中世纪时期

赤松德赞之孙朗达玛（Langdharma）于公元836～842年统治中国西藏地区。作为本教的忠实信徒，他一登上王位就开始大举灭佛，捣毁佛教寺院，并将信奉佛教的兄长—仓玛（Tsangma）王子放逐到不丹。据说在此期间，有许多僧侣逃离中国西藏到不丹避难。尽管朗达玛后来遇刺身亡，佛教再次回归，但政治局面依然波谲云诡，许多中国西藏地区的居民开始迁徙至不丹西部。

在公元9～17世纪期间，不丹各地的山谷中形成了众多统治部族和贵族家庭。各地方头目将主要精力都花在彼此以及与西藏地方政权之间的争战上，在此期间并未出现德高望重的重要政治人物。

不丹佛教演变历程

在中国西藏，一个名叫藏巴甲热·益西多吉（Tsangpa Gyarey Yeshe Dorji；1161～1211年）的喇嘛于1180年在江孜东边的拉砻创立了一座佛寺。他将这座寺庙命名为“Druk”（龙），因为他在为待建寺庙选址时曾听到天上的雷龙之音。从这里发源的藏传佛教派系便以该寺为名，后来成为众所周知的“竹巴噶举”（Drukpa Kagyu）。

11世纪和12世纪，涌入不丹的藏族人民有增无减。许多竹巴噶举派喇嘛因为受到对立佛教派系追随者的迫害而离开中国西藏。其中大部分喇嘛来到不丹西部，在这里建起竹巴噶举派支系。不丹西部通过他们的教化呈现出松散的联合态势。有号召力的喇嘛成为西部许多地区事实上的领导人，而与世隔绝的不丹东部和中部山谷仍保持了独立的封建国家状态。

这些喇嘛中最重要的人物之一，是创建拉巴噶举的嘉瓦拉囊巴（Gyalwa Lhanangpa）。他在廷布山谷北端的山上建立了丹戈寺，并在不丹多地建造了一系列与藏式宗堡风格类似的城堡。

藏巴甲热喇嘛（拉砻寺创立者）的弟子帕久·竹贡·西博喇嘛（Phajo Drukgom Shigpo；1184～1251年）来到不丹，在竞争中击败了拉囊巴喇嘛。他和同伴们在旺曲西岸修建了小型的蓝石宗堡，并且获得了丹戈寺的控制权。后世认为，帕久喇嘛通过向民众弘扬竹巴噶举教义，确定了不丹化的佛教。其他喇嘛憎恨他的存在和成功，并试图用恶毒的咒语来置他于死地。但是，帕久将这些咒语返回到这些喇嘛身上，摧毁了他们的几座寺庙。

在13～16世纪，竹巴噶举在不丹开枝散叶，形成了独立的宗教特征。拉砻寺一些重要的竹巴噶举上师受邀到不丹西部弘法并建立佛寺。这期间造访不丹的高僧中就有阿旺确吉喇嘛（Ngawang Chhogyel；1465～1540年）。他数次前往不丹，常常带着他的儿子们随行，其子主持修建了帕罗的Druk Choeding寺以及廷布附近的Pangri Zampa寺和Hongtsho寺。

然而，或许最广为人知的竹巴噶举上师还当属颠覆传统、玩世不恭的“癫圣”竹巴衮烈（1455～1529年）。他如今仍被不丹人所喜爱和敬仰，地处Lobesa和普那卡之间美丽的切米拉康也与他密切相关。