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本文选取了四份较具代表性的学校规定，对其中的核心问题进行横向对比（见表2），可以发现从我国当前该制度实施的推进情况到各个学校的规则制定，各方面均存在较多问题。
第一，制度普及性不高，内容差别较大。尽管建立教师校内申诉制度的要求早在1995年就提出了，但目前仅在公立高校中覆盖率较高，虽然《民办高等学校办学管理若干规定》明确规定民办高校应当建立该制度，但覆盖率并不高，中小学设立该制定的更少，且一般制度内容较为简单，缺少细致设计。由于缺少上位法指引，每个学校都自行制定，不同学校设立的校内申诉制度内容差别较大，如表1中列举的四份教师申诉规定，对申诉期限的规定差别较大。《青岛理工大学校内教师申诉办法》规定教师在知道或应当知道一年内可以提起申诉；而《上海对外经贸大学教职工申诉处理办法》规定应当在知道或者应该知道引起申诉事由之日起10日内提起。一年与10日，差异极大。
第二，申诉受理主体独立性不足、职能不清。一些学校并未建立独立的申述委员会处理教师申诉，如南京市第十二中学是由工会受理教师申述，但由工会哪个部门或人员负责受理，缺少明确规定。有学者对高校的申诉机构调研发现，申诉机构的职责往往是宣传法律法规政策、调解人事争议、监督协议的履行、参与协调合同的签订、预警人事争议，但在如何有效宣传、争议调解方式、争议预警方案等方面却欠缺工作内容。这也导致教师对申诉机构了解不深，在需要申诉时往往通过直接找领导、找业务直接负责部门、找外部有影响部门等方式，甚至“不少教师不确定校内是否有专门的申诉机构存在”。
对于受理主体的构成，一些学校的设计公正性、科学性不足，如陕西国际商贸学院教职工申诉处理办法中规定教职工代表的人数仅为一人，相比之下青岛理工大学规定委员会教师代表人数不少于二分之一。
表2 部分学校教师校内申述办法的核心内容
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第三，制度适用范围有限。首先，在申诉范围方面，根据《教师法》的规定，教师对学校或者其他教育机构侵犯其合法权益的，或者对学校或者其他教育机构作出的处理不服的，可以向教育行政部门提出申诉。这意味着有两种情况，一种是“教师对学校或者其他教育机构侵犯其合法权益的”，另一种是“对学校或者其他教育机构作出的处理不服的”。但在实践中，一些学校将制度建立限缩于后者，即只有存在一个明确针对教师的处理决定时，才可能提起申诉，如表2的《南京市第十二中学教职工校内申诉制度》。这种情况一般发生于中小学建立的申诉制度。同时规定了两种情况的学校，也存在通过排除法，将较多情况排除在可提出申诉的范围之外的做法。其次，申诉主体有限。对中小学来说，申诉主体一般限制于学校编制的教职工，非编制教职工被排除于适用主体之外；对高校来说，有些学校将申诉制度限制于承担教学职能的教师，不涵盖非教师类职工。但根据原国家教委《关于开展加强教育执法及监督试点工作的意见》，“校内申诉制度，是教师、学生、职员因对学校或者其他教育机构的有关职能机构或人员作出的有关处理决定不服，或认为其有关具体行为侵犯了自身的合法权益，申请学校或者其他教育机构依照规定程序进行审查处理的制度”。其中明确包含了“职员”。此外，大部分高校规定只有本校教职工可以适用，排除了外聘教师或非固定编制的教师。
第四，程序不够科学规范。不同学校建立的制度设计了不同的程序，一些学校有较为细致的规定，一些则较为粗糙。首先，申诉委员会缺位。大部分高校设立专门的申诉委员会受理教师申诉，且设立申诉办公室用以处理日常事务或作出出版调查处理，但一些学校缺少独立、固定的委员会，如南京市第十二中学由校工会受理教师申诉。其次，缺少制度细化设计。例如，一些学校规定了可根据实际情况召开听证会的方式处理申诉，但对举行听证的条件、公开听证的案件范围、听证遵循的程序等并未作出明确规定；一些重要的制度如举证责任制度和说明理由制度等缺少规定，回避制度的具体内容有所欠缺等。
第五，缺少关于制度衔接的相关规定。校内申诉制度的法律属性为何，决定了学校申诉处理结果的效力，也决定了该制度与其他制度的衔接。大部分学校的规定并未对这个问题进行明确，仅有部分制度规定了该制度与其他制度的关系。例如，《青岛理工大学校内教师申诉办法》和《陕西国际商贸学院教职工申诉处理办法》都明确了校内申诉不影响申诉人通过其他救济途径维权。其中，仅有青岛理工大学规定了“在申诉程序中，申诉人就申诉及相关事项，向教育行政主管部门提出申诉的，本申诉程序终止”。仅有上海对外经贸大学规定当事人对申诉处理结果不满意的后续处理办法。缺少制度衔接规定，会在实践中产生执行规则的空白。青岛理工大学仅规定了程序终止，一旦申诉人的行政申诉不被受理，当事人是否可以重新提起一次校内申诉？相关规则应当加以细化考量。