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本案最主要的两个问题是如何认定B公司的违约责任及损失赔偿数额如何计算。最高法院在确定本案的裁判原则时充分运用了《最高人民法院关于审理涉及国有土地使用权合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十四条规定，认为在A公司的合作对象为B公司而非C公司的情况下，B公司将案涉土地使用权无偿转让至全资子公司C公司名下的行为，剥夺了A公司参与合作开发的经营管理权，明显增加了投资方A公司获取投资收益的风险，使A公司与B公司之间合作开发三、四期项目失去共享利润、共担风险的合作基础，造成A公司通过《1206投资协议》所欲实现的目的可能无法实现，因此，B公司该行为构成根本违约。
在涉案合同并未约定因一方违约而解除合同的损失赔偿数额时，本案二审法院亦综合考虑双方合作目的、法律规定与合同约定，以及合作的实际情况和诚实信用原则，酌情以投资额1.0045亿元为基数，以年利率24%计算A公司的损失数额。这虽然与A公司请求的损失赔偿数额仍有一定差距，但相较一审裁判的二倍银行同期贷款利率亦有所突破。
回顾本案代理过程，代理律师在接手本案之初即敏锐地察觉到，如何落实B公司在本案的违约责任及如何计算本案的损失赔偿数额是本案的重点问题。因此，代理律师围绕上述问题在二审代理意见中作出了以下重点阐述：1.B公司擅自将项目土地使用权转让给全资子公司C公司的行为直接破坏了合资、合作开发房地产“共享利润”“共担风险”的基本原则；2.B公司因恶意违约而独自开发三期项目土地获益巨大；3.A公司的项目投资可得利益遭受了重大损失。
由于本案合同中并未约定因一方违约而解除合同的损失赔偿数额，因此在确定本案A公司的损失赔偿数额时，法官充分考虑双方的合作目的、法律规定与合同约定，以及合作的实际情况和诚实信用原则，酌情认定了本案A公司的损失赔偿数额，总结起来主要有以下几点：
合作开发房地产合同的最重要特征就是“共享利润”“风险共担”。在本案中，B公司擅自将三期项目土地转让给全资子公司，由C公司独自开发建设三期项目，虽然B公司辩称该项目土地转让给C公司不会使A公司的利润受到影响，但是A公司与C公司之间不存在直接的合作关系，A公司无法通过其与B公司的合同关系约束C公司，C公司成为三期项目的开发建设主体之后，A公司亦无任何理由可以参与到项目经营管理中。因此，即使B公司可以通过控制C公司使利润流向变为C公司→B公司→A公司，但这直接使得A公司获取项目投资收益的风险增加，双方“共享利润”“共担风险”的合作基础也就不复存在了。
因此，在合资、合作开发房地产合同纠纷案中，若一方擅自将项目土地使用权转让给第三人，使合作另一方失去了对项目土地开发的经营管理权，直接增加了另一方获取项目投资收益的风险，那么就可以认定擅自转让土地的一方构成了根本违约。
由于本案中对于因一方违约而解除合同的损失赔偿数额并未明确约定，那么法院通常在确定赔偿数额时行使裁量权，因此，双方的合作目的、合作实际情况以及违约方的过错就成了法院认定赔偿数额的重要考量因素。具体则有以下几点：
由于双方购买三期项目土地的目的是开发经营，因此二审法院并未支持A公司要求以三期项目土地的市场价值与购买该土地时的差价来确定其损失赔偿数额的请求，而是综合考虑后酌定判决以1.0045亿元为基础，以年利率24%的标准计算A公司的损失。
《合同法》第九十七条规定，合同解除后，守约方可以要求对方赔偿损失。本案双方协议《三马说明》约定，“如双方不再按协议约定合作开发三期项目……B公司应适当考虑A公司的投资回报”。因此二审法院在确定本案的损失赔偿范围时认为，除A公司的实际损失外，还应包括A公司可能获得的投资利益。
1.本案当事人合作始于借款，后转为投资合作，双方的借款合同中约定的月利率是2.5%。因此按照司法保护的合法利率上限年利率24%计算A公司的损失，符合当事人的合理预期，也符合B公司的合理预见。
2.借款转投资后，双方先合作了二期项目，后继续合作本案三期项目。在二期项目中A公司获益近4.75亿元，但前提是A公司参与了整个二期项目的经营管理、建设施工。
3.就本案三期项目而言，A公司并未参与该项目开发经营管理，因此A公司就直接节省了该部分的管理成本支出，根据损益相抵的原则，在认定A公司的损失时应当扣除该部分获益。因此，以年利率24%为基数计算损失也符合适当扣除A公司管理成本后可能得到的实际获利。
在本案B公司根本违约的情况下，如果在解除合同、赔偿A公司的损失时不包括A公司履行合同可能获得的利益，则无异于通过保护当事人恶意违约剥夺另一方合同履行利益，有违《中华人民共和国民法总则》（以下简称《民法总则》）规定的诚信原则的指导精神。因此二审法院综合上述因素，改判以年利率24%的标准计算A公司的损失。
在房地产市场上，因合作开发房地产合同产生的纠纷屡见不鲜，尤其是合同当事人一方违约，守约方需要解除合同，但双方当事人并未约定违约损失赔偿数额的案件。此时，确定守约方的损失赔偿数额需要法官合理地运用司法裁量权。本案二审法院在确定守约方的损失赔偿数额时，充分考虑了双方合作的目的、法律规定与合同约定、合作的实际情况以及诚实信用原则，酌情认定了A公司的损失赔偿数额，既有效地平衡了当事人各方的利益，又给社会上其他类似的纠纷案件作出了良好示范。通过这一案例，也提醒商业合作中的各方当事人，商业合作需秉承诚实信用原则，切勿为了自身利益而违背商业道德。