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伊斯兰和阿拉伯文明在636~638年进入巴勒斯坦，先知穆罕默德的第二任继承者哈里发奥马尔（Caliph Omar）从拜占庭人手中夺得了耶路撒冷。那时先知穆罕默德才去世6年，他的追随者们最初面向耶路撒冷祈祷；在624年，他们被指示面向麦加。
刚来到这里的穆斯林把圣殿山（Al Haram Ash Sharif）当成圣地，他们相信这里是穆罕默德夜行登霄瞻仰天国荣光的地方。在《古兰经》中，这次登霄被描述为发生在一个“遥远的地方”，而穆斯林认为这个地方就是耶路撒冷。正是因为这样，耶路撒冷被认为是逊尼派穆斯林的第三座圣城（排在麦加和麦地那之后）。
圣殿山在拜占庭时代被废弃，而奥马尔的继任者在上面修建了岩石圆顶清真寺和阿克萨清真寺（Al Aqsa Mosque）。犹太人再次被允许在耶路撒冷定居。尽管后来许多基督徒改宗成了穆斯林，开始讲阿拉伯语，但由于基督教被尊为伊斯兰教的先驱，之前的圣殿都被保留了下来。
奥马尔对耶路撒冷的犹太人有个著名的承诺，“人员、财产、教堂和信仰的安全”会得到保障。这一承诺一直持续到了1009年，那时精神失常的法蒂玛王朝（Fatimid）哈里发Al Haakim摧毁了许多教堂，并迫害基督徒和犹太人。
1071年之前，基督徒仍然可以到耶路撒冷的圣地朝圣。1071年，塞尔柱土耳其人占领了耶路撒冷，政治动荡导致来这里比较困难而且往往很危险。1095年，教皇乌尔班二世（Pope Urban Ⅱ）号召十字军去耶稣受难的地方恢复基督教。十字军出征时，塞尔柱帝国已被法蒂玛王朝取代，后者很乐意重新开放朝圣之路，然而为时已晚。1099年，十字军击败了耶路撒冷守军，屠杀了城里的穆斯林和犹太人。杀戮持续了200年。
黎巴嫩作家阿敏·马卢夫（Amin Maalouf）所著的《阿拉伯人眼中的十字军东征》（The Crusades Through Arab Eyes）讲述了阿拉伯人对十字军的看法，可读性极高。
十字军占领耶路撒冷的时候，他们在欧洲封建体系的基础上建立起的国家甚至被阿拉伯史学家认为是繁荣且管理有效的。第一任耶路撒冷国王为鲍德温一世（Baldwin Ⅰ，1100~1118年在位），他认为自己恢复了《圣经》中大卫的王国，圣诞节的时候在大卫的家乡伯利恒（Bethlehem）为自己加冕。
1187年，库尔德穆斯林将军萨拉丁（Saladin/Salah ad Din）在加利利的哈丁角（Horns of Hattin，Arbel附近）击败了一支十字军，夺回了耶路撒冷。即使是萨拉丁的敌人也承认他的俘虏受到了体面的对待，他还因休战协议—这对十字军的首领来说是不可能的—受到尊重。
最终，随着阿卡（Akko）的失陷，最后一支十字军在1291年离开了中东，但他们的血腥行为将被永远记住。1917年，英国将军埃德蒙·艾伦比（Edmund Allenby）成了萨拉丁那场胜利后的第一个基督教统治者，他宣称：“十字军东征现在结束了。”
在西班牙著名的中世纪犹太社区，思想家主要是关注科学和医学的理性哲学家。1492年，西班牙的基督教统治者驱逐了管辖境内的所有犹太人，引发了理想主义者无法解答的信仰危机（此次驱逐看似无理，但西班牙国王和王后却由此得到了犹太人留下的巨额资产）。因此，犹太人发展出了一些神秘的新理论来解释厄运降临的原因。这种神秘的新理论源于加利利的山顶城镇采法特（Tsfat），许多杰出的西班牙拉比在那里安家落户。最著名的是出生于耶路撒冷的伊扎克·吕里亚（Yitzhak Luria，1534~1572年），他拓展了原来被称为卡巴拉（Kabbalah，发音为kah-bah-lah）的神秘理论，从而解决了犹太人被驱逐后萦绕于心的困扰。
吕里亚的卡巴拉（意为“接收”）灵感源于13世纪的《光明篇》（Zohar），但他的改进和创新现在已经成为主流犹太教教义的一部分。吕里亚没有留下任何著作，但他的助手记录了其思想的精髓。吕里亚称，为了创造世界，“无限”（Eyn-Sof）会被破坏，从而为“创世”留出空间。结果是，“神圣之光”的火花从初始的位置落下，冒着被用于邪恶目的的风险。他认为，通过执行613条戒律（摩西十诫以及另外603条戒律），犹太人可以恢复“神圣之光”，并修复“无限”。这种神秘主义方式让犹太人重新解读他们因被西班牙驱逐、受到宗教审判以及后来遭遇迫害所导致的恐惧，因为它声称世界本恶。这也指导他们自省以建立更高层次的精神意识，并在此过程中“修复世界”。