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清代（1644—1911）早期，一批思想独立的思想家已经开始勇敢地挑战清朝统治者极力维护的正统思想。他们的思想虽然仍局限于儒经，却能够大胆质疑一些当时流行的学说，尤其是王阳明（1472—1529）的哲学。从明代（1368—1644）晚期开始，他们就开始反驳某些传统的注疏，呼吁对从根本上重新研究经典。于是，他们为19世纪末的学者树立了榜样，提供了思想的刺激。然而，我们也不必夸大这个榜样—17世纪学者的传统一度中绝，并没有被晚清学者直接继承。相反，他们中的一些人几乎被遗忘，直到中西交通之后，维新思想家才去搜寻故纸，寻找先例，以支持自己对传统的新解释。1898年的维新派为了论证己方的思想，就抬出了顾炎武、黄宗羲等17世纪的思想家。这批人还反对满族或任何异族的统治。两百年后，一些爱国思想家为近代中国的民族主义寻找思想基础，这些反清的文章对他们而言自然是宝贵的财富。
中国回应西方冲击的一个主要形式，就是重新评价传统，古为今用。下文将着重阐释这类古为今用的文章。
黄宗羲（1610—1695）是晚明著名思想家，他的《明夷待访录》成书于1663年。
该著作的思想来源有二：其一源于《礼记》的《礼运》篇，该篇以“天下为公”为要旨，认为天下不是为了一人的享乐。
黄宗羲政治哲学的主要观点是，君主制是为了增进人民的福祉，君主和官员是人民的公仆。明君该被人民当作父母来爱戴，而昏君则杀之可也。他是赞成诛除暴君的。黄宗羲认为，传说中的三代之治以后，君主忘记了自己的职责，以天下为私产，导致了政治的失序。黄氏相信开明君主制，但是他不同意“法祖”的做法—即一个朝代的历任君主都要恪守开国君主定下的制度。他还主张一套好的法律制度是第一位的，有能力的官员是第二位的。据说，谭嗣同
曾将《明夷待访录》的节本私印了几百份秘密散发，以宣传自己的维新思想。这一节本对晚清的思想产生了重要影响。
在《原君》篇中，黄宗羲说：
有生之初，人各自私也，人各自利也，天下有公利而莫或兴之，有公害而莫或除之。有人者出，不以一己之利为利，而使天下受其利……此其人之勤劳必千万于天下之人，夫以千万倍之勤劳而己又不享其利……后之为人君者不然，以为天下利害之权皆出于我，我以天下之利尽归于己，以天下之害尽归于人……视天下为莫大之产业……古者以天下为主，君为客，凡君之所毕世而经营者，为天下也。今也以君为主，天下为客……然则为天下之大害者，君而已矣……古者天下之人爱戴其君，比之如父，拟之如天，诚不为过也。今也天下之人怨恶其君，视之如寇雠，名之为独夫，固其所也。
谈到“臣”的话题时，黄宗羲说：“故我之出而仕也，为天下，非为君也；为万民，非为一姓也。”
在《原法》中，黄宗羲说：
然则其所谓法者，一家之法而非天下之法也……论者谓一代有一代之法，子孙以法祖孝……此俗儒之剿说也……即论者谓有治人无治法，吾以谓有治法而后有治人。
顾炎武（1613—1682）号亭林，他学问渊博，与黄宗羲等人勠力恢复明室，在华北广泛游历，考察各地的地理和经济。他提倡使用节省人工的机械，提倡开矿，特别重视农业、水利和乡村经济。顾氏之学是对阳明之学的反动，提倡“经世致用”，追求知识对社会的实用价值。顾氏的著作中，最著名者要属包罗万象的《日知录》和《天下郡国利病书》（序言所署年份是1662年）。他是中国音韵学的先驱，并强调用归纳的方法研治经史。
黄、顾二人生活在同样的环境下，都反抗清初的政治压迫，二人的思想非常相近。但在批判专制主义方面，黄氏将平民百姓看作国家的根本，而顾氏则不认为平民百姓有如此关键的作用。顾氏反对权力过分集中于皇帝之手，称赞古时的封建制是一种公天下的手段，但并不认为应当恢复此制度；替代的方案是，将国家权力分散到县令手中，他们应有发展教育、农业和军事的全权。而县令的职权又由司仓、游徼等官分掌，人民应有充分的自治权。他憎恨士绅武断乡曲，反对以律令束缚人民。
顾炎武是支持改革的：“方今郡县之弊已极，而无圣人出焉，尚一一仍其故事，此民生之所以日贫，中国之所以日弱，而趋于乱也。”
顾氏赞同根本的改革，反对零修碎补；主张改革当从现实出发，不应受祖宗之法的束缚：
前人立法之初，不能详究事势，豫为变通之地。后人承其已弊，拘于旧章，不能更革，而复立一法以救之。于是法愈繁而弊愈多，天下之事，日至于丛脞，其究也，眊而不行，上下相蒙，以为无失祖制而已，此莫甚于有明之世。
顾炎武还是怀着“回向三代”的希望，其政治理想是“用夏变夷”，即以中国的风俗同化蛮夷。他力图恢复中国人的自信，发展中国固有的道德和智慧。在一封致友人的信中，他说自己撰写《日知录》的目的是“拨乱涤污，法古用夏，启多闻于来学，待一治于后王”。
幸运的是，顾炎武并不是盲目坚持中国传统的人。他也认识到了蛮夷的一些优长：“中国之不如外国者有之矣。”他赞赏契丹人的朴素耐劳，称许回纥人“风俗朴厚，君臣之等不甚异”。他认为北魏（386—534）在西北推行的垦田、均田之制“有足为后世法者”。
王夫之（1619—1692）号船山，以论史犀利、著作宏富著称。明朝覆灭后，他遁入湖南衡阳石船山中，隐居著述40年。他与其他学者联系极少，是一位独立的思想家。他用历史的和归纳的方法分析政治问题，从而发展出了自己的“进化论”—他认为法律制度要因时而异，每一个朝代都是一个独立单元。据此，王船山反对任何保守主义的复古做法。他认为单纯法古是徒劳的。古代的法律当然适用于古代的社会。今天的政治制度无法套用到未来社会，每个朝代的治理都要适应当时的需求和当下的环境。例如，兵农合一在古代是一个好制度，但是当下社会战争更加复杂，需要训练有素的职业军人，未经训练的农民是不能“客串”士兵的。
王夫之还有一个独到的学说：任何物种或人种，从昆虫到人类，都致力于自保和自我组织。自保是天然法则。连蝼蚁也知自保，何况人类？因为合群乃是人类的天性，而立君是为了保群。所以，族群自治是合乎逻辑的和必要的，绝不容异族的侵犯。换言之，所有国家都应该是民族国家，并且自治。他宁可忍受同族的篡逆，也不能接受异族的统治。
王夫之的另一个创见是，不同种族的文化差异来源于其所处的地理环境的差异。因为夷夏生长的环境不同，其精神、行为和风俗也就不同。华夏不能允许蛮夷入侵自己的领土和文化。王氏认为文化是变动不居的，文明不会一成不变。他观察到很多文化上由夷变夏的例子，也有一些情况下蛮夷却止步不前。他认为华夏有再次退回蛮夷状态的可能性。王夫之防备蛮夷入侵的方法是掌握时令并善用之：“故善御夷者，知时而已矣。时战则战，时守则守。”
朱之瑜（1600—1682）号舜水，同样是一位本族中心主义的思想家，在中日两国都有巨大的影响。他与黄宗羲是同乡，曾到安南和日本请兵抗清。1659年，朱舜水在反清的努力再三失败之后定居日本。他的学术吸引了许多日本学者随他问学。后来，有人将他介绍给德川家康的孙子、水户藩主德川光圀。在光圀的赞助下，他著书详述了释奠礼，并且为巨著《大日本史》的修撰提供了意见。这本书后来影响了1868年的明治维新。
朱舜水志行高洁，提倡致用之学。他的反清著作《阳九述略》极大地鼓舞了清末的一批人。朱舜水死前留下遗言，自己的骸骨“非中国恢复不归”。
受黄宗羲、顾炎武、王夫之和朱舜水思想的鼓舞，中国反清的“民族”情绪逐渐高涨，清廷于是大兴文字狱，予以震慑。乾隆年间（1736—1796）文字狱达到高潮，两千多种书籍遭到全部或部分禁毁。明朝遗民曾给康熙帝（1661—1722年在位）造成了很多麻烦。而且即便是在此之后，他们也留下了很多反清的文字。早在1644年之后的顺治年间，对此类文字的禁毁就已经开始了。
欲了解文字狱，吕留良、曾静案是一个好例子。吕留良（1629—1683）是一名士人，并且著有几本小册子。他拒绝参加清朝的科举，潜心注释宋人的理学著作。在注释中，他公然哀叹神州陆沉，汉人无力抵挡满人入关。他表达出的反清情绪影响极广。雍正年间（1723—1735），湖南举人曾静（1679—1735）受吕留良的感召，同自己的弟子密谋反清。曾静极为佩服吕留良的著作，派自己的心腹弟子张熙到吕留良位于浙江的家中通读了他的遗作，并且结识了吕门弟子。1728年，曾静派张熙去策动川陕总督举兵反清。川陕总督将此事上奏朝廷，与闻其事的人都遭到严惩，子孙、亲戚、门生均被株连。曾、吕二人的著作几乎被禁毁一空。幸而雍正帝为了给自己的皇位辩护，写了一部《大义觉迷录》，曾静的供词也因而保留了下来，我们才得以透过这场流产的起事，窥见当时民族主义思想的蛛丝马迹。
在19世纪的士人看来，此类思想和事件无疑是本土的传统。他们对西方的回应当然主要是受这类传统影响，而非其他。正如理解了19世纪的中国，可以帮助我们更深刻地理解当代中国；我们也要追溯中国思想的源流，从而获得历史学家追求的“全景视角”。例如，或许正是因为清廷成功压制了18世纪活跃的、带有民族主义色彩的思想，中国才无法更有效地应对一个世纪后西方的冲击。
18世纪晚期，文字狱盛极而衰，此后的“民族主义”运动主要表现为名号不一、形式各异的秘密反清会党。在某种程度上，这些会党为太平天国做出了贡献，之后又参与了孙中山的革命运动。秘密会党值得作为专题仔细研究，其内容不是本书能够涵盖的。