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对于明治政府来说，比佐贺之乱更为棘手的是出兵台湾问题。事情的起因是明治四年（1871）十一月，54名琉球渔民漂流到台湾后，被当地住民杀害。日本希望与清国政府签订条约，规定琉球为日本所有，并划定国界线，所以不能对琉球渔民被杀一事置之不理。
对此，清国官员表示，台湾当地住民乃化外之民。因此，在征韩论的讨论告一段落的1874年（明治七年）2月6日，日本政府决定一边与清政府进行交涉，一边出兵台湾、讨伐当地住民头领。
反对征韩的岩仓、大久保和伊藤等人，在不到四个月的时间里就决定出兵台湾，是因为担心发生类似佐贺之乱的事变，然后引发全国性的士族叛乱。但是，参议木户2月6日没有出席决定出兵台湾的内阁会议，他担心这会导致与清国开战，反对出兵台湾。
此后，英国和美国也对日本出兵台湾提出了抗议。所以，政府向在长崎准备出兵的西乡从道司令官（台湾蕃地事务都督、陆军中将）发出了延期出兵的命令。但是5月2日，西乡从道擅自命令约千名将士乘坐军舰向台湾进发。西乡从道做出如此决断的理由是，如果强行延缓出兵，就有可能导致比佐贺之乱更为严重的问题，所以用出兵的方式倒逼日本政府认可。
对西乡都督（司令官）此举感到最为愤怒的是参议兼文部卿木户。木户原本就反对出兵台湾，4月18日以生病为由递交辞呈，5月13日获得认可。但是，他继续负责宫内省事务，在出席宫廷等举行的仪式时排列的席次也不变。大久保、右大臣岩仓和太政大臣三条等人，拼命挽留长州派领袖木户。
参议兼文部卿木户的辞呈获得批准之后，井上馨写信问伊藤今后打算如何“进退”，并承诺保守秘密（伊藤宛井上馨書状、1874年5月18日、『伊藤博文関係文書』一巻）。井上馨在前一年的5月被迫辞去大藏大辅一职，离开了政府，所以对于政府的内情并不知晓，以为跟随木户的伊藤也有可能辞职。