为严重，对生态补偿制度实质认识仍存在较大的差异。生态补偿制度几乎囊括了与自然资源利用相关的大部分税费制度、金钱给付交易制度。此外，国内对于自然资源有偿使用制度的体系性研究仍处在初步研究阶段，在进行制度归纳时也容易将制度界限定得过于宽泛。因此两种制度交叉、重叠的情况常有发生，对自然资源有偿使用与生态补偿制度化建设与实践的良性运作造成了一定的干扰。对于上述问题的分析，本书认为，自然资源有偿使用制度指向的是自然资源的价值，生态补偿指向的是生态服务的价值，两种制度指向的对象存在差异，因此本书从自然资源的价值与人类行为对生态环境的影响两个因素着手，对上述问题进行分析。
自然资源的价值最先为西方经济领域研究者所认识。17世纪60年代，英国古典政治经济学创始人威廉·配第提出土地和劳动共同创造财富的观点，并有“土地是财富之母，劳动是财富之父”的名言。
后土地的概念被拓展到泛指一切自然资源。现代西方经济学普遍认为，产品的生产需要四种生产要素的参与，这四种要素是劳动、土地、资本和企业家才能。每种要素都会对商品的生产作出贡献，因而都创造了价值，其价值量的大小等于在商品生产中所作贡献的大小。
1972年美国经济学家梅多斯在其研究报告《增长的极限》中对人类与自然关系的深刻反思和对资源与环境问题的持续关注，成为今天我们普遍认同的可持续发展理念。这些观点和理论阐释了自然资源是有限、有价值和应该有偿使用的，因而我们应该珍惜资源、保护资源，提高其利用效率。
21世纪初期，联合国发布并完善“综合环境与经济核算体系”（System of Integrated Environment and Economic Accounting，SIEEA），为各国建立绿色国民经济核算、自然资源账户和污染账户提供了一个共同框架。对自然资源进行核算建立自然资源账户是构成该体系的一个重要方面，自然资源核算的目的在于利用自然资源价值量提供一个全面统筹自然资源变化与经济活动影响的信息系统。自然资源核算大体上分为两个层次：（1）对煤炭、石油、水、土地、森林等各个自然资源类别分别进行实物量和价值量存量及流量的核算，展示各类资源在核算期内的增减变动情况；（2）对自然资源进行综合核算，利用价值量展示自然资源总量的增减变动情况。
依据不同的标准可以将自然资源价值进行不同的分类。英国经济学家D.皮尔斯将自然资源价值分为使用价值和非使用价值。（1）使用价值是指可以为人类所利用和消耗的价值，根据人类使用自然资源价值的方式，又可以将使用价值分为可直接消耗的价值和功能效益，前者如提供木材、食物、生物量、观赏娱乐等，后者如提供防风固沙、生态调控、保持生物平衡等间接功能效益。（2）非使用价值是指人类对自然资源的永续利用以及自然资源自身存在的价值。非使用价值又可以细分为选择价值和存在价值。其一，选择价值是指留存至将来或为人类后代直接或间接使用的价值，如动植物栖息地的价值、生物多样性价值；其二，存在价值即自然资源本身所具有的价值，如水、森林、动植物、生态功能本身的价值。（见表3）
表3 自然资源价值分类
根据自然资源价值的物理形态，自然资源的价值可分为有形资源价值和无形生态价值。这既是可持续发展思想在自然资源利用方面的体现，也是生态整体主义在人类开发利用自然资方面的要求，主要体现在对于自然资源开发利用行为的限制方面。这种限制主要体现在自然资源的经济属性和生态属性两个方面，自然资源的经济价值和生态价值正如一枚硬币的两面，同时并存。
二者之间彼此作用，互相牵制。一方面，在开发利用自然资源行为中获取自然资源的经济利益必然会损害自然资源生态的完好性；另一方面，自然资源生态完好性的严重破坏最终会导致自然资源经济属性的丧失。因此，生态整体主义要求人类对自然资源的开发利用应当在采取保护性措施的基础上进行合理开发利用。但在人类历史演变过程中，人们从自身的利益出发，仅仅关注自然资源的经济价值，把地球视为取之不尽、用之不竭的资源宝库。这种对自然资源经济价值的单独关注导致人们对大自然进行掠夺性开发，牺牲自然资源的生态价值，最终导致自然资源的枯竭和生态破坏，不仅使人类从自然中获取的物质财富归于无用，而且使整个人类处于面临丧失生存基础的危险境地。
在生态整体主义视角下，可以看到，无论对于自然资源的哪一种分类，自然资源的内涵远远超过为人类所消耗的直接使用价值，包括非直接使用的功能效益以及其存在的为将来和后代所利用的价值，都是自然资源价值的重要组成部分。换言之，自然资源同时具有经济价值和生态价值。重视自然资源作为生态要素所具有的生态价值以保护生态系统的完好性是可持续发展的一个必然要求。并且，要重视自然资源的生态价值以保护地球生态系统的完好性，就必然对人们的自然资源随意开发；进行限制，也要对人们的自然资源攫取量和攫取速率进行限制。除此之外，在定义自然资源的经济功能，以及考虑其经济价格时，同样应当涵盖自然资源的经济方面与生态方面。
人类行为对生态环境可能造成正面或负面的影响，而这种正面或负面的影响又会反馈于人类整体或部分成员。同样，可以借助人类对生态环境产生的正面（积极效益）或是负面（消极损害）的影响，将人类的资源利用行为分为两类：前者主要是指自然资源与生态养护行为，后者主要是指资源的开发利用行为。人类对自然资源的开发利用为生存和发展所必需，因此该类行为带来的生态环境损害有时无法避免。为了应对这种局面，现代法治国家普遍通过颁布环境法或自然资源法的形式，即制定相应的标准、行为规范、程序和救济措施，对资源与环境利用行为进行规制，以减少和填补自然资源利用行为带来的资源损耗和生态破坏。因此，以法律规范为标准，又可将资源与环境功能的利用行为分为合法行为与违法行为。据此，人类的资源利用行为可以分成三个层面：自然资源养护行为、资源利用合法行为和资源利用违法行为。又因为环境的外部性，上述三种行为与其所承担的责任不匹配。具体而言，自然资源与生态养护行为所产生的生态效益为社会其他成员（全体或部分）所享有而未支付对价；自然资源开发利用行为对生态造成的损失由社会其他成员（全体或部分）所承担。因此需要通过法律的规范与制度的构建重新规制行为人与其他社会成员之间的利益。
上述三类行为应当由不同的法律规则予以规制。首先，最容易识别的是资源利用违法行为。因违反环境保护与自然资源保护法律规定，造成资源破坏与生态破坏的行为，由生态环境损害赔偿制度规制。根据国务院《生态环境损害赔偿制度改革方案》（2017）的规定，违反法律法规，造成生态环境损害的单位或个人，应当承担生态环境损害赔偿责任。生态环境损害赔偿范围包括清除污染费用、生态环境修复费用、生态环境修复期间服务功能的损失、生态环境功能永久性损害造成的损失以及生态环境损害赔偿调查、鉴定评估等合理费用。其次，自然资源与生态养护行为调整生态服务提供者与受益者之间的利益，应由生态补偿制度予以调整。最后，自然资源开发合法行为。对自然资源开发利用的合法行为主要由自然资源有偿使用制度调整。但是在资源开发的行为中，有时无法避免对自然资源生态功能造成破坏，最典型的是伐木行为。对于这种行为的调整应当由何种制度调整呢？现行法体系下这种制度主要体现为自然资源使用的各类补偿费，如森林植被恢复费、土地复垦费、育林费、水土流失防治费等。这也是理论研究中，生态补偿制度与自然资源有偿使用制度最容易重叠的部分。
对此，目前学界主要存在两种理解：第一种观点认为应当属于自然资源有偿使用制度调整。自然资源有偿使用价值的交换，不仅包括自然的经济价值，而且包括自然资源所具备的生态功能价值。因此单位或个人获取使用权时除支付自然资源经济价值的对价外，还包括对非使用价值（生态价值）的对价支付。第二种观点认为，这种行为应当由生态补偿制度规制，这里的生态补偿采用的是较为广义的概念，即生态补偿应包括正面和反面的双向补偿，即包括生态服务受益者支付费用和生态功能破坏者进行生态修复。当资源利用行为造成环境的负面影响时，应当通过生态功能的修复填补损失。造成这两种观点分歧的原因在于对这两种制度的研究路径不同。第一种观点从自然资源的价值理论出发，认为资源有偿使用制度中的自然资源的价值包括直接使用价值（经济价值）和间接使用价值（主要指生态价值）。当获取自然资源经济价值必须损害生态功能时，其必须支付相应的对价以填补损失。而第二种观点是从生态补偿概念出发进行逻辑推导。在传统法律部门中，补偿概念主要出现在征收征用相关条款和侵权责任法中，其概念强调因合法行为对他人损失进行合理填补。其中《侵权责任法》
中使用“补偿”的情况包括：（1）第三人因防止、制止侵权行为而受到损害，侵权人逃逸或无力承担责任时，第三人请求受益人予以适当补偿（第23条）；（2）自然原因引发危险，紧急避险造成损害，紧急避险人可给予适当补偿（第31条）；（3）没有过错的完全民事行为能力人在暂时没有意识或者失去控制造成他人损害的情形下，对受害人给予适当补偿（第33条）；（4）抛掷或坠落物造成损害，难以确定具体侵权人，由可能加害的建筑物使用人给予补偿，除非另有证据证明该使用人不是侵权人（第87条）。这四种情况中的补偿也包括因受益支付的合理补偿和因侵权行为对损失的填补。
本书认为，行为人因利用自然资源合法行为造成生态损失向国家缴纳费用，如森林植被恢复费、土地复垦费、育林费、水土流失防治费等属于自然资源有偿使用的范畴，同时，上述费用的缴纳与自然资源使用费不同，并非基于国家自然资源权利所有人的原因，而是自然资源使用人履行其生态保护法定义务的替代性措施。所以国家在自然资源使用权出让法律关系中兼具所有权人和环境保护公共职能双重身份和权力（权利）。一方面，国家作为自然资源的所有权人，基于所有权经转部分权能获得相应对价；另一方面，国家具备环境保护的公共管理职能，因此在转让资源使用权的过程中还应对使用权人课以一定程度的义务，即自然资源的使用不得损害自然资源生态功能。当因资源获取方式或其他原因无法避免造成生态损失时，应当履行相应生态环境效果的替代性行为，如土地复垦、森林植被恢复。当自然资源使用人因自身能力无法履行或因生态功能特点无法恢复时，应缴纳相应的补偿费，用于相关方面的资源与生态恢复工作。
依据自然资源的价值与人类对自然资源使用或保护行为，本书划分出生态环境损害制度、生态补偿制度和自然资源有偿使用制度的基本范围。
首先，根据人类对自然资源利用或保护行为所产生对生态环境的外部损耗或溢出效应，将生态补偿制度的范畴限定在调整自然资源和生态养护行为所产生的利益分配与权利义务关系，即提供生态服务人与受益人之间的权利义务关系。
其次，以对自然资源开发利用行为是否符合法律规定为依据，确定生态环境损害制度与自然资源有偿使用制度的基本范畴。对于违反法律法规，造成生态环境破坏的行为，由生态环境损害赔偿制度予以调整。而合法行为则由自然资源有偿使用制度进行调整。
最后，自然资源有偿使用制度基于国家具备自然资源所有权人和生态环境保护公共职能双重身份和权力（权利）而存在。在自然资源有偿使用制度中，国家作为自然资源所有权人，在权属清晰的前提下，与使用权人之间就自然资源的价值进行交换。从上述D.皮尔斯对自然资源价值的分类来看，自然资源的非使用价值是从人类生存与发展的宏观角度进行考量，不能为某一个或某一部分人所占有，因此不能进入所有权的范畴，能进入交易环节在不同主体之间进行交换的价值唯有使用价值，这种交换以自然资源的经济价值为主要交易对象，同时在价格机制形成方面应当考虑自然资源的生态价值、代际价值和社会价值。此外，国家具有保护自然资源生态功能职能，当自然资源利用行为造成生态功能损失时，国家有权要求行为人对生态的损耗进行修复。
自然资源有偿使用与生态补偿基本范畴
自然资源使用制度与生态补偿制度之间的差异性更为明显，各有其独特的制度功能与价值。首先，制度功能设置不同。自然资源有偿使用制度的根本前提是对资源的合理开发与利用，由于自然资源的耗竭性特征，自然资源的起点也是生态系统的可持续发展、人类社会经济的可持续发展。
生态补偿制度的基本出发点就是实现人类社会的可持续发展，实现人与自然和谐相处，是人类修复、治理由自身社会经济活动造成的生态环境与自然资源受损或破坏。
其次，内容范畴不同。虽然两种制度均为对使用自然资源所应支付的对价，但支付对价所包含的内容有所不同，自然资源有偿使用金是对资源经济利益获取，而生态补偿是因获取自然资源而使资源所构成的生态功能损耗的弥补，如生态调解、防风固沙、维持生物平衡等。再次，两种制度的实现方式或途径不同。一般而言，在种类上，自然资源有偿使用的方式一般是以对价给付的形式体现，主要体现为资源税费。而生态补偿制度的实现方式要比自然资源有偿使用制度的实现方式丰富得多，在资源开发生态补偿制度中，实现方式既有无形的政策、技术补偿形式，也包括有形的财政和资金支持等方式。
最后，两种制度在适用阶段不同。自然资源有偿使用制度多发生在事前，即资源开发利用人在开发利用资源之前就应当付出相应的资源对价。而生态补偿制度的适用阶段则较为广泛，既有可能体现为事前支付对价，也有可能体现为事后对相应行为的支付，比如对矿山的生态修复。
此外，两者之间存在一定的共同性：（1）两者的制度目的一致。生态补偿制度的基本出发点是实现人类社会的可持续发展，实现人与自然和谐相处，是人类修复、治理由自身社会经济活动造成的生态环境与自然资源受损或破坏。
而自然资源有偿使用制度的根本前提是对资源的合理开发与利用，其原因在于自然资源的耗竭性特征，因此自然资源的起点也是生态系统的可持续发展，人类社会经济的可持续发展。
因而，可持续发展直接体现为环境（生态）修复，即该两种制度的目的都是解决人类在矿产资源开发与利用活动中对生态环境产生重大危害或者有重大危害之虞时的修复机制。（2）两者具有相同的制度基础。自然资源有偿使用和生态补偿制度具备共同的理论基础，即两种制度均建基于自然资源国家所有权和使用权这两种权利之上。换言之，自然资源国家所有权和使用权制度是两种制度得以设立、实施和有效运行的权力基础，或者说理论前提。
政府作为自然资源的所有权人和生态环境的具体管理者，对于生态的正外部性应给予奖励和补贴，而对于其负外部性的价格，应予以惩罚和强制支付。从制度内涵来看，资源开发生态补偿制度也是一种激励性的产权制度安排。（3）两者具有极为相似的实现方式。生态补偿制度的实现方式有政策补偿、资金补偿、技术和智力补偿等形式。对于资金补偿，最为常见的形式便是补偿金、赠款、减免税收、补贴、财政转移等。在自然资源有偿使用制度中，我们以矿产资源领域为例，有四种实现方式，即资源补偿费（权利金）、资源税、矿业权出让金和矿业权使用费。
[1] Kosoy，N.and Corbera，E.，2010.Payments for ecosystem services as commodity fetishism. Ecological economics ， 69 （6），pp.1228-1236.