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自然资源顾名思义是指自然形成的资源。《不列颠百科全书》中将自然资源解释为“人类可以利用的自然生成物，以及生成这些成分的环境功能，称为自然资源。前者有土地、水、大气、矿产生物等，后者有太阳能、生态系统机能、地球物理化学循环机能等”。《中国大百科全书》认为自然资源是指：“存在于自然界，在现代经济技术条件下为人类利用的自然条件。”《中国资源科学百科全书》中认为：“自然资源是指存在于自然界中能被人类利用或在一定技术、经济和社会条件下能被利用来作为生产、生活原材料的物质、能量的来源，或在现有生产力发展水平和研究条件下，为了满足人类的生产和生活需要而被利用的自然物质和能量。”
联合国环境规划署认为：“自然资源是指在一定的时间条件下，能够产生经济价值、提高人类当前和未来福利的自然环境因素的总称。”
对自然资源概念的把握受制于社会的发展、技术的改进、人类需求的变化等因素，就目前社会发展、技术水平与人类需求而言，自然资源应当包含三个方面的特征：（1）天然性。自然资源是自然生成之物而非由人类创造，其组成、结构、功能、边界及分布受人类影响较小。（2）效用性。效用性包含两个层面的意思：一方面，自然资源是在一定的时间与空间范围内为人类所利用和为人类提供当下或未来福祉的物质和能量，开发利用自然资源的目的在于生产出满足人类需要的产品，产生经济效益，提高人类的生存能力和福利；另一方面，自然资源也在一定的时空条件下为人类所控制和支配。（3）动态性。自然资源概念受到其所处的社会发展程度、人类开发利用自然资源的能力以及人类需求的影响，从而调整其范畴。虽然目前学界对自然资源这一概念的内涵和外延仍未达成一致，但是对自然资源概念的共性描述或已达成统一，即自然资源是天然形成的，在一定的时空范围内为人类生存和发展所需的物质与能量。
自然资源立法是各国自然资源保护的通行做法，特别是20世纪60年代环境与资源危机爆发之后，各国更是加快了自然资源保护立法的进程，逐步建立起自然资源保护法律体系。例如，美国从20世纪50年代以来也相继制定了《鱼类与野生生物法》（1956）、《土地多用途持续使用法》（1960）、《野生生境法》（1964）、《鱼类和野生动物协调法》（1965）、《水资源规划法》（1965）、《海洋哺乳动物保护法》（1972）、《海岸带管理法》（1972）、《濒危物种法》（1973）、《森林和草地可更新资源规划法》（1974）、《资源保护与恢复法》（1976）、《联邦土地政策与管理法》（1976）、《渔业保护与管理法》（1976）、《露天采矿控制恢复法》（1977）、《土壤与水资源保护法》（1977）、《可更新资源扩展法》（1978）、《北美湿地保护法》（1989）和《水资源开发法》（1996）等几十部资源保护的法律。
再如，日本制定了《森林资源造成法》（1946）、《森林法》（1951）、《矿业法》（1950）等。瑞典在其原有的《森林法》《水法》《狩猎法》《名胜古迹法》《渔业法》等自然资源单行法的基础上，又制定了综合性的《自然保护法》（1964）、《自然资源管理法》（1987），形成了完整的资源保护法体系。
我国1982年《宪法》第9条和第10条规定了自然资源的权属问题，该两条所列举的自然资源包括矿藏、水流、森林、山岭、草原、荒地、滩涂、动植物和土地资源。除基本法外，我国还颁布自然资源保护单行法，包括《森林法》
《草原法》
《煤炭法》
《渔业法》
《海域使用管理法》《海洋环境保护法》
《海岛保护法》《土地管理法》
《防沙治沙法》《矿产资源法》
《节约能源法》
《可再生能源法》
《野生动物保护法》
《水法》
《水土保持法》
以及上述法律的实施条例、其他行政法规、地方法规和行政规章。我国立法中关于自然资源的界定，主要采取列举的方式。就目前而言，我国法律保护与调整的自然资源主要包括森林资源、淡水资源、海洋资源、土地资源、矿产资源、生物资源、能源资源等。
自然资源产生于自然界，又因人类的开发利用活动映射于人类社会。起初这种影响并未对社会秩序产生过多影响，但随着人口的膨胀、经济的增长、社会的发展和人们生活质量的提高，自然资源相对于人类无限的需要与欲望而言，一方面呈现出供给不足的稀缺，另一方面又因人类的不当使用产生负面影响，对人类社会秩序乃至人类生存与发展产生严重影响，于是法律的规制与调整成为应对该问题的重要手段之一。
法律调整因自然资源而产生的社会关系，主要包括人类对自然资源的管理、保育、开发、利用等活动。因此，除上述天然性、效用性和动态性的特点外，法律意义上的自然资源概念特别强调三个方面的特征：（1）稀缺性。稀缺性是指自然资源的供给无法满足人类的需求，或即使在某个时期自然资源的供给尚能满足需求，但因为地域分布的不均衡性会产生局部稀缺。资源的稀缺会对人类的行为产生两个方面的约束：一方面约束人类对资源实施可持续利用，另一方面激发国家、企业和个人实施资源保护的各项活动。（2）一定程度上经人工改造的资源产品。地理地质学意义上的自然资源概念强调处于自然赋存状态下的自然要素。然而法律意义上的自然资源，不局限于对资源纯粹天然性的保持，经一定程度的人工改造、对生产和生活产生重要影响的资源产品也是法律调整的对象，例如石油、天然气、矿产品、城市土地、文化遗迹等。（3）整体性资源的存在。除根据物质的构成与富集对资源进行调整外，法律对于自然资源的调整还强调对资源整体性的保护和利用。这是人类随着生活环境质量要求的提高与精神认知的深入，逐渐认识到自然资源本身与其所处的环境之间联系紧密，自然资源除具有经济价值外，还具备生态价值、科研价值和美学价值等，对于资源的保护不再局限于追求对物质的保护，而在于对物质及其所处原生环境的保护，例如湿地保护、自然生态保护区的建立等。
自然资源在法的范畴中属于法律关系的客体，该客体通过与各类法律主体间权利义务产生联系，进入法律调整的序列。自然资源权属制度是环境法学重要的理论范畴之一，通过对自然资源权属的界定，明确对自然资源的归属、支配以及由此产生的法律后果的分配。根据现行法律法规，我国的自然资源权可以分为两个方面的内容，即自然资源所有权和自然资源使用权。
自然资源所有权，是指所有权人依法享有的对自然资源的占有、使用、收益、处分等权利。自然资源权属制度是我国的基本法律制度，由《宪法》作出明确规定。我国2018年《宪法》第9条规定：“矿藏、水流、森林、山岭、草原、荒地、滩涂等自然资源，都属于国家所有，即全民所有；由法律规定属于集体所有的森林和山岭、草原、荒地、滩涂除外。国家保障自然资源的合理利用，保护珍贵的动物和植物。禁止任何组织或者个人用任何手段侵占或者破坏自然资源。”第10条规定：“城市的土地属于国家所有。农村和城市郊区的土地，除由法律规定属于国家所有的以外，属于集体所有；宅基地和自留地、自留山，也属于集体所有。国家为了公共利益的需要，可以依照法律规定对土地实行征收或者征用并给予补偿。任何组织或者个人不得侵占、买卖或者以其他形式非法转让土地。土地的使用权可以依照法律的规定转让。一切使用土地的组织和个人必须合理地利用土地。”
国家自然资源所有权与集体自然资源所有权虽然均属所有权，但仍存在一定差异。
（1）在所有权客体上，集体自然资源所有权存在一定限制
依照宪法的规定，我国自然资源所有权归国家和集体所有。在所有权客体方面，国家自然资源所有权和集体自然资源所有权具有较大的区别。国家可以取得任何类型自然资源的所有权，包括森林资源、水资源、土地资源、草原、海域、野生动植物等自然资源的所有权。而集体自然资源所有权在客体上受到一定限制，这种限制主要体现在两个方面：一方面，除农村和城市郊区的土地外，原则上森林、山地、草原、荒地和滩涂等自然资源属于集体所有；另一方面，矿产资源、水资源、海洋资源、野生动植物资源和城市土地资源被明确排除在集体自然资源的所有权客体之外，属于国家，即全民所有。
（2）在取得方式上，国家和集体自然资源所有权存在一定区别
一方面，两种自然资源所有权都可以通过法定取得、天然孳息和自然添附的方式取得，具体而言：第一，法定取得，是指根据法律规定取得自然资源所有权，如上述《宪法》第9条、第10条的规定，这是我国国家取得自然资源所有权的基本方式。规定自然资源所有权的法律除《宪法》外，《矿产资源法》《水法》《野生动物保护法》等自然资源单行立法也有规定。第二，天然孳息，是指根据自然资源的生长规律而产生的自然产品。天然孳息主要是针对那些可再生资源而言的，譬如树木的自然生长会导致森林木材的增加，林地中生长的菌类，野生动物在自然条件下繁育幼崽等。第三，自然添附，是指因地质变化、河流冲击等自然条件，自然资源产生或增加，这种情况较为典型地体现在土地资源上。
另一方面，国家自然资源所有权与集体自然资源所有权也有其独特的获取方式。在法律规定的特定场合下，国家出于公共利益考虑，采用征收、征用等强制性手段取得所有权。而集体组织可以通过投入劳动而获得新的自然资源，比如集体组织通过植树造林而新产生的森林资源，这些自然资源是集体组织开发利用自然资源的结果，其所有权理应由劳动者（其组织全体成员）取得。
（1）自然资源的使用与使用权
对自然资源的使用是指人类为满足自身生存、发展或其他需求，从自然资源中获利的行为。从使用是否对自然资源的功能和价值产生不利影响的角度来看，可以将对自然资源的使用分为两类：本能使用和经济利用。
一方面，自然资源的本能使用是指个人为满足生存和发展的需要，在不破坏自然资源功能和价值的前提下，对自然资源的利用行为。我国的自然资源虽然属于国家或集体所有，同时也允许国家和集体成员为自身生存和发展需要，不加破坏地对自然资源进行利用，譬如允许个人采食国家林地中的蘑菇，允许牧民采割国家草场中的青草等。此类利用行为具有三个方面的特征：第一，行为主体应当仅包括个人；第二，利用自然资源的目的是满足自身的生存和生活；第三，其利用行为不会对自然资源的性质和功能产生较大的不利影响。
另一方面，自然资源的经济利用是指对自然资源进行开发利用，以获取自然资源的经济利益的行为。区别于个人的本能利用，此类行为也具有三个方面的特征：第一，对自然资源进行经济利用的主体可以是国家及其机构、企业和个人。国家作为自然资源的所有人能够对自然资源进行利用，但又因国家作为抽象的虚体概念，其权利的行使必须借助一定的实体机构。如我国《水法》规定：“水资源属于国家所有，水资源的所有权由国务院代表国家行使。”除此之外，国家也可以通过权利让渡的方式，允许企业和个人利用自然资源获取利益。第二，自然资源经济利用的目的是获取资源的经济价值。第三，经济利用行为对自然资源及其生态环境影响较大，可能破坏资源的生命周期和循环，导致环境和生态功能的破坏。
自然资源使用权是一个特定的法律概念，它是指企业、个人或者其他组织能够依法实际使用国家所有或集体所有的自然资源并获得相应利益的手段。其本质是对国家、集体自然资源经济利用一般禁止的免除。基于自然资源国家和集体所有制的基本社会经济制度，我国自然资源的使用通常由政府机构代表国家行使。如果企业、自然人想要开发、利用自然资源并获得相应的经济利益，应当依据法定程序取得自然资源使用权。我国现行的自然资源使用权主要包括：林地、森林、林木的使用权和承包经营权，草原使用权和承包经营权，土地使用权，取水权，探矿权和采矿权，养殖权和捕捞权，海域使用权等。
（2）自然资源使用权的获取
自然资源使用权的获取必须具有正当的权源。根据现行立法以及实践的基本情况，自然资源使用权的取得主要有法律授权取得、许可或承包经营取得、转让取得、开发利用取得四种方式。
第一，法律授权取得。是指权利主体通过法律直接授权获得使用自然资源的权利。如《土地管理法》规定国有土地和农民集体所有的土地，可以依法确定给单位或者个人使用；《草原法》规定全民所有的草原，可以固定给集体长期使用。通过法律授权获得的自然资源使用权需要通过一定的法律程序予以确认，通常需要由相关政府机关登记造册，核发证书。如《土地管理法》规定：“单位和个人依法使用的国有土地，由县级以上人民政府登记造册，核发证书，确认使用权。”类似规定也可见于《草原法》《森林法》等法律中。
第二，许可或承包经营取得。许可取得和承包经营取得分别适用于国家自然资源所有权和集体自然资源所有权。对于国家自然资源所有权，由代表国家行使管理职权的相关行政机关在法定权限内经法定程序向相关主体颁发自然资源使用许可，从而赋予相对人自然资源的使用权。如通过向地质矿产行政主管部门申请采矿许可，相对人取得采矿权；通过向水行政主管部门申请取水许可，相对人取得取水权等。承包经营是使用集体所有的自然资源的一种独特形式，承包人通过与集体组织签订承包经营合同，取得一定期限内某类自然资源的使用权。譬如，《土地管理法》规定农民集体所有的土地由本集体经济组织的成员承包经营，从事种植业、林业、畜牧业、渔业生产。土地承包经营期限为30年。发包方和承包方应当签订承包合同。
第三，转让取得。是指个人、企业或其他组织通过购买、出售和租赁现有自然资源使用权而接受获得使用自然资源的权利。转让取得是在我国市场化取向改革进程中，实现自然资源市场化流转、优化自然资源配置的重要途径。与此同时，自然资源重要的生态功能价值决定了该类型使用权的转让，并与一般类型权利让与存在区别，应当根据自然资源性质、生态功能和价值进行类型化。如《矿产资源法》第6条规定，除有法律明确规定，禁止转让探矿权和采矿权。禁止将探矿权、采矿权倒卖牟利。《森林法》第16条规定：“国家所有的林地和林地上的森林、林木可以依法确定给林业经营者使用。林业经营者依法取得的国有林地和林地上的森林、林木的使用权，经批准可以转让、出租、作价出资等。具体办法由国务院制定。林业经营者应当履行保护、培育森林资源的义务，保证国有森林资源稳定增长，提高森林生态功能。”
第四，开发利用取得。开发利用取得是一种特殊的自然资源取得形式，主要针对未确定开发使用权的国有荒山、荒地、荒滩。《土地管理法》第41条规定：“开发未确定使用权的国有荒山、荒地、荒滩从事种植业、林业、畜牧业、渔业生产的，经县级以上人民政府依法批准，可以确定给开发单位或者个人长期使用。”
（3）自然资源使用权的分类
由于自然资源的物理形态差异很大，有固定的草原、森林，也有流水和野生动物；矿物质和能源埋藏于地下，流水又附着于水面。这就使得立法中关于自然资源使用权的分类是根据森林、水、土地、草原、矿产、野生动植物等自然要素客体进行分类的。虽然这种分类方法简单易行，但其局限性较为明显：第一，其只是对自然资源开发利用实践的直接映射，基本上没有能力解释新型自然资源的使用权，丧失了理论研究源于既有现实、指引未来实践的功能和目标。
第二，在这种划分方法的指导下，对各种自然资源使用权的研究基本上局限于传统的产权或产权理论框架，而没有注意到是否可以将以人为创造财富为标准的物权规则体系应用于自然资源这一特殊领域，也未充分满足可持续利用自然资源的权利系统的需要。
第三，根据自然资源的类型对对象进行分类的方式并非详尽无遗，很容易造成权利类型的重叠和冲突。例如，在渔业权和使用海洋权之间，在水产养殖权和使用水权之间就存在权利的重叠部分。
在理论研究中，已有学者注意到目前立法分类的局限，并尝试通过归纳演绎的方式进行重新分类，具体而言：第一，根据自然资源使用权和用益物权的本质属性进行重新划分。采矿权、采伐权、取水权、捕捞权等应划归自然资源使用权；林地使用权、渔业养殖权、草原使用权等归为用益物权体系，属于农地使用权的具体实现方式。第二，以自然资源与其所依附的土地之间的相互关系为标准，将自然资源利用权利分为资源性土地使用权和资源利用权。这些自然资源利用权利类型划分方法，都关注到以取水、采矿、伐木等获取自然资源产品为目的的自然资源利用权利的特殊性。
在理论研究中，一些学者已经注意到当前立法分类的局限性，并尝试通过归纳推理进行新的分类。具体而言，可分为三类。第一类，根据自然资源使用权和用益物权的基本属性进行重新划分。采矿权、采伐权、取水权、捕捞权等应划为自然资源使用权；林地使用权、渔业文化权和草原使用权属于用益权制度，是农业土地使用权的具体实施方式。
第二类，根据自然资源与其所依赖的土地的关系，自然资源利用权分为资源土地使用权和资源使用权。
这两种划分自然资源使用权类型的方式都涉及自然资源权利使用的特殊性，如取水、采矿和伐木均以获得自然资源产品为目的，而后者以利用土地资源及空间为目的。第三类，根据自然资源利用方式，将自然资源使用权分为“就地”利用和“迁地”利用。前者是指不改变自然资源的物理属性和自然分布，利用自然资源作为从事人类活动的载体或平台，或者利用自然资源自身的生产能力从事生产活动；后者是指通过劳动投入将处于自然状态的自然资源从自然界中分离，获取作为人类生产活动原料或燃料的自然资源产品。
事实上，上述三种对自然资源使用权的分类从本质上看均类似，分类的标准均依据对自然资源的利用方式。其一，借助自然资源所依附的土地
、水域等空间从事利用活动，这种利用方式只能就地利用，其性质与用益物权类似，可归于用益物权法律制度调整。其二，是对自然资源进行开发，将资源从自然状态中分离出来，能够为人类所控制和利用，如通过矿藏发掘出来的矿产品、采伐森林所得到的木材、从天然河流中取得的水等。对于前者，本书将其称作自然资源的空间利用权，主要包括林地使用权、森林使用权、林地承包经营权、草原使用权、草原承包经营权、海域使用权、土地使用权等。后者本书称之为资源产品使用权，主要包括伐木权、探矿权、采矿权、取水权、捕捞权、野生动物狩猎权、野生植物采集权等。（见表1）
表1 自然资源使用权类型化
自然资源具有较高价值、有明确的权属，就必然导致自然资源在以使用为目的的不同主体之间流转时是有偿的。自然资源有偿使用制度，是指在自然资源属于国有或集体所有的前提下，对自然资源所有权的使用权能从国家或集体手中转移至个人、企业或其他自然资源使用者手中，自然资源的使用者必须支付相应对价的法律制度。自然资源使用权可以分为有偿获取和无偿获取，无偿获取如上述法律授权取得和开发利用取得，有偿获取主要是指上述许可或承包经营取得和转让取得。而自然资源有偿使用制度是有偿获取自然资源使用权的必经程序。
我国自然资源有偿使用制度伴随着社会主义市场经济体制逐步建立起来。早期在计划经济体制下，自然资源使用权均为无偿取得，对自然资源的开发利用由国家指定，开发单位不需要支付相应对价。但随着市场经济体制的逐步确立，自然资源使用权概念从所有权权利束中逐渐清晰，所有权与使用权分离的实践经验不断积累，自然资源有偿使用制度也逐步建立。以土地资源为例，土地资源的利用经历了从无偿使用到有偿使用的市场化改革过程。在1980年国有土地使用制度改革之前，我国土地使用制度一直采用行政调拨手段配置土地，土地使用权人可以无偿、无期限地使用土地。从1980年土地改革开始，国有土地有偿使用制度逐渐推行。从收取城市土地使用费到征收城镇土地使用税，再到实行城市土地使用权有偿出让，实现了土地资源的有偿使用与流转。除土地资源外，其他资源的利用也经过了类似的发展过程。经过近40年的改革与发展，目前我国已经初步建立起以土地资源、水资源、矿产资源、森林资源、草原资源、海域海岛资源六类国有自然资源有偿使用制度。
在近几年国家全面深化改革整体设计上，自然资源有偿使用制度被赋予了重要的制度功能，被认为是生态文明建设的重要方面。2013年党的十八届三中全会通过《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》，明确指出“要实行资源有偿使用制度，加快自然资源及其产品价格改革，全面反映市场供求、资源稀缺程度、生态环境损害成本和修复效益。逐步将资源税扩展到占用各种自然生态空间”。2015年9月，中共中央国务院发布的《生态文明体制改革总体方案》中指出自然资源资产产权制度、资源有偿使用属于生态文明制度体系的内容。明确到2020年，全面建立覆盖全民所有自然资源资产的有偿出让制度，完善土地、矿产资源、海域海岛有偿使用制度，严禁无偿或低价出让。2017年《国民经济和社会发展第十三个五年规划纲要》也指出要加快构建自然资源资产产权制度，创新有偿使用机制。2018年9月在国务院《关于加快推进生态文明建设的意见》中进一步指出，要深化自然资源及其产品价格改革，凡是能由市场形成价格的都交给市场，政府定价要体现基本需求与非基本要求以及资源利用效率高低的差异，体现生态环境损害成本和修复效益。但是总体上，我国自然资源有偿使用制度的顶层设计还未全面落实到法律层面，自然资源有偿使用立法体系还并未真正建立，现行法律规定虽在各方面多有涉及但仍存在诸多缺陷。
目前而言，我国并未出台一部综合性的“自然资源保护基本法”或者专门的“自然资源有偿使用管理法”，对于自然资源有偿使用制度的规定主要散见于各类自然资源保护法，以及相关法规、规章和其他规范性文件中。主要包括：
有关土地资源有偿使用制度的法律法规，主要包括《土地管理法》及其实施条例、《基本农田保护条例》《闲置土地处置办法》《土地储备管理办法》等，除此之外，多地还出台了各地有关土地有偿使用的规定，如《天津市国有土地有偿使用办法》（2003），广州市《关于进一步规范我市国有土地有偿使用的意见（试行）》（2005），《长沙市国有土地有偿使用规定》（2006）等。
一般而言，目前我国土地资源有偿使用制度主要体现在土地使用者支付一定的费用。在现行法律体系下，土地资源使用者需要向土地所有者支付的费用可分为五类，包括：（1）《土地管理法》第32条和《基本农田保护条例》第19条土地补偿制度。土地补偿费也称为耕地补偿费，是指非农业建设单位经批准占用耕地进行开发建设时，如果没有条件按照“占多少，垦多少”的原则开垦新的耕地或者新开垦耕地不符合要求的。根据省、自治区、直辖市的规定，缴纳耕地复垦费，并用专项资金开垦新的耕地。（2）《土地管理法》第55条规定的土地出让金制度。土地出让金支付制度是指通过转让或其他方式有偿获得国有土地使用权的建设单位，按照国务院规定的标准和方法，缴纳土地使用权转让费和其他土地使用费等费用。（3）《土地管理法》第57条规定的土地临时使用土地补偿费制度。该制度是指建设项目施工和地质勘查需要临时使用国有土地或者农民集体所有的土地的，土地使用者应当根据土地权属，与有关自然资源主管部门或者农村集体经济组织、村民委员会签订临时使用土地合同，并按照合同的约定支付临时使用土地补偿费。（4）《土地管理法》第43条和《土地复垦条例》规定的土地复垦费制度。因挖损、塌陷、压占等造成土地破坏，又没有条件复垦或者复垦不符合要求的，应当缴纳土地复垦费，专项用于土地复垦。（5）《基本农田保护条例》规定了耕地闲置费。已办理审批手续的开发区和其他非农业建设，占用基本农田保护区内耕地的，一年以上未动工而致耕地闲置的，应当按照省一级政府有关耕地闲置费的规定和标准，缴纳耕地闲置费。
虽然上述制度均表现为以一定形式的价金支付，且都称作“补偿费”“资源费”“出让金”，但并非所有的价金支付形式都属于自然资源有偿使用制度。首先，自然资源有偿使用制度的核心在于资源使用者以能够反映自然资源价值的合理价格为对价获得自然资源使用权，其本质上属于资源交易制度。因此土地出让金、土地临时使用补偿费均属于对土地资源利用的对价给付。其次，耕地闲置费是出于促进土地资源有效利用的目的，国家对耕地资源使用人的特殊责任。虽然耕地闲置费收取的标准可能与耕地资源的价值具有一定的相关性，但是此时国家行政机关相关部门收取耕地闲置费是行使其行政权的表现，其性质属于行政处罚中的罚款，因此不属于自然资源有偿使用的范畴。再次，土地复垦费是指具有土地复垦义务的单位或个人因其行为导致土地破坏，应当履行恢复土地原状和功能的义务。不能履行义务的，应当支付相应价金，由政府相关部门代为履行。根据《土地复垦条例》第10条的规定，具有以下损毁土地的行为，应当履行土地复垦义务，包括露天采矿、烧制砖瓦、挖沙取土等地表挖掘损毁土地的行为；地下采矿等造成地表塌陷的行为；堆放采矿剥离物、废石、矿渣、粉煤灰等固体废弃物压占土地的行为；能源、交通、水利等基础设施建设和其他生产建设活动临时占用所损毁土地的行为。实质上，土地复垦义务应源于侵权法上的义务，即个人破坏土地的行为侵犯了土地所有人（或其他权利人）的合法权利，并且在无法履行恢复原状的前提下，支付相应的损害赔偿金以填补损失。因此土地复垦费的实质是侵权损害赔偿金，不属于自然资源有偿使用的范畴。最后，土地补偿费虽然在命名方式甚至实施手段上与土地复垦费类似，但是其背后的理论基础截然不同。土地补偿费是非农业建设单位经批准，经划拨（无偿）或支付土地出让金（有偿）占用耕地后，还应履行的开垦新耕地的义务或支付的价金。应当明确的是：第一，土地补偿金的实质也是对价的支付，并非国家或行政机关基于其行政权力作出的处罚决定。第二，支付土地补偿费的占用耕地行为一定是经批准的合法行为，因此土地补偿费不属于侵权损害赔偿金的范畴。同时如果土地是有偿出让，土地使用人还应当支付土地出让金。因此，土地补偿费也属于使用土地资源应当支付对价的一种特殊的形式。
总之，我国土地资源有偿使用制度符合《土地管理法》第2条确立的“有偿使用为原则、无偿使用为例外”的基本原则。同时，本书遵循《土地管理法》，将土地按其用途分为建设用地、农用地和未用地，将我国土地自然有偿使用制度分为两类：（1）建设用地有偿使用制度，主要表现为土地出让金。（2）农用地有偿使用制度。主要包括临时使用土地补偿费和土地补偿制度。
我国森林资源权属制度同样分为国家所有和集体所有，森林资源的有偿使用也建立在两种所有制的基础上。长期以来，我国对森林资源的配置都依赖于高度集中的计划经济体制，其最大的特点是政企合一、事企合一。这种特点在国有森林资源管理方面尤为明显：国有林场不仅是国有林的经营单位，还承担着相关行政管理职能和社会职能。森林经营主要通过自上而下的行政管理手段实现。另外，集体所有制下的林木、林地的有偿使用制度取得了一定的成果。在集体森林资源有偿使用制度中，有偿使用主要包括承包、出租、出让、拍卖、交换、有偿征占用等多种形式。
根据我国《宪法》和《水法》的规定，我国水资源属于国家所有，国务院代表国家进行管理。水资源有偿使用制度建立在水资源所有权与使用权分离的基础上。我国真正的水资源有偿使用的实践，最早开始于1988年《水法》的颁布。该法采用取水权的概念，明确了国家有权征收水费与水资源费。其中第34条的规定事实上明确确立了对水资源要开始实行有偿使用。该条款规定：“使用供水工程供应的水，应当按照规定向供水单位缴纳水费。对城市中直接从地下取水的单位，征收水资源费；其他直接从地下或者江河、湖泊取水的，可以由省、自治区、直辖市人民政府决定征收水资源费……”2002年《水法》在确立取水权的基础之上，对水资源有偿使用制度也进行了明确规定，不仅进一步承认了水资源的资源价值与商品价值的双重属性，而且有效促进了我国以市场机制背景下的水权交易制度的建立与完善。
在制定水资源费征收标准时，应当在考虑不同行业和产业之间差别的同时，遵循合理开发利用的目的来开发利用地表水和地下水，比如农业用水和工业用水的差别。当取水申请人或单位获得取水许可证以后，应当根据相关规定，在超计划或超定额部分累进收取水资源费，并由取水审批机关负责征收，取水审批机关负责向取水单位或个人送达水资源缴费通知单，并且在能够确定水资源费的缴纳数额后尽快送达，取水单位或个人在收到缴费通知单之日起的七日内办理相关的缴费手续。若取水个人或单位未在规定的时间内缴纳，则应当下达限期缴纳通知书催缴水资源费，若取水单位或个人在规定的时间内拒不缴纳或拖延缴纳的应当接受相应的处罚。
除此之外，我国还颁布了《取水许可和水资源费征收管理条例》（以下简称《取水条例》）和《取水许可管理办法》，对水资源有偿使用制度实施程序的程序进行了规定，具体而言：（1）取水许可程序。取水许可程序是实施水资源有偿使用的前提和基础。申请人应在提交申请报告前提交取水申请。与此同时，设置污水排放口的申请也应当一并提出。国家和地方水行政主管部门收到材料后，向流域管理部门提交初步审核意见。在流域管理部分及其代理机关经全面考虑相关因素后，决定是否批准取水的申请。取水申请经批准应当进行公告并举行听证会。县级以上地方人民政府水行政主管部门应当按照《取水条例》的规定，在不超过本流域或本行政区域的取水许可总量控制指标范围内办理许可。取水审批机关应当在收到材料后20日内核实现场检查，并出具验收意见，签发接受验收的水许可证。（2）水资源费征收程序。水资源费征收涉及征收标准的问题。在制定水资源费征收标准时，应根据不同行业进行有区别的征收。同时，应遵循合理利用原则，根据水的用途开发地下水和地表水。此外，对取得取水许可证的申请人或者单位，超过许可额度取水的，应当按照《取水条例》第28条及各地方政府的具体标准征收超额水资源费。
可以看到，在水费与水资源费的构成中，我们当前的法律规定还未将水资源补偿费纳入。除此之外，水费和水资源费的收取方式和标准也存在一定的缺陷，无法反应市场供求与资源的稀缺程度。2018年水利部、国家发改委和财政部发布《关于水资源有偿使用制度改革的意见》，为下一步水资源有偿使用制度的改革指明了方向。
矿产资源有偿使用制度是各国实现矿产资源转化为经济价值的主要手段，但在实现途径上有所差别。如市场经济化程度较高的国家通常采取税收的形式，矿产资源有偿使用在制度形式方面主要体现为权利金、红利、矿业权租金、资源耗竭补贴和超额利润税等。而市场化程度较低的国家一般采取收费的形式，也有国家在矿产资源有偿使用方面采取税费制度并存的模式。我国矿产资源有偿使用制度采较为复杂，主要包括矿产资源税、矿产资源补偿费、探矿权、采矿权使用费以及探矿权、采矿权使用价款。近几年随着国家全面推进资源税改革，相继发布了《关于全面推进资源税改革的通知》（2016）和《矿产资源权益金制度改革方案》（2017），矿产资源有偿使用逐渐向“清费立税”方向稳步发展。
现阶段，我国自然资源有偿使用制度主要表现为资源税费制度。它是指国家通过征收税费的手段作为使用者支付使用自然资源的相应对价，以补偿因使用所造成的自然资源减损，或补偿因保护自然资源所增加的成本。目前，我国采取自然资源“税费并行”的方式，主要包括自然资源税和自然资源费。
（1）自然资源税
自然资源税是指依据国家法律规定对自然资源使用者征收一定的课税，征税的对象主要包括矿产、土地、水、森林，草原、野生动植物等各种自然资源。我国资源税的征收始于1984年10月，国务院发布了《中华人民共和国资源税条例》（已废止）（以下简称《条例》）。该条例改变过去对自然资源无偿开发利用的情形，规定对原油、天然气、煤炭、金属矿产品和其他非金属矿产品资源的开发单位和个人开征资源税，征收基数是销售利润率超过12%的利润部分，对于销售利润小于等于12%的部分不征收资源税。1986年，财政部先后发出通知，决定对原油、天然气和煤炭改为按实际产量或实际销量定额计征。1993年国务院颁布《中华人民共和国资源税暂行条例》（以下简称《暂行条例》），对1984年《条例》的计税方式进行了变更，不再按超额利润征税，而是按矿产品销售量（或自用量）征税，并且为每一个课税矿区规定了适用税率。因此每个自然资源使用者的应纳税额为课税数量乘以单位税额。2011年国务院颁布《资源税暂行条例实施细则》，在延续1993年《暂行条例》的基础上修订了资源税税目税额幅度表。因此现阶段，我国资源税的应税对象包括矿产品和盐两大类，具体是原油、天然气、煤炭、非金属矿原矿、黑色金属矿原矿、有色金属矿原矿、盐七类。
（2）自然资源费
关于我国自然资源收费制度并没有一部统一的综合性法律，相关法律制度规定散见于各单行的自然资源法律法规中。与资源税相比，有关征收资源费方面的法律规定涉及范围较广、类型较为复杂。可以将其主要归纳为三种：
第一，自然资源使用费。自然资源使用费是指个人或组织在对资源进行开发、利用、收益的过程中向法定机关或单位缴纳一定的费用。这类费用主要包括：《土地管理法》中的国有土地有偿使用费，《水法》中规定的水资源费，《矿产资源法》中规定的探矿权使用费和采矿权使用费。第二，自然资源补偿费。自然资源补偿费是指因自然资源使用人开发利用行为已经造成或可能造成自然资源减少和破坏的，向自然资源管理机构缴纳一定的费用，用于自然资源的更新和恢复。自然资源补偿费与使用费的区别在于，补偿费强调开发利用自然资源后给自然资源造成损害或使资源减少而对资源进行补偿；自然资源使用费则强调利用自然资源多对应的对价，其理论基础来自自然资源的价值性和稀缺性，而不论是否给资源造成损害。我国现行自然资源补偿费主要包括：《森林法》中规定的森林植被恢复费，《水土保持法》中规定的水土流失防治费等。第三，自然资源管理费。自然资源管理费是指开发利用自然资源者及自然资源利益的享用者向法定机关支付的维护、管理自然资源的费用。主要包括《野生动物保护法》规定的野生动物资源保护管理费，《渔业法》中规定的渔业资源增殖保护费等。
可以看到，上述三类资源保护费具有共同的特征，同时具备各自独特的制度功能和价值。其共同特征在于：第一，自然资源收费的主体具有特定性。自然资源费的征收者为代表国家或地方进行自然资源管理的公权力机关或其他公法人团体；缴费者是特定的、基于公权力关系而从环境中获益的资源使用权人，其他人无须负担此种缴费义务。第二，自然资源费具有补偿性。自然资源费的收费理论来源于使用自然资源所支付的对价或者因开发利用行为致资源损害所支付的损害填补，所依据的是公平原则和原因者负担原则。此外，自然资源使用费是资源开发利用者使用资源的价值（包括使用价值和非使用价值）所应支付的对价；自然资源补偿费是指开发利用行为可能对自然资源造成减少和破坏的，为恢复自然资源原有的状态和功能支付的补偿性质的费用；自然资源管理费是自然资源保护管理部门为实现行政职能，保护和管理资源及其生境所支付的费用。可见三类自然资源费的制度功能与价值具有各自的独特性，彼此不存在冲突。