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赫拉克利特虽然是伊奥尼亚人，但沿袭的并非米利都学派的科学传统。他是一个神秘主义者，却也并非传统的神秘主义者，而应归属于一个特殊的类别。他认为火是万物的本原，万物都像火堆中的烈焰，是在其他物质的死亡中诞生的。“会死的能得永生，永生的也会消亡，一个生命从其他生命的死亡中来，它的死亡也会孕育新的生命。”世界具有统一性，但那是一种由对立结合而成的统一。“一生万物，万物有一”，但是多能反映的现实却比一少，一是神。
从他留存下来的著作来看，他并不是一个和蔼可亲的人。他非常喜欢鄙视他人，而且反对民主。至于他的同胞，他说：“以弗所的成年人应该把他们自己都吊死，把城市留给未长大的少年；因为他们驱逐了他们中最优秀的人——赫尔谟多罗。他们竟然说：‘我们当中没有谁是最优秀的；如果有的话，让他到别处去，到别的人群中去。’”
他对人类的鄙视使他认为，唯有靠武力逼迫，人才会为他们自己的利益展开行动。他说“野兽全都是被赶到牧场的”，还说“驴宁愿要草料，却不要黄金”。
我们完全可以预料到，赫拉克利特是信仰战争的。他说：“战争是万物之父，也是万物之王。战争使一些人成为神，使一些人成为人，使一些人被束缚，使一些人获自由。”他又说：“荷马说‘原神界和人间不再有战争！’他不知道，他是在祈祷宇宙的毁灭因为若是他的祈祷应验了，那么一切都消亡了。”他的话还没说完：“我们必须知道，万事万物中都有战争，争斗就是正义，所有的一切都是从争斗中来，到争斗中去的。”
他践行的行为准则与尼采的类似，是一种傲慢的苦行主义。他认为灵魂是火和水的结合体，火是高贵的，水是卑贱的。他称火占比高的灵魂为“干燥的”灵魂，认为：“干燥的灵魂是最智慧的、最优秀的。”“变得潮湿，灵魂会感到愉悦。”“一个成年人，喝醉酒的时候，是在被一个未成年人指引，他步履蹒跚，不知道腿往哪迈，这时他的灵魂就是潮湿的。”“完全变成水，灵魂就会死亡。”“与自己内心的欲望做斗争是很艰难的。无论他想得到什么，都是以灵魂为代价换来的。”“如果一个人所有的愿望都得到了满足，对于他来说这并不是好事。”你可以说赫拉克利特重视通过自制获得的力量，鄙视那些让人无法全心追求重要抱负的喜好。
赫拉克利特相信火是本原，万物都是由火生成的。读者可能会记起，泰勒斯认为万物是由水构成的阿那克西美尼认为气是本原赫拉克利特认为是火。最后恩培多克勒提出了一种政治家式的折中方案，认为有土、气、火和水四种元素。走到这一步，古代化学的发展戛然而止。这门科学一直停滞不前，直到后来伊斯兰教的炼金术师们开始探求魔法石、长生药，以及把贱金属变成黄金的方法。
赫拉克利特的形而上学足够多变，可以应对现代的极致繁杂：
“这个世界对所有人来说都是一样的，没有哪一位神或人创造它；它曾经是、现在是、将来也是永生的火，或在燃烧或在熄灭。”
“火首先转化成海；海的一半是土地，另一半是旋风。”
在这样的世界里，只能期待不断变化，赫拉克利特信奉的正是不断变化。
然而他还有另一套学说，与不断的运动变化相比，他在这套学说中安插了更多内容，那就是所谓的对立统一学说。他说：“人们不理解不断变化的如何达到自我和谐，那是紧张对立中的一种协调，就像弓和琴弦。”他对争斗的信仰和这种理论有关，因为在争斗中，对立的双方结合起来会产生一种运动，这就是和谐。世界中有一种统一，但这种统一是从分歧中来的：
“结合体是事物组成的整体，那些事物又不是一体，它们合在一起又彼此分开，既和谐又不一致。一由万物组成，万物从一中来。”
有时他说的话似乎想表达，和分歧相比，统一才是更根本的东西：
“善与恶是一体。”
“对神来说，一切都是合理、美好、正确的；人却认为有些东西是错误的，有些是正确的。”
“上去的和下来的是同一条路。”
“神是白昼也是黑夜，是冬也是夏，是战争也是和平，是饱胀也是饥饿；但是他会不时变换形态，就像火一样，你在其中混入香料，它就变成那味道的名字。”
不过，如果没有对立的结合，就不会有统一：“对立对我们是有好处的。”
这种学说包含了黑格尔哲学的萌芽，黑格尔的哲学正是围绕对立统一展开的。
万物都处于不断变化的状态，这是赫拉克利特最著名的见解，而且按照柏拉图在《泰阿泰德》篇中描写的，这也是他的门徒们最强调的一个主张。
“你不能两次踏入同一条河因为流经你身旁的，都是新水。”
追求某种稳定，是人类的本能，而且是最根深蒂固的那类本能，正是这种本能引导人们走入哲学的世界。毫无疑问，这种追求是出于对家园的热爱，以及对躲避灾祸的渴望；相应地，我们发现，面临重大灾难的人，对追求稳定最具热情。宗教追求的稳定体现在两方面：上帝和不朽。上帝永恒不变，也不必担心上帝转变立场；死后的生活会一直持续也不会发生任何改变。十九世纪的乐观，使人们开始反对这种静止的概念，开明的现代神学观念认为，天堂会发展，神性也会进化。但是，即使在这种观念中，也存在某种稳定，即发展本身，以及发展的目标。经历一场灾难，人的渴望就又会回到古老的世外形式：如果世间的生活让人绝望，只能去天堂寻找一片宁静。
有哲学天赋的神秘主义者，无法否认凡与时间有关的，都是不能永恒持续的，于是他们发明了一个“永恒”的概念：永恒不是在无尽的时间中永远存续，而是存在于整个时间进程之外。按照一些神学家的说法，永生不意味着在未来的每时每刻一直存在，而是以一种完全独立于时间之外的模式存在；在这种模式中，没有之前，也没有之后，因此从逻辑的角度而言也就不存在变化的可能性。
虽然赫拉克利特自己的信仰全部围绕变化展开，但是他也承认有些东西是永恒的。在赫拉克利特的哲学中，不存在巴门尼德哲学中的永恒概念（与无尽的延续相反），但是在他的哲学中，那重要的火永不会熄灭：世界“过去、现在和将来，都是永恒不灭的火”。但火是不断变化的东西，火的永恒不是物质的永恒，而是过程的永恒——不过这个观点不应该归于赫拉克利特。
赫拉克利特教导的那种不断的变化，是一种非常恼人的说法，我们已经看到，对于怎样驳斥它，科学竟无能为力。哲学家们的主要理想之一，就是让那些貌似已经被科学扼杀的希望重新复活。于是，哲学家们便开始坚持不懈地探寻某些不属于时间领域的东西。这种探求是从巴门尼德开始的。