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日本园林与中国园林有着深深的渊源。日本园林善于有选择地吸收外来文化和自己的文化融合，从而形成变化。日本园林善于描绘海岛、丘陵景观，对石的崇拜是根本的内在基因。日本园林史可划分为古代（大和、飞鸟、奈良、平安时代）、中世（镰仓时代、室町时代）、近世（安土桃山、江户时代）。
飞鸟时代：公元 6 世纪中叶，这一时期是中国文化经由朝鲜半岛开始大量进入日本的时期，中国的汉代佛教经朝鲜传入日本。园林艺术也传入日本，并产生影响，宫廷、贵族出现了中国式的园林——池泉式园林，即池泉庭园，模拟海景和山，有水池，中设岛。如苏我马子在自家园中掘池筑岛“家于飞鸟河之傍，乃庭中开小池，仍兴小岛于池中，故时人曰岛大臣”。
奈良时代：公元 710 年，日本首都迁到平城京（现奈良），正值中国的盛唐时期，中国唐代文化传入日本。奈良城周围兴建了大量中国式园林，以水为中心，有水源，水中有岛，也是一种池泉式庭园，但规模、法则更加规范化。其水池一面有厅堂，其余三面绿化，规模不大，水不可泛舟。代表作品是奈良城中心三条二坊大坪宅园。平城宫东庭园以广袤的水面为中心，池中，无墙无门的干阑式建筑立于水中，突于水面，园内东南地小山上也建有楼阁，其间则是半岛状的沙洲逶迤伸展于湖面上，沙洲汀岸上立颜色不一的庭石。
平安时代：这是日本园林史上的辉煌时期，园林较发达，舟游式池泉庭园为一个重要类型。文化上，吸收中国唐文化和汉代佛教，摆脱了完全模仿，完成了汉风文化向和风文化的过渡，而形成复合、变异的阶段；反映在园林中，出现了类型、形式上的差异。日本最古老造园书《作庭记》也出现在此时，书中描述了寝殿造园林的构筑方法。
镰仓时代：此时期，日本传统的贵族文化开始衰落，政治中心东移，开始了武士执政的历史，中国元朝禅宗传入日本，结合园林，形成禅宗园林。这类园林不注重具体外形，强调内在精神，枯山水形式为其中一种。此时也形成了回游式庭园，中国北宋水墨山水画大量传入日本，对日本园林产生巨大影响。
室町时代：这一时期寝殿造形式逐渐消失，出现了“书院造建筑”。书院造建筑空间划分自由，非对称，内部空间可分可合，由柱支撑，分隔灵活，内外通过桥廊过渡和联系，敞廊前为枯山水，以“席”为单位，具有乡土风格。书院造后期，枯山水成为一种象征写意式的园林。
安土桃山时代:16—17 世纪禅宗佛教影响日本园林，庄严肃穆的佛教礼仪减小了园林的规模，花木被认为是琐屑的东西而被排斥，由被认为是永恒的而不是只有短暂之美的常绿乔木和灌木所替代。同时，出现了茶庭作为茶室的辅助庭园。此时建设的园林须适合于佛教茶艺的精神内涵，对植物自身形体的欣赏已远大于对植物花果的欣赏。例如，杜鹃花在种植的过程中被修剪成各种造型，开花景观成为个别需要，在设计中成为次要的考虑。
江户时代:19 世纪中叶德川幕府迁都江户，史称江户时代。这是日本园林的黄金时期，由池泉庭园发展出新的园林形式——回游庭园。此时庭园地势趋向平坦，视野广阔，开凿大面积水池，多运用树形优美的老树进行绿化。后乐园为江户时代的名园之一，园中曾引进许多外来植物品种，于水池周围模拟各地的胜景。其园保留至今，植物繁茂，清幽苍翠。江户时代完成了日本庭园的独特风格的形成。
明治维新时代日本造园受欧洲造园的影响，种植大片草坪，称为“芝庭”。近代又将原来改造过的宫苑进行恢复。如桃山时代的二条城宫苑，明治十七年改为离宫，其内布置大面积草坪，现在依旧留有遗迹。
纵观历史，逐渐发展起来的一套植物配置规则在今天一直影响着日本园林的发展。其种植设计的植物组合力求在自然界中都可以找到原型，通过使用常绿植物展示朴素、严谨、经久不衰的特点，避免海岸植物和高山植物的混合和不同气候区的植物组合，从植物的象征性和季节性变化的角度选择植物，产生一种微妙的颜色层次和形式，使人们在游览时所观赏的景色不是单一的而是富于变化的。
由于日本的气候地理条件特点及造园师对庭园植物配置的特殊要求，日本园林植物配置形成了鲜明的特征。
多数日本的庭园里植物配置以常绿树为主，花木稀少，对植物配置追求的是简单而不繁杂、含蓄而不显露、朴实而不华丽。日本古典园林中选用的植物品种不多，常以一两种植物作主景，再选用一两种植物作配景，层次清楚，形式简洁。通常常绿树木在庭院中占主导地位，不仅可以经年保持园林风貌，也可为色泽鲜亮的观花或色叶植物提供背景。常绿植物为主的园林并不一定色彩单调，它们的绿色也有从黄绿到蓝绿甚至墨绿色的区别。此外，有些常绿植物在春季还会长出浅绿色的针叶和球果，有些在秋季有结红色或蓝色的浆果，从而使园林色彩更为丰富。
日本人喜欢象征长寿的植物和体现生命意义的植物，松、柏、铁树因为它们的长寿而入主园林。在大多数日本园林中，最流行的常绿植物是日本黑松，它也是多数日本人认为最好的树木。黑松有着深绿色坚硬的针形叶，深裂的黑色树皮和无畏、极不规则生长的习性。在日本人看来，正是这样的个性使黑松具有男性化的外部形态。所以，在传统的日本园林设计中，黑松常常是作为男性的象征，往往被置于一座枯山水庭园或一处池泉庭园的中心焦点，成为庭院的主景。
另一种深受日本民众喜爱的植物是日本红松。与黑松相比，红松显得较为纤细、柔美，所以它被认为是女性的化身，常常被用作男性化的黑松的从属树。在日本传统园林中，这两种松树被一起种植于池泉边缘，曲曲折折的枝干悬垂于水面之上，构成优美的画面。
日本花柏、紫杉、杜鹃、樱花及秋色叶树种，如槭树类植物等，也都是日本园林中常用的植物品种，将其与周围的草地或常绿树形成鲜明对比，突出异色，成为别致的景观。槭树有着丰富的色叶品种，可在色彩上作为点缀；吊钟花不仅花朵美丽而且秋季叶色发生变化，景观独特；锯缘冬青在落叶后有红色浆果可供观赏。落叶树种中以落叶后树干和枝条姿态优美的树种为佳。
日本人对樱花和红枫的热爱是无与伦比的，它们“青春易逝”的寓意使其在日本园林植物的排行榜上名列前茅。春天一到，整个日本就变成了一个樱花世界。樱花也为古老的园林平添了许多韵味。而与古朴建筑交相辉映的红叶林，又把深秋的绚丽、凝重表现得恰如其分。
日本园林多利用现有地形、湖泊、石组，结合植物进行不规则配置，力求表现自然。庭园中，每一株植物都要求有优美的外形，成丛种植的也要求各株间距能使人们从任何角度都看到全丛各株树木。多株树或每个树丛不仅本身应是优美的，而且要使全园增色，即要彼此协调，树丛之间要能相互平衡。树丛本身不宜过密而影响通风或不利于显露地形起伏，也不宜过于稀疏导致树间的关联中断。
日本园林植物修剪的历史很长，有的植物修整旨在展开树木，使其枝干间的空间层次分明，不仅可强化枝干的自然形态，还可突出空间。
修剪方式有如下几种：一是按画理修剪。如立式枯山水中的大德寺大仙院庭园的背景树修剪成圆头形，前景树不仅小而且没有修剪，取画意中的远树无叶之意。二是以水景为母题。背景树修剪成波浪形，中景树修剪成船形或岛形。三是寺庙园林中为了模仿佛、菩萨等将树冠修剪成圆头或者方形，如槭树类、杜鹃或黄杨等常被修剪成球形。
在假山瀑布的泷口有乔木和灌木丛的配置，部分遮掩瀑布以增进深度感。多采用槭树，可使其枝条伸到瀑布前，似在承受跌落的水流，从而打破瀑布单调的景观，但槭树不可把瀑布全部遮住，也不可掩盖瀑布的美景部分。在石灯笼旁一般种植日本榧、松、柯树，用树枝半遮光线，在池后种植槭树、落霜红等姿态优美的树种以观赏其倒影。桥侧多种植柳、枫、槭树类，树的枝叶部分遮掩桥身。花木类种植在远眺处，中间为开旷地，以欣赏盛花时的整体效果。绿篱常用耐火树种栎树、银杏、皂荚、桃叶珊瑚等。
在枯山水中，日本园林特别创立了一种类型，称之为苔园。在这些苔园中用青苔代表大千世界和陆地，用白砂代表海洋。在干燥的地方苔藓不生长，但在大片阴凉潮湿处长得很好，如在茂密的林下的空地。在日本园林中苔藓通常是一种常用的地表覆盖物，因为它既美丽又柔软，很有吸引力。
造园者还常在茶亭的房前屋后种植棕榈科植物或芭蕉等，创造“凭栏听雨声”的意境；水体的源头也常用乔木或灌木部分遮挡，以增加景观的层次感和神秘感，这些手法与中国古典园林非常相似。
在日本园林中每一种被选取的植物都有其特殊的意义，主要是指形态意义及其所衍生出来的文化意义。如松树因其古干虬枝而受人敬爱，同时它也喻示着长寿，因此，也常与动物象形的龟岛和鹤岛结合在一起。
日本植物的吉配，就是由这种对植物的特殊理解而发展起来的。植物的吉配中趋利避害是配置的主要原则。日本园林植物配置中有一些吉祥组合，如一年三秀、一枯一荣、二友、三益友、三君子、四友、四清、四天王树、五果、五木、六研、八百余春、八草、八仙花、八珍草、九秋、十友、十二客、二十客、三十客、百事大吉、百子长生、百子同室、百事如意、百春平安、百龄食禄、万年祝寿等。
日本园林在主体建筑前的吉祥植物对植，讲究对称而不完全对等。对植的植物可以不同种类、不同树形、不同大小，如京都御所紫宸殿前的对植植物，左边是樱花，右边是橘子，树形树种都不同；清凉殿前面对植植物左为细叶吴竹，右为宽叶汉竹；仙洞御所常御殿前对植植物左边是白梅，右边是红梅。
日本园林的植物造景在其发展过程中，在不断借鉴外国特别是借鉴中国造园手法的同时，仍保持了自身风格的独立完整。现代日本园林的植物造景，在传统的基础上取得了很大的发展，从而达到了世界公认的高水平。