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1962年，芒格创立了两家新公司。他与赖特-加勒特律师事务所的几位律师同事成立了自己的律师事务所，名为芒格-托尔斯-希尔斯-伍德。除了事务所，查理·芒格和杰克·惠勒于1962年2月创立了惠勒-芒格投资合伙公司。两年后，芒格从律师事务所的日常经营中退出，将职业重点转向投资业务。“我对惠勒-芒格投资合伙公司更有信心，因为它让我赚到了更多的钱。”
芒格说。同时，他继续为先前与同事创办的律师事务所提供咨询，并成立了专门的咨询办公室。
芒格和后来加入的巴菲特在退出后仍然是这家律师事务所的合法代表，他们经常将一些客户推荐过去。这家律师事务所现在更名为芒格-托尔斯-奥尔森，是美国屡获殊荣的律师事务所之一，在洛杉矶、旧金山和华盛顿特区都设有办事处。
如前所述，查理·芒格出生于一个法律世家。查理的祖父托马斯·查尔斯·芒格虽出身贫寒，后来却成了联邦法官。他的儿子阿尔弗雷德也学习法律，并当了44年律师。即使查理·芒格后来放弃了他的法律事业，家族传统也依旧保留了下来。芒格的8个孩子中有4个是律师，5个与律师结婚。
惠勒-芒格投资合伙公司搬进了洛杉矶太平洋海岸证券交易所的办公室。杰克·惠勒毕业于耶鲁大学，曾在交易所担任交易员。他是芒格的客户，经常和他一起打扑克。惠勒-芒格投资合伙公司先聘请了一位秘书，后来又聘请了一位名叫安德森的助理。沃伦·巴菲特曾在格雷厄姆-纽曼公司与安德森合作，并将安德森推荐给芒格。
然而，过了一段时间，芒格意识到自己与惠勒的合作并不顺利。因此，他邀请他的朋友阿尔·马歇尔加入合伙公司。他对惠勒的评价是：“他为人非常慷慨，生活很有条理。他的工作很出色，但偶尔会犯很严重的错误。”
最后，芒格以继续参与利润分配为条件说服惠勒退出了惠勒-芒格投资合伙公司的主要业务。
在《每日新闻报》的一次股东大会上，芒格分享了他最成功的投资之一：1962年的一天，他与新朋友阿尔·马歇尔打高尔夫球。那时马歇尔已经退出了石油行业，但他计划将自己的钱投资于石油许可证。在打第二洞时，芒格问他计划购买哪些许可证。在打第三洞时，芒格告诉马歇尔他的做法有问题。马歇尔随后决定与芒格合作，由芒格负责财务和税收，自己负责剩下的事情。芒格一次性投资了1 000美元的许可证，这些许可证的交易价格远低于其价值。“多年来，芒格每年赚10万美元”。
根据芒格的说法，这件事唯一的遗憾是它只发生过一次。可他抓住了这仅有的机会！
作为一家投资公司，惠勒-芒格投资合伙公司的资金来自所有者，包括股东的那些有影响力的朋友。芒格本人将他在房地产业务中赚到的大约30万美元投入合伙企业。芒格的商业合伙人奥蒂斯·布斯也投资了。“我加入了最伟大的投资者行列，并长期保持这种状态。”
布斯后来说。芒格并不回避，他的公司以贷款形式为利润丰厚而安全的投资交易提供资金。当时，按照本杰明·格雷厄姆的传统，他将资金投向了“烟蒂公司”，即那些早已过了巅峰期，但仍然能够从剩余的价值中获利（购买价格低于内在价值）的公司。
惠勒-芒格投资合伙公司还经营套利业务，也会收购较小的公司。套利交易的一个例子是购买不列颠哥伦比亚电力公司的股票。（如果不同市场的股票价格存在差异，就可以在证券交易所进行套利交易。）加拿大政府对该公司股票的出价略低于22美元，当时的交易价格为19美元。芒格认为这项业务是无风险的，把所有的资金都投入了不列颠哥伦比亚电力公司。此外，他还借了300万美元，购买了这家公司更多的股票。正如事实证明的那样，他的投资都很成功。
芒格在20世纪60年代与巴菲特定期保持电话联系。尽管还不是正式的合作伙伴，两位价值投资者仍然缓慢、稳定地发展着合作关系。芒格和巴菲特都参与了与不列颠哥伦比亚电力公司的交易。
两位投资者还相互提供建议。巴菲特向芒格推荐他以前的同事安德森担任新成立的惠勒-芒格投资合伙公司的助理；当巴菲特对内布拉斯加州风车制造商邓普斯特农具机械制造公司的投资失控时，芒格将巴菲特的注意力转移到重整专家哈里·博特尔身上。正如巴菲特所愿，博特尔迅速解决了这个问题。后来，他在致股东的信中写道：“博特尔毫无疑问是最佳年度人物……他正在完成一件又一件被认为不可能的事情。”
在遇到法律问题时，巴菲特也会向芒格-托尔斯-希尔斯-伍德律师事务所寻求建议和帮助。
1966年年初，芒格创立了多元零售公司，这是一家控股公司，他与巴菲特和大卫·桑迪·戈特斯曼一起收购了几家零售公司。巴菲特持有多元零售公司80%的股份，其余股份由芒格和戈特斯曼平分。多元零售公司首先通过贷款并购了巴尔的摩的霍希尔德-科恩百货公司，这对巴菲特来说是不寻常的，但芒格在与不列颠哥伦比亚电力公司的套利交易中积累了很多贷款融资交易的经验。霍希尔德·科恩百货公司的生意并不好，芒格后来以购买价格将其出售。不久之后，多元零售公司收购了另一家经营女装的连锁百货公司“联合棉布商店”。
“购买霍希尔德-科恩百货公司就像一个男人购买游艇，”芒格说，“他最开心的两天是他买入那一天和卖出那一天。”
芒格和巴菲特独立进行的投资也有很大的相似之处。20世纪60年代末，两人都购买了加利福尼亚州帕萨迪纳的赠品公司蓝筹印花公司的大量股份。蓝筹印花公司的股票对芒格和巴菲特等投资者来说很有吸引力，由于其商业模式类似于保险公司和银行，因此这家公司总是拥有流动资金（浮存金）。从印花优惠券的派发到顾客用贴满印花的小册子兑换商品，通常要经过几个月甚至几年，因此，蓝筹印花公司可以在很长的时间内免费使用发行印花优惠券所产生的收入。
芒格和巴菲特在20世纪70年代初获得蓝筹印花公司的多数股份后，将该公司当作一种投资工具。1972年，芒格和巴菲特通过蓝筹印花公司从洛杉矶购买了喜诗糖果公司。用严格的价值投资理论衡量，收购喜诗糖果公司利润并不高，因为它在证券交易所的估值是其账面价值的3倍。但考虑它所拥有的特殊价值（知名度很高的品牌、良好的声誉和几乎无限的定价权），这次收购肯定是有前景的——尤其是从芒格的角度来看。芒格终于让巴菲特相信喜诗糖果公司值得投资，并评论道：“那是我们第一次为质量本身投资。”
关于查理·芒格这个人的故事有很多。罗杰·洛温斯坦这样描述他：“查理非常有趣，而且非常自信。……与他在奥马哈的伙伴相比，他的生活丰富多彩，他曾前往各大洲，在不同水域钓鳟鱼、北梭鱼和大西洋鲑鱼。他是加州俱乐部的派对达人，尤其是在他喝了一杯酒之后。”
罗杰·洛温斯坦将芒格描述为科学之友：“芒格对许多知识领域（科学、历史、哲学、心理学、数学）充满热情，并且相信每一个领域都有值得借鉴的概念，有思想的人应该将这些概念应用于他们所有的风险投资，包括投资决策。”
查理·芒格也被称为慷慨的慈善家，正如珍妮特·洛尔所述：“芒格多次将他持有的伯克希尔股票捐赠给好撒玛利亚医院、美国计划生育联盟、斯坦福大学法学院和哈佛西湖中学，每次捐几百股。”
伯克希尔-哈撒韦公司的A股股价当时（2018年3月）已经超过了25万欧元。
芒格还通过蓝筹印花公司与巴菲特合作进行了另一笔大交易。1972年，蓝筹印花公司购买了韦斯科金融公司8%的股份，这是一家投资控股公司，拥有存款，位于帕萨迪纳。该公司物超所值，因为韦斯科股票的交易价格不到每股账面价值的一半。然而，在1月，韦斯科金融公司宣布有意与另一家储蓄银行圣巴巴拉金融公司合并。巴菲特和芒格对合并条款感到失望，并联系了韦斯科金融公司的高管层。经过长时间的谈判，巴菲特说服公司创始人的女儿伊丽莎白·彼得斯取消计划中的合并。合并失败后，韦斯科股价大幅下跌。蓝筹印花公司提议向股东以取消合并前的价格购买股票，因此，蓝筹印花公司在1974年年中之前获得了韦斯科金融公司的大部分股份。
然而，由于与韦斯科金融公司进行交易，巴菲特和芒格接受了美国证券交易委员会的调查。美国证券交易委员会调查了蓝筹印花公司破坏合并、收购韦斯科金融公司等相关事项。两年后，美国证券交易委员会宣布结案。蓝筹印花公司收到了警告并赔偿了11.5万美元。
到1972年年底，芒格和里克·古瑞恩（一位拥有蓝筹印花公司股份的投资者）购买了状况不佳的封闭式风险投资基金莱特斯。收购后不久，芒格和古瑞恩对基金进行了重组，将其更名为新美国基金会，更换了高管层，重新调整了投资策略。该基金出售了部分股票，并根据价值投资的标准配置了新的股票。例如，媒体集团大都会通信公司和来自洛杉矶的出版商《每日新闻报》的股份被添加到这只基金的投资组合中。
在文章《新美国基金会的股东天堂》中，戴维·桑特里这样描述新美国基金会的成功：“新美国基金会避免向外部投资顾问支付高额费用。调整投资策略的工作是在里克·古瑞恩的监督下在内部进行的。此外，……这位高管的年收入仅为54 950美元。……近几年，这只基金的趋势非常好：每股账面价值从1974年10月的9.28美元上升到1979年9月30日的29.28美元。”
芒格和古瑞恩一直负责管理新美国基金会，直到1986年基金会解散。
里克·古瑞恩毕业于加州大学数学系，曾在IBM（国际商业机器公司）担任销售员。后来，他去了证券交易所，担任股票经纪人。认识芒格后，他开始模仿芒格和巴菲特的投资风格，成立了自己的投资公司博智资本。尽管波动性很大，这家公司还是在1965—1983年实现了32.9%的年收益率。
20世纪70年代后期，芒格和巴菲特达成了另一笔惊人的交易：他们通过蓝筹印花公司以3 550万美元的价格收购了《布法罗晚报》。但是，当这家报纸出版商开始免费推出周日版时，当地的竞争对手《信使快报》以《布法罗晚报》想要非法垄断的理由起诉了它。经过漫长的诉讼和一些员工的罢工，《布法罗晚报》损失惨重。然而《信使快报》在此期间同样损失惨重，并于1982年停刊。芒格和巴菲特的耐心终于得到了回报：在接下来的5年里，《布法罗晚报》赚取了超过1.5亿美元的巨额利润。
芒格和巴菲特通过蓝筹印花公司进行的另一笔交易是购买原始资本20%的股份。原始资本是由声名狼藉的“冲锋队式”基金经理弗雷德·卡尔于1968年创立的基金。在卡尔放弃这只破败的基金时，它的每股账面价值为18美元，但交易价格仅为9美元。它成了芒格和巴菲特这类价值投资者的盘中餐。当蓝筹印花公司后来出售原始资本时，它的价格翻了一番。
1962—1969年，惠勒-芒格投资合伙公司实现了37.1%的年收益率，远远超过道琼斯指数。1970—1972年，它的年收益率仅略高于道琼斯指数的13.9%。在接下来的危机中，惠勒-芒格投资合伙公司的亏损远高于道琼斯指数。1973年的收益率为-31.9%（道琼斯指数为-13.1），1974年为-31.5%（道琼斯指数为-23.1）。“1973—1974年是一段令人非常不舒服的艰难时期。”
查理·芒格后来说。
即使惠勒-芒格投资合伙公司的表现在1975年明显恢复，年收益率上升到创纪录的73.2%（道琼斯指数为44.4），芒格和惠勒还是在1976年年初决定结束他们的合作关系。清算后，公司的投资者收到了分配给他们的多元零售公司和蓝筹印花公司的股份。当这两家公司于1978年和1983年并入伯克希尔-哈撒韦公司后，前惠勒-芒格投资合伙公司的投资者可以将股份换成伯克希尔-哈撒韦公司的股份或新美国基金会的份额。
“当尘埃落定时，我的家人从惠勒-芒格投资合伙公司中赚了大约300万美元，另外还有200万美元来自房地产交易，”芒格说，“那是一大笔钱，当时是赚钱的好时机。我手上有很好的证券，市场中也有便宜的证券可以买。”
然而，在个人生活方面，查理·芒格在这段时期经历了不少挫折。1974年7月，他的母亲弗洛伦斯·芒格去世。与此同时，查理的健康出了问题。他患上了白内障，并于1978年冒着完全失明的风险进行了一次眼科手术。然而，他的左眼在接受手术之后，出现了并发症，极度疼痛。芒格只好在医生的建议下将这只眼睛的眼球摘除，换上一只玻璃眼球。在随后的右眼手术中，他特别要求不更换人工晶状体。从那时起，他一直戴着镜片很厚的白内障眼镜。芒格后来自嘲似的评价了这款光学辅助设备：“现在你几乎找不到白内障眼镜了。也许我拥有了世界上的最后一副。”