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庆应四年（1868）九月八日，日本改年号为明治，是时为明治元年九月八日。天皇在位期间不更改年号的规定，就是从这时候开始的。那时，发生了这样一件事。一个烂醉如泥的美国商船船夫，不但用小刀刺伤神户港警卫德岛藩士，还闯入正在建设中的兵库县政府大楼，甚至反抗伊藤知事。美国商船船夫最后被制服，但那名德岛藩士因伤势过重，不治身亡。
那时的中央政府位于京都。伊藤一边与政府外交部门的负责人（即外国官）联络，一边就如何处理美国船夫与美国领事、公使进行交涉。因为这是开埠以来发生的第一起外国人杀害日本人的犯罪事件，其处理方式会成为今后的先例。所以，伊藤希望将犯人处以死刑。但由于不平等条约，美国公使通知日本外国官，美国方面决定判处船夫一年徒刑并将其遣送回国。日本外国官进一步要求美国政府道歉，美国公使承诺道歉，但这件事就此了结（『伊藤博文伝』上巻、396～408頁）。
通过此事，伊藤深切地感受到所谓“文明国家”的列强的蛮横，并决心修改不平等条约。
在此事发生之前的庆应四年三月，伊藤写信给盟友井上馨（外国事务局判事）说：（日本）虽为小国，但秉承“公法”；如若列强采取与“公法”相悖的行动，则会不惜亡国与之战斗到底。伊藤十分愤怒，坦言他们是“名副其实的外夷”（伊藤宛井上馨書状、慶応四年三月二十八日、宛先不明、同年月日、『伊藤博文関係文書』一巻）。
伊藤和井上馨，都对列强的蛮横感到非常愤怒。但是日本国力甚微，尤其毫无军力，完全无能为力。因此需要废除藩制，创建近代中央集权国家，将军事部门集中到政府手中。
明治二年（1869）四月十日是伊藤担任兵库县知事的最后一天。因为公家保守派的抵制，四月十二日，伊藤被降至辅佐公家知事的判事（副知事）。
在此期间，伊藤为贯彻改革思想，努力加强与以下两个派系的关系。
一派以岩仓具视为首。伊藤在担任大阪府判事兼外国官判事时，曾向岩仓具视（议定兼辅相）递交了“废除封建，设置郡县”（废藩置县）的书面建议。岩仓十分赏识伊藤，甚至写下“你如同我的兄长，是我真正的师长”的“过奖之言”（「岩倉具視」〔直話〕、『伊藤公全集』三巻、6～7頁）。
另一派以长州藩要人木户孝允（参与）为首，包括井上馨、大隈重信（佐贺藩）、陆奥宗光（和歌山藩）等人。
伊藤与后一派系的关系日益密切，终于在明治元年十月十七日向东京的太政官办事处提议，将攻打会津、若松等北方地区后返乡的将士改编为朝廷的常备军队。
同年十一月，伊藤向太政官建议废藩置县，认为各藩应将土地和人民返还朝廷，挑选“强壮”的藩士成为朝廷士兵，挑选具有“为政才能”的人才担任朝廷官吏。伊藤还主张告知“天下列藩”（全国各藩）举行“一次大会”，根据“天下公论”来决定日本的根本大业（『伊藤博文伝』上巻、415～419頁）。伊藤很清楚，这一切肯定会遭到来自新政府内部的强烈反对，如前文所述，伊藤果然就因此事不得不辞去兵库县知事一职。
除伊藤的上述建议以外，木户派的讨论中值得注意的是，明治元年十月伊藤写给木户的信中提及“很难效仿欧洲以外的共和政治”（木戸宛伊藤書状、明治元年十月二十二日、『木戸孝允関係文書』〈東〉一巻）。
明治二年二月，井上馨在信中高度评价了伊藤提出的藩政归还朝廷的构想，认为与“英国之国势”基本相似（伊藤宛井上馨書状、明治二年二月十二日、『伊藤博文関係文書』一巻）。
伊藤等木户派在明治元年、明治二年这一阶段就已将英国的立宪君主制和欧洲的共和政治列为日本近代化的参考模式。虽然伊藤等人完全没有立即把共和制、英国的立宪君主制引进日本的想法，但毫无疑问，他们是以高瞻远瞩的广阔视野来思考日本的未来。