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综观意大利实证学派的罪犯矫正理论体系，首先应当予以厘清的问题就是：实证学派理论的哲学根基。哲学根基，是理论得以展开，得以论证的逻辑起点。不同的刑事法律理论、犯罪学理论，均是特定时代、特定社会文明诞生的社会产物。而哲学，作为统领理论与实践的最高理论准则，在社会学科理论体系的形成过程中，成为分析各个学科发展脉络的试金石。明确实证学派的哲学根基，对于我们客观而全面地认识实证学派的理论主线具有重要的意义。笔者以为，意大利实证学派理论的哲学根基就是：唯心主义哲学与唯物主义哲学之争。易言之，实证学派的理论建立在存在主义哲学基础之上。由于存在主义强调“存在先于本质”的理论命题，如何尊重客观存在，还原事实本身，而非传统形而上学意义的逻辑推理认识事物本质，就成为该哲学理论的基本假定。对此，菲利在意大利刑事改革方案报告中进行了较为详细的论述。
意大利实证学派用科学主义的眼光，关照了犯罪人在心理结构方面的异常表现，并将实证研究结论同犯罪心理学、犯罪生物学、犯罪社会学研究相衔接，开创了犯罪学研究的新纪元。这种认知犯罪现象的方法，恰恰来源于存在主义哲学基础。对此，菲利在这次关于刑事司法改革的报告中，也做出了明确的答复。菲利的答复是通过回应当时一位十分著名的意大利哲学家本奈戴多·科罗切（Benedetto Croce）教授的有关质疑，来详细阐述并将存在主义哲学的思辨方式应用于学派理论构建中。在这位本奈戴多·科罗切教授的文章中，他首先否定了犯罪人类学派用解剖等人类学研究方法研究犯罪人的方法，并认为，这种研究方法无法直达犯罪人内心，无法触及犯罪人的精神层面。菲利对此予以坚决的反驳，他认为，犯罪人类学看似从犯罪分子的外部躯体入手，并没有直接研究犯罪分子的内心。不过，因为犯罪人本身的特殊性与异质性，必须通过这种外部解剖的人类学方法，才可以进一步考察犯罪分子思想和意志的特殊构造，也就是那位提出质疑的教授所谓的“内心世界”。菲利认为正是通过这种对犯罪人“存在本质”的认知，才可以澄清犯罪现象本身，也才可以认知世界的本质，更好地维护社会安定秩序。他认为，实证学派关于犯罪人、犯罪原因的研究是对社会防卫措施建立起到积极推动作用的。至此，菲利完成了意大利实证学派理论合法性的论证，即无论是截然不同的宗教信仰，还是不同的哲学信仰，实证学派的社会防卫理论对于整个社会而言都是具有巨大理论贡献的。 [13]