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高中毕业后不久，查理·芒格离开家乡，前往密歇根大学安娜堡分校主修数学。他还学习了物理学入门课程。他特别喜欢那里的学习生活，认为学校教授的是科学的方法。“作为一名科学家或业余科学家，我并不活跃，但我非常尊重科学，我发现那里使用的方法在其他领域也非常有帮助。”
日本袭击珍珠港后，美国参战。芒格因此辍学，并于1942年年底加入美国空军的前身美国陆军航空队。他以优异的成绩通过了军事等级考试，此后在短时间内从普通士兵晋升至中尉。
作为一名军官，查理·芒格首先被调到新墨西哥大学（位于阿尔布开克基），然后转到加州理工学院（位于帕萨迪纳），在那里，他接受了气象学培训。芒格对洛杉矶都会区的帕萨迪纳非常着迷，战后他搬到了那里。“南加州的城市与内布拉斯加州不同。帕萨迪纳看起来比奥马哈这座我喜欢的城市更大、更有趣。”
在接受气象学培训后，芒格被调往阿拉斯加。“我从未参与过战斗。我驻扎在诺姆。我不能再远离战争了。”查理·芒格后来说。然而，在阿拉斯加的孤独中，芒格也为他的晚年生活学到了一些东西：“和战友们打扑克锻炼了我的商业能力。最重要的是，你必须学会在赔率很低的时候及时弃牌，以及在有好牌的情况下敢于加注。你不会经常拿到好牌，但机会确实会来。好机会并不常有，所以，当机会来临时，要好好利用它们。”
在军队服役期间，查理·芒格与他的第一任妻子南希·哈金斯结婚，南希·哈金斯是他妹妹玛丽的朋友。这对年轻夫妇育有三个孩子：泰迪、莫莉和温迪。1946年，芒格退伍后，决定追随父亲的脚步从事法律工作。他没有在大学毕业时申请马萨诸塞州剑桥市的哈佛大学法学院。要想成功申请，他只能通过罗斯科·庞德家族的朋友的推荐。庞德来自内布拉斯加州的林肯市，1916—1937年担任哈佛大学法学院院长。仅仅两年后，查理·芒格就以优异的成绩毕业，获得了哈佛大学的法学博士学位。