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抵达兵库之后，伊藤想加入长州藩的诸队，却被队长拒绝了。恰巧，为成立三田尻英语学校，受邀来日的美国医生温迪尔到了兵库，于是伊藤就陪着他回到长州。所以，伊藤并没有亲身经历庆应四年（1868）一月三日到四日发生在鸟羽、伏见的战斗。
结果，伊藤听闻新政府军在鸟羽、伏见战斗中大获全胜的消息之后，一月十日搭乘英国军舰并于十二日抵达兵库（『伊藤博文伝』上巻、323～335頁）。伊藤到达兵库的前一天，也就是一月十一日，日本人与外国人发生冲突，是为“神户事件”。冈山藩的家老日置带刀率领的部队奉新政府之命，负责西宫的警卫工作。队伍路过神户外国人居留地时，有一个法国人不听劝告强行通过，队伍中的泷善三郎就用枪
戳了那个法国人。
在场的外国人见状，就向日置的队伍开枪，日置部队应战。偶然路过此地的外国公使团认为这是对公使、公使馆以及国旗的攻击，就命令军队追击，占领神户，扣留了各藩船只。
事件发生后的第二天，日置前往京都，向新政府的参与
后藤象二郎报告此事；一月十四日，又以冈山藩藩主的名义向新政府递交了报告（鈴木由子「慶応四年神戸事件の意味」）。
伊藤抵达兵库后得知此事，就马不停蹄地去见了“交情甚好”的驻日英国公使巴夏礼。巴夏礼十分生气地说，本以为长州是朋友，却发生了此类事件，“所有日本人依旧还是持攘夷论”；而且说是结束了幕府统治，成立了新政府，却不见任何一位新政府成员来打招呼，简直太无礼了。
于是，伊藤向巴夏礼保证“三天之内解决此事”，立即前往大坂。伊藤向大坂负责调查外国事务的东久世通禧汇报了与巴夏礼见面的情况，建议首先要向各大国代表通告王政复古的事实，然后必须处理神户事件。东久世马上采纳了伊藤的建议，于次日即一月十三日就任命伊藤在新政府中负责外国事务（『伊藤公直話』200～202頁。『伊藤博文伝』上巻、335～337頁）。
就这样，新政府于一月十三日宣布，继续履行幕府与各国签订的各项条约（但落款日期为一月十日）。
伊藤认为，为了在戊辰战争中取胜，要打败德川军，就必须获得外国公使团对于新政府的支持（鈴木由子「慶応四年神戸事件の意味」）。木户也支持伊藤的这一方针（伊藤宛木戸書状、慶応四年一月十九日、『伊藤博文関係文書』四巻）。
二月九日，新政府认可外交使节团的意见，承认是冈山藩的人员不当袭击了外国公使等外国人，并对此事道歉。当天，泷善三郎因此引咎切腹。
伊藤对于冈山藩士的所作所为持批评意见，认为他们的行为与不愿改变幕府时代传统的“攘夷”行动毫无区别。但是，外国公使团采取的行动也让他认识到了现实的严酷。神户事件解决后不久的二月十五日又发生了堺事件，土佐藩兵与法国水兵发生冲突，造成人员伤亡。这两起事件发生后，与伊藤有着心灵相通的木户，在给伊藤的书信中这么写道：
虽说是“世界文明之国”，但还是有“粗鲁之人”。在发生非常事件的时候，政府如能迅速采取“至当之所致〔最为恰当的对策〕”，就能自扬国威，也能获得世人的信赖。
（伊藤宛木戸書状、慶応四年二月二十日、『伊藤博文関係文書』四巻）
无论如何，神户事件对于刚刚起步的新政府来说是一次危机，但伊藤在此事中处理得当，从而在新政府中有了立足之地。