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“百团大战”除了军事上取得了相当鼓舞人心的胜利，而且就整个抗战局势而言，也是非常及时和有益的。
日本在攻占了扼长江入川门户之宜昌重镇之后，又扬言要进攻西安，切断西北国际交通线。与此同时，日本侵略军出动了170架飞机狂炸重庆，市区一片大火，精华尽付一炬。同时日本派遣军司令部又加紧对国民党政府实施诱降计划。而此时的中国，大后方震动不安，投降派活跃，中间派对时局悲观失望，未能有所作为，抗战进入最艰难困苦的阶段。
“百团大战”的胜利正好在此形成了一个强有力的冲击波，使得国内民心大振，抗日士气大长。在重庆的许多报社，如《大公报》、《新蜀报》、《新民报》、《力报》、《国民公论》等，竞相刊登百团大战的战绩，发表社论，赞扬华北敌后的胜利。
在百团大战的胜利面前，弹了一年多反共调子的国民党最高当局，也不得不对八路军的胜利表示赞扬。9月13日的《新华日报》华北版头条刊登了蒋介石的嘉奖电，以突出国共合作团结抗日的气氛。电文说：
“朱副长官（第二战区）、彭副总司令：迭电均悉，贵部窥破战机，断然出击。予敌甚大打击，特电嘉勉。除电饬其他各战区积极出击，以策应贵军作战外，仍希速饬所部，积极行动，勿予敌喘息机会，彻底断绝其交通为要！”
其实，蒋介石的嘉奖不过是迫于舆论，实际上他对百团大战取得重大胜利是很不高兴的。10月20日，国民党中央宣传部向重庆军委会战时新闻检查局抄发了蒋介石的一份密令。
在这份密令里，蒋向其部下警告：“查近来报上常有记载‘百团大捷’字样。此项名词及有关新闻，以后绝对禁止登载。”
就在彭德怀指挥英勇的八路军进行艰苦卓绝的拼杀时，1940年10月4日，也就是蒋介石向朱德、彭德怀发出嘉奖电后不久，国民党特务半夜闯进了彭德怀的老家彭家围子，彭德怀的三弟彭荣华被当场杀害，三弟媳龙国英被打伤。二弟彭金华被抓，于同月11日杀害。
彭金华是在1937年11月到延安找哥哥彭德怀时参加党组织的。彭德怀要金华回老家发展党的组织。彭金华建立了乌石乡第一个党支部，发展了龙国英、彭荣华等人入党，向群众宣传抗日救国，帮助乡亲投奔八路军抗日。
彭德怀对两个从小一起在苦难中长大的弟弟有深厚的感情，但音讯阻隔，他们的遇害直到一个多月以后才得悉。彭德怀即发电向蒋介追问，要求严惩凶手。但蒋介石避而不答。这便是蒋对抗日立了大功的彭德怀的“嘉奖”！
在“百团大战”取得胜利的最初阶段，中共中央对此是作了充分肯定的。八路军总部对第一阶段作战的总结报告给中央军委后，很快就收到了毛泽东的回电，说“百团大战真是令人兴奋，像这样的战斗是不是再组织一两次？”
接到毛泽东电报的这一天，彭德怀兴奋不已。恰好总部特务团团长欧致富从正太路前线回总部汇报战情，报告毕，正准备出门去，忽然被彭德怀叫住了，十分激动地对他说：
“欧致富，到二科去看毛主席的电报！”
欧致富回头看了看彭德怀和左权两位八路军领导人脸上一副喜气洋洋的样子，然后他就三脚两步地跑到机要室，看过了电文，禁不住高兴地叫道：“好呵，毛主席表扬我们了！”
华北敌后的胜利消息传到延安，群情振奋，延安街头到处可见为了百团大战的胜利而张贴的大幅标语。9月20日，延安各界举行万人大会，纪念“九·一八”9周年和庆祝百团大战胜利。大会通电慰问八路军前方将士，毛泽东和朱德代表中共中央出席了大会。
1940年9月10日，八路军总部接到中共中央书记处发来的《关于时局趋向的指示》。指示分析了抗战阵营中存在的对敌妥协危险倾向后说：“我党50万大军积极行动于敌后，尤其是此次华北百团大战，给了日寇以沉重的打击，给了全国人民无穷的希望。”
同时中共中央书记处还要求八路军、新四军“仿照华北百团战役先例，在山东及华中，组织一次至几次有计划的大规模的对敌进攻行动。在华北则应扩大百团战役行动。”
彭德怀、左权仔细研究了中央指示和整个战役的实际情况，于9月16日签发了《百团大战第二阶段作战命令》。
这时，日军大批援军已由东西两端进入正太线地区，在正太路扩大战果已不可能。彭、左命令各部，在继续破袭交通线的同时，将重点放在攻占交通线两侧和深入各根据地内的日军据点。要求于9月20日开始战斗。