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虽然伊藤、山县有朋（近卫都督、前陆军卿）对西乡从道擅自率队出兵台湾表示反对，但其后二人为了支持大久保，迫不得已对出兵这一事实采取了追认的态度（伊藤之雄『山県有朋』119～121頁）。伊藤在参加岩仓使节团出访海外时，就因为木户对自己和井上馨过于感情用事而感到十分失望；山县也因为在征韩论政变后触怒木户而差点被踢出陆军。所以两人都开始认为木户不适合领导国政。
所以，木户提出辞呈后，伊藤仅向他转达了三条的担忧，自己并没有向其表达全力挽留的意思（木戸宛伊藤書状、1874年4月22日〔二通〕、25日、5月14日、24日、『木戸孝允関係文書』〈東〉一巻）。
这是因为伊藤与木户相识已久，知晓他的脾气。如果不停止出兵台湾，仅仅劝说几句，木户是不会撤回辞呈的。而且，与木户逐渐疏远的伊藤，开始期待岩仓、大久保等人能领导国政。
日军出兵台湾后，1874年（明治七年）6月上旬就基本结束了讨伐。其间，清国曾向日本提出抗议，认为日本侵犯了清国的主权，要求日本撤兵。
然而，就在台湾问题如何解决尚不明了之时，又出现了一个问题。肇因是4月27日岛津久光（手握原萨摩藩实权之人）出任原本空缺的左大臣一职。
5月23日，久光提出八条建言，否定了大久保和岩仓等人的近代化路线，其中包括恢复租税（反对地租改革）、否定征兵令等内容。同时，他还要求让西乡隆盛、板垣退助官复原职，罢免曾有“非行”的参议兼大藏卿大隈重信，将参议兼工部卿伊藤降至大藏大辅。
久光提出，如果大久保反对，那就罢免大久保；如果自己的建议不被采纳，他自己就辞职。在佐贺之乱发生时，是久光去劝说西乡隆盛保持冷静的。所以，从防止原萨摩藩士叛乱的角度来说，上策是尽可能让久光与政府保持关系。但是久光的建言实在让大久保、岩仓及伊藤无法接受。
25日，大久保与久光会面，告知其意见不妥。但久光根本听不进去，还向大久保提出了辞呈。对此，最支持大久保并果断采取行动的是担任参议的伊藤。5月27日，伊藤与山县近卫都督一同，为寻求久光建言对策召开了“集会”。他们明确表示，如果大久保的意志无法贯彻，天下事就无法解决，所以无法接受久光的建言。
最终，久光做出妥协，决定等出兵台湾问题解决之后再看政府如何处理。6月6日，大久保官复原职，久光问题也暂时搁置。经历此事，伊藤和山县的友情更为深厚，大久保也更为信赖伊藤，而且也开始信任山县。
即便遭到木户反对，大久保仍坚决重新起用山县（伊藤之雄『山県有朋』121～123頁）。当然，伊藤对此毫无异议，并获得了长州派军人的同意（大久保宛伊藤書状、1874年6月22日、29日、『大久保利通関係文書』〈立〉一巻）。获得大久保和伊藤支援的山县于6月30日重新就任陆军卿。