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羁押必要性审查在实施的过程中取得了很大进展， 但相关工作机制还不够完善， 有学者到司法一线调研， 发现该制度存在一些问题， 如“一押到底”的现象并未真正改变； 捕后监督型羁押必要性审查虚置、捕后职权型羁押必要性审查极少解除羁押； 多为书面审查， 审查程序较为随意等。
由于各地的具体情况不同， 羁押必要性审查工作的发展也不平衡， 总体上来说成功办理的羁押必要性审查案件数量偏少。于是， 2016年1月13日， 最高人民检察院第十二届检察委员会第四十七次会议通过了《人民检察院办理羁押必要性审查案件规定（试行）》 （以下简称《规定》）, 是各级检察机关依法办理羁押必要性审查案件的重要指导性文件， 对落实羁押必要性审查、保障在押人员的合法权利都有重要的意义。《规定》在2012年《刑事诉讼法》的基础上， 结合实践经验， 对羁押必要性审查进行了更加细致、完善的规定， 有很大的进步意义。《规定》的事实也使实践中一些部门在对羁押必要性审查工作中有一些改变， 但并不能说羁押必要性审查制度已经成熟了， 其还有进步的空间。
根据《刑事诉讼法》第95条的规定， 羁押必要性审查的主体是人民检察院。我国检察院不仅是公诉机关， 还是法律监督机关， 那么， 对于人民检察院进行羁押必要性审查， 究竟属于诉讼监督职能， 还是属于诉讼职能呢？
根据我国《刑事诉讼法》第96条、第97条的规定， 人民检察院对于那些采取不当强制措施的案件， 应当及时撤销或变更； 对于变更强制措施的申请，应当于三日内作出决定。在这两条中， 人民检察院都是可以直接作出决定或者实施措施的， 这属于人民检察院的诉讼职能。再看第95条的规定， 人民检察院“对不需要继续羁押的， 应当建议予以释放或者变更强制措施”。人民检察院履行职责的方式是“建议”, 即向办案机关提出释放在押人员或者对犯罪嫌疑人变更强制措施的建议， 并非直接释放或者变更强制措施， 所以羁押必要性审查属于检察机关的诉讼监督职能
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并非所有涉及羁押必要性审查的行为都属于检察机关的诉讼监督职能， 实践中很容易将两种职能混淆。真正的羁押必要性审查仅指《刑事诉讼法》第95条规定的内容。公诉部门在审查起诉过程中会对已经逮捕的犯罪嫌疑人有无继续羁押的必要进行审查， 这种审查属于公诉部门审查起诉的内容， 审查之后也是由公诉部门以检察院的名义直接决定变更强制措施或者释放。这是对《刑事诉讼法》第96条、第97条规定的落实， 不属于第95条规定的羁押必要性审查的范畴。而侦查监督部门对侦查机关提请延长侦查羁押期限的案件， 经过审查后认为没有继续羁押的必要的， 直接决定不批准延长侦查羁押期限的， 也是在行使决定权， 属于诉讼职能。
究竟哪些案件属于羁押必要性审查的范围， 学界和实务界都有不同的声音，赞成对羁押必要性审查案件范围加以限制主要是出于对国家利益、社会公共利益的考虑， 如对危害国家安全的犯罪、恐怖活动犯罪、特别重大贿赂犯罪、黑社会性质的组织犯罪等不应当列入羁押必要性审查的范围。
羁押必要性审查制度设立的目的， 是为了缓解我国高羁押率的现状和看守所的关押压力， 保障犯罪嫌疑人、被告人的人权。不管是出于何种目的， 都应当是在保证诉讼顺利进行的基础上开展的， 近几年， 我国各地检察机关刑事执行检察部门都对羁押必要性审查的后续保障机制进行了严密的设计。羁押必要性审查制度的设立初衷并非对案件进行限制， 且根据《刑事诉讼法》第95条的规定， 进行羁押必要性审查的范围， 应当包括所有被逮捕后的犯罪嫌疑人、被告人。这是检察机关依法履行职责的要求， 如果对案件范围进行限制， 把某些案件排除在外， 就是检察机关的失职。
《规定》第3条规定， 羁押必要性审查案件由办案机关对应的同级人民检察院刑事执行检察部门统一办理， 侦查监督、公诉、侦查、案件管理、检察技术等部门予以配合。这表明各机关在办理羁押必要性审查案件时有一定的职责分工， 属于协作配合的关系。这样考虑的目的主要在于： 虽然将羁押必要性审查的案件统一归口刑事执行检察部门办理了， 但侦查部门、侦查监督部门、公诉部门作为一线的办案部门， 对案件的事实和证据更加了解， 因此， 刑事执行检察部门在不同的阶段， 要听取不同机关的意见， 这样能更好地进行审查。
近几年的实践中， 不少地方都探索出了“听证”的模式， 即对羁押必要性审查案件进行审查时， 邀请各方人员参与， 并发表意见。这种模式在实践中取得了良好的效果， 因此《规定》吸纳了这种做法。但是有专家学者提出“听证”虽然有利于推进检务公开、树立检察机关的良好形象， 但是从性质上来讲，“听证”是一种行政执法程序， 与检察机关的诉讼监督职能不符， 因此在《规定》中， 将这种制度称为“公开审查”。至于公开审查的案件范围， 考虑到有些有重大社会影响或有争议的案件一律公开审查， 社会效果反而不一定好， 因此在《规定》中没有明确规定公开审查的案件范围， 各地可以结合案件的具体情况灵活掌握。
随着《规定》的出台， 各试点单位也适时调整了羁押必要性审查在实践中的具体做法， 取得了一些新发展， 如目前的羁押必要性审查有信息化变革的趋势， 很多试点单位开始将信息化审查与人工化审查结合在一起， 开辟新的审查路径等。这些新的发展在带来优势的同时也暴露出我国的羁押必要性审查还具有一定的不足， 需要继续不断地完善与发展。
《规定》第7条、第11条分别规定了羁押必要性审查程序的被动启动与主动启动。检察机关主动启动该程序能够体现权力制约权力的“权力主导”检察模式， 被动启动则体现了权利制约权力的“权利主导”检查模式， 这种主体多元化的启动模式能够最大限度地扩宽启动该程序的视野。但有学者认为应当对这种二元化的主体设置一种优先顺序， 即一方面应当通过立法确立依申请启动羁押必要性审查为原则、依职权启动为例外， 这是因为考虑到羁押必要性审查的核心目的就是保障犯罪嫌疑人的权利， 因此这种启动方式符合救济属性是羁押必要性审查的核心属性。另一方面从微观而言， 应当确立当事人申请为原则、其他主体申请为例外。这是因为羁押必要性审查具有权利防御属性， 当事人尤其是被羁押人更具有“发言权”。
由于羁押必要性审查制度不是某个机关独自就可以实施的制度， 而是需要公、检、法三机关共同配合实施的检察监督制度， 因此《规定》第3条就强调了羁押必要性审查内部联动机制的重要性。在此基础上， 应当进一步完善各机关之间的衔接机制。首先要完善信息跟踪机制， 这是一个前置程序， 即在启动羁押必要性审查前就由检察机关采取相应措施来跟踪案件移送相关办案机关后的变化情况； 其次要完善回复督办机制， 这一方面要求统一羁押必要性审查的标准， 另一方面要求办案机关要用书面形式回复检察机关释放或变更强制措施的建议。最后还要完善复合风险评估机制， 即要进行羁押与非羁押之间的双向审查评估， 确保解除羁押后的嫌疑人能够得到控制从而实现对案件的全程审查。
除此之外， 还应当完善对嫌疑人人权保障的救济措施。包括事前救济与事后救济两种方式。有学者建议针对事前救济， 可以在《刑事诉讼法》第96条、第97条的基础上增加被羁押人向办案机关申请释放或变更强制措施的先行义务。
我国的羁押制度虽然从正面规定了何种情况下适用这一措施， 但其核心价值却体现在消极层面， 即对于不符合条件的犯罪嫌疑人不得适用这一措施， 这也是我国羁押必要性审查制度产生的背景。
由于刑事诉讼中的证明活动不应当局限于审判阶段， 而是应当遵循“有裁判必有证明”的原则， 使诉讼证明贯穿于刑事诉讼的始终。由于羁押必要性审查能够决定被追诉人是否获得人身自由， 因此也应当在审查羁押必要性时引入证据规则。另外， 在羁押必要性审查制度中确立证据规则有助于突破羁押必要性审查的运行瓶颈， 有助于实现羁押必要性审查诉讼化， 有助于明确审查对象及审查标准。因此有学者大力呼吁确立羁押必要性审查制度中的证据规则。
对于羁押必要性审查制度中的证据规则， 应当从证明对象、证明责任、证明标准、证明方法四个方面来构建。对被羁押人进行羁押必要性审查时一般会区分羁押事实与羁押理由， 羁押事实是指适用羁押这一刑事强制措施的事实基础， 是证明羁押理由得以成立的事实根据； 羁押理由则是指由法律规定的适用羁押措施的事由。
证明对象主要是指羁押理由， 羁押事实一般不作为证明对象。对于证明责任， 由于在呈捕阶段已经由办案机关对被追诉人具有羁押必要性进行了证明， 因此在羁押必要性审查这个后续阶段应当由辩方来承担被追诉人不具有羁押必要的证明责任。对于证明标准， 在不同阶段应有不同的标准，具体而言， 在侦查阶段应当适用“优势证据”的标准， 审查起诉阶段与审判阶段应当遵循“清楚有说服力”的标准。对于证明方法， 应当适用自由证明的证明方法。