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1994年7月，亚西尔·阿拉法特抵达加沙，领导新的巴勒斯坦自治政府（Palestinian Authority，简称PA）。在之后的几年里，以色列将大部分加沙地区和约旦河西岸的主要城镇移交给巴勒斯坦管理。但“奥斯陆协议”并未带来真正的和平，反而刺激了双方阵营中反对妥协的派别，促使他们通过暴力达成各自的目标。哈马斯（Hamas）和伊斯兰“圣战”组织（Islamic Jihad）发动了针对以色列平民的自杀式炸弹袭击，使其恐怖主义升级。作为回应，以色列对哈马斯和伊斯兰“圣战”组织领导人发动暗杀，而使用的战术经常导致平民伤亡。军事行动和定居者对当地巴勒斯坦人的暴力行为加剧，但人们希望的经济增长和行动自由并未实现。
阿拉伯男子常以阿布（Abu，意为“之父”）加上大儿子的名字自居。阿拉法特被称呼为“阿布·阿马尔”（Abu Ammar），但他这个名字并非源于他的儿子，他选择了先知穆罕默德一位追随者的名字作为化名（nom de guerre）。
或许对和平进程最大的破坏发生在1995年11月，当时一个右翼正统派以色列犹太人在特拉维夫的一个和平集会上刺杀了以色列总理伊扎克·拉宾。这一刺杀事件是以色列民族主义者（尤其是犹太定居者）多年来煽动的结果，他们反对拉宾放弃部分历史上“以色列地”。许多正统派犹太人（虽然他们不是极端正统派犹太人，即非犹太复国主义者或是反犹太复国主义者）相信《圣经》中叫作犹太行省、撒马利亚（即约旦河西岸）和加沙的地方，在弥赛亚降临的时候就已经赐予了以色列来管理。放弃上帝赐予以色列与生俱来的对这些地区的管理权，无异于阻止弥赛亚降临。对于对弥赛亚持坚定信念的人来说，没有比这更大的罪行了。
对大部分以色列人来说，拉宾遇刺无疑是国家的一场噩梦。这位有军队背景的和平倡导者在1948年成为旅长，在1967年的战争中成为参谋长。其军事背景使得以色列人对他处理安全问题的能力十分信任。遇刺使得他推动的和平进程中止。
拉宾遇刺后，一系列哈马斯自杀式炸弹袭击使得本雅明·内塔尼亚胡（Benjamin Netanyahu）领导的右翼联盟掌权。但在1999年，由前参谋长埃胡德·巴拉克（Ehud Barak）领导的中左翼联合政府掌权。巴拉克和阿拉法特同意与美国总统比尔·克林顿（Bill Clinton）在戴维营举行会谈，以达成最终的和平协议。谈判在对“奥斯陆协议”不满的背景下召开，以失败告终。之后，以色列利库德党（Likud Party）领导人沙龙访问耶路撒冷圣殿山，这一备受争议的举动导致了大规模暴力冲突爆发。沙龙和阿拉法特都受到了指责。
起初，阿拉法特认为可以用暴力行为给以色列施压而迫使其让步，但他很快就失去了对当地年轻法塔赫领袖的控制，后者认为阿拉法特在回来之后没给他们足够的权力，于是他们指责阿拉法特将军队和政府工作给了他曾经在贝鲁特和突尼斯的那些腐败的旧党派同僚。年轻的法塔赫领袖迅速与哈马斯和伊斯兰“圣战”组织结盟，最终发起了一系列自杀式炸弹袭击事件。
亚西尔·阿拉法特让格子头巾（keffiyeh；阿拉伯男人的传统方格头巾）在世界范围内闻名。头巾采用被法塔赫推崇的黑白配色，并折叠成形似巴勒斯坦领土的狭长三角形。而红白相间的头巾则多为约旦的贝都因人、巴勒斯坦左翼分子和哈马斯成员佩戴。
以色列民众变得更强硬了。2001年，强硬派前将军沙龙私下称巴勒斯坦大起义是对以色列的“潜在威胁”，并反对巴拉克与阿拉法特达成和解的努力，之后沙龙当选总理。沙龙派遣军队占领了之前已移交给阿拉法特的约旦河西岸城镇，并经常血腥地侵犯加沙地带，对假定的恐怖分子领导人实施了“定点清除”。他派军队将阿拉法特围困在拉马拉（Ramallah）。根据一些副官的说法，阿拉法特沮丧且患病，对各项事务以及现实的掌控能力被削弱。他被空运到法国接受治疗，于2004年11月去世。根据以色列人权组织B’Tselem（ www.btselem.org ）的统计，在第二次大起义（2000~2005年）中，超过1000名以色列人（70%是平民）死于巴勒斯坦人之手，大约4700名巴勒斯坦人（其中2000多人是平民）死于以色列人之手。
随着宿敌的离开，沙龙—与其强硬路线者的名声不相符—开始逐步推动一个和巴勒斯坦人“分离”的激进计划，在约旦河西岸的大部分地方设立了隔离墙（尽管遭到了犹太定居者的强烈反对），撤出孤立的定居点。2005年8月，他疏散了加沙地带的所有以色列居民（8600人）和约旦河西岸北部的4个定居点，这一举动引起了巨大争议。2006年1月，沙龙突发中风，许多犹太定居者认为这是神在惩罚他对以色列地的背叛。沙龙一直处于昏迷状态，直到2014年去世。