考古证据表明,现今不丹的低洼河谷早在公元前2000至公元前1500年就已有游牧部落居住,他们会在夏天迁徙到高山牧场去放牧。许多不丹人直至今日仍过着这样的生活。从不丹的山谷穿越喜马拉雅山相对容易。人们认为玛纳斯曲河谷曾经是印度和中国西藏之间重要的迁徙和商贸路线。
不丹的一部分早期居民信奉本教。在佛教传入前,这种万物有灵论的传统信仰是整个喜马拉雅山区的主流宗教。据悉本教于公元6世纪前后传入不丹。
佛教或早在公元2世纪就传入不丹部分地区,但是大部分历史学家认为,首批不丹佛寺于公元7世纪由藏王松赞干布下令建造。
这个新兴国家早期历史中的许多重大事件都涉及圣人和宗教领袖,因此仅在经文中有记载。不幸的是,绝大部分原始文件都毁于1828年的索那格擦(Sonagatsel)印刷厂火灾和1832年的普那卡宗堡大火。旧都普那卡保存的许多资料在1897年的地震中遗失,1907年帕罗宗堡大火导致更多史料付之一炬。因此,不丹早期历史大都存在于英国探险家的记载中、世代流传的民间传说里,以及幸免于难的极少数手稿内。
佛教徒和本教徒的艺术风格和传统习俗非常相似。但值得注意的区别在于:本教徒逆时针转经,其法王为推选产生;佛教徒顺时针转经,采取活佛转世制度。