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公元317年三月，晋愍帝司马邺投降匈奴刘曜，南逃的中原世家大族，拥立司马懿曾孙、琅琊王司马睿为晋王。次年司马邺遇害，司马睿正式称帝，于江南重建晋室，史称东晋。时北方连年战乱，江南波及不深。东晋皇室官僚偏安一隅，无视中原百姓苦痛而尽在朝中倾轧，奢侈腐败一如西晋。唯陶渊明文学，顾恺之画作，王羲之书法均为巅峰之作。北方手工业和人口南下，促进江南开发和手工业发展。东晋传11帝，历104年，都建康，公元420年六月亡于刘裕建立的南朝宋。
公元317年三月九日，琅琊王司马睿在建康称晋王，史称东晋。次年闻听愍帝司马邺去世，于三月十日在建康登皇帝位。司马睿是司马懿曾孙、琅琊王司马觐子。八王之乱时依附司马越，司马越得势封其安东将军守建康，琅琊世家王导尽心辅佐。司马睿和王导注重依托北来汉人，用心善待三吴大族，初定江南。司马睿称帝后封王导为尚书，封王导堂兄王敦为将军。初期发展生产，恢复经济，稍有作为。但偏安享乐、奢靡颓废、钩心斗角、不谋统一、窝中争利是司马睿君臣的共同趋向。大将王敦篡位之心日显，司马睿忧心日重，忧闷中于公元322年十一月十日病逝，其在位6年，终年47岁。
司马睿去世第二天，24岁太子司马绍即皇帝位。司马绍为司马睿长子，文武双全，智勇齐备。即位后统兵平王敦叛乱，重用庾亮平衡元老王导，成功巩固东晋政权。在司马绍正要有所作为时，不幸于公元325年八月二十五日病逝，其在位4年，终年27岁。
司马绍去世次日，5岁太子司马衍即皇帝位，庾太后临朝，大司徒王导、中书令庾亮辅政。庾亮仗己为太后兄，恣意排斥异己，独揽大权，诛杀宗亲，挑起战乱。公元328年春，庾亮杀司马宗，临淮太守苏峻以要为司马宗报仇为名攻入建康，成帝司马衍几于饿死。其后叛军虽然被消灭，但司马衍更加有名无实。公元342年六月八日，在位18年、年仅22岁的司马衍病逝。
公元342年六月九日，21岁皇太弟司马岳即皇帝位。司马岳为皇帝，舅父庾冰功不可没。即位后委政庾冰，自己做傀儡。两年后的公元344年九月二十六日，康帝司马岳病逝，年仅22岁。
康帝司马岳去世，两岁太子司马聃即皇帝位，褚太后临朝，会稽王司马昱辅政。公元347年荆州刺史桓温灭成汉，收益州，权倾朝野。公元357年14岁司马聃亲政，仅有名分而已。公元361年五月二十二日，在位18年、年仅19岁的司马聃病逝。
司马聃无子，公元361年五月二十五日，大臣立司马丕即皇帝位。司马丕为成帝司马衍长子、穆帝司马聃堂兄，年21岁。即位后减田赋、解民困，好似有所作为，然信术士不听臣谏，只服药不食五谷，即位第二年因药毒并发不能上朝，褚太后再度临朝。公元365年二月二十二日司马丕病逝，其在位5年，终年25岁。
司马丕无子，权臣以太后诏立司马奕即皇帝位。司马奕为司马丕弟，年24岁。公元369年桓温北伐前燕惨败，为转移视线及创造篡位条件，桓温诬司马奕亲信嬖人，污秽后宫，于公元371年十一月十五日废司马奕为海西县公。在位7年的司马奕，在废帝15年后去世，终年45岁。
司马奕被废当日，桓温立司马昱即皇帝位。司马昱为元帝司马睿少子，时年51岁。司马昱初封琅琊王，已经任职几朝，当时身为丞相、录尚书事。桓温已权倾当朝，威震内外。司马昱虽处帝位，然而整日担心自己被废黜，残喘中无暇也无才济世。公元372年七月二十八日，在位不足九个月的司马昱病逝，终年52岁。
司马昱病逝，公元372年六月九日，11岁太子司马曜即皇帝位。已经在穆帝、哀帝、废帝、简文帝四帝执掌朝政的桓温，满以为司马昱会像魏元帝曹奂一样，将皇位禅让于自己，岂料简文帝司马昱立下遗诏，让其步诸葛亮后尘辅政。恼怒中的桓温挥师京城欲武装夺权，却半路发病，不久身亡。孝武帝司马曜重用谢安等大臣。谢安有胆有识，率弱兵拒前秦，淝水之战留名青史。然武帝深溺酒色，不理朝政，重用贪婪阴险皇弟司马道子，任其排挤忠臣能将，复使朝廷腐败不堪。整天沉溺后宫的司马曜，因为一句戏言，于公元396年九月二十一日死于自己最宠爱的张贵人刀下。司马曜在位25年，终年35岁。
司马曜去世第二天，15岁太子司马德宗即皇帝位，太傅司马道子辅政。司马德宗为司马曜长子，“性愚痴，口不能言，无辨寒暑，不知饥渴”，由其弟司马德文照顾衣食起居。其间，荆州刺史桓玄于公元402年起兵，403年十一月二十一日废安帝自立。后刘裕起兵灭桓玄，扶司马德宗复位。公元418年十二月十七日，安帝司马德宗被刘裕缢杀，其在位23年，终年37岁。
刘裕缢杀安帝司马德宗，立其弟司马德文即皇帝位。公元420年六月十一日，刘裕逼在位仅一年半的恭帝司马德文禅位，东晋亡。次年九月，刘裕杀司马德文，司马德文终年37岁。
史书所称的五胡十六国（实际不止十六国），其中五胡指匈奴、鲜卑、氐、羌、羯五个少数民族；十六国指主要由这五个少数民族和汉族建立的割据政权。具体有匈奴人刘渊建立的前赵，沮渠蒙逊建立的北凉，赫连勃勃建立的夏国；鲜卑人慕容皝建立的前燕，慕容垂建立的后燕，慕容泓建立的西燕，秃发乌骨建立的南凉，慕容德建立的南燕，乞伏国仁建立的西秦，拓跋什翼犍建立的代国；羯族人石勒建立的后赵；氐族人苻洪建立的前秦，吕光建立的后凉；巴氐族人李雄建立的成汉；羌族人姚苌建立的后秦；另有汉族人张寔建立的前凉，谯纵建立的西蜀，李暠建立的西凉，冯跋建立的北燕、冉闵建立的冉魏等。十六国之称，来自北魏崔鸿等所撰的《十六国春秋》。就上述割据政权中，史家一般不把慕容泓建立的西燕、拓跋什翼犍建立的代国、谯纵建立的西蜀和冉闵建立的冉魏列入其中。但拓跋什翼犍建立代国39年，经他之手完成了部落联盟向国家形式的转变；冉魏虽然存国只有两年，但在极端残酷的环境中，冉闵异军突起，消灭当时强大而又残忍的后赵，这种敢于在强敌环绕中崛起的精神很有意义；西蜀历9年，西燕历11年，它们无论形式还是内容，都与十六国不相上下。为了给读者尽可能全的五胡十六国信息，这里将代、冉魏、西蜀、西燕也和其他十六国一样予以介绍。