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社会资本方承接的PPP项目，大多单独对工程前期费用进行了约定，包括勘察、设计、监理、海域使用金、拆迁、征地、政策处理补偿、临时水电用地等费用，此费用由项目公司直接支付给政府方，由于政府无法开具增值税专用发票，导致项目公司无法抵扣此部分进项税额而多承担税费。
由于征地拆迁费用比较复杂，应对其单独进行分析，详见本节“二、征地拆迁费用”。
工程前期费用包含的种类比较多，各种费用的执行主体及执行进度不同，因此，项目公司应对工程前期费用进行分类，根据不同类别的费用有针对性地与政府进行谈判。根据目前工程前期费用的形式，主要分为以下几种方式：
工程前期费用中如勘察、设计等费用，项目公司成立前期可能已经发生，政府方已经承担了代付功能。以下针对不同的代付主体进行分析：
1）现状描述
前期费用由政府方支付，对方单位将发票开具给政府方。后期通过公开招标，政府方与社会资本方达成合作协议，并约定由项目公司承担此PPP项目前期发生的各项费用，项目公司成立后由其将前期费用支付给政府方，政府方开具资金往来收据作为支付凭证，项目公司凭此收据入账，计入资产的价值，并在企业所得税税前扣除。
2）涉税分析
（1）增值税。
根据相关税收规定，进项税额抵扣必须取得增值税专用发票，政府方承担的前期费用发票开具抬头为政府方，而项目公司只收到政府开具的资金往来收据，造成进项税额无法抵扣。
（2）企业所得税。
根据相关税收规定，未按规定取得的合法有效凭据不得在税前扣除。项目公司应从政府方取得行政事业性收费收据，而不是取得政府开具的资金往来收据。资金往来收据不属于合法有效凭据，项目公司取得的前期费用凭据不合规，在企业所得税税前扣除上存在风险。
3）操作提示
（1）针对政府方代垫的前期费用通过第三方中介机构进行确认，确认其费用的真实性，并要求政府方提供有关票据的复印件及支付资金的行政事业性收费收据作为原始凭证入账。
如果因政府方无法提供行政事业收费收据，导致前期费用无法税前扣除，项目公司多承担的税费，建议与政府协商，由政府方承担。
如果政府无法提供行政事业收费收据，可与开具发票的单位协商，签订补充协议，由开具发票的单位重新开具发票给项目公司，此种方式实际操作比较困难。
（2）与主管税务机关协商，能够针对此部分工程前期费用作代收转付处理，政府付费时，开具零税率的增值税发票。
1）现状描述
前期费用支付由政府方通过平台公司支付，平台公司为签订PPP项目合作协议中政府指定的平台公司，供应商将发票开具给平台公司。
后期通过公开招标，政府方与社会资本方达成合作协议，并约定由项目公司承担此项目前期发生的费用，项目公司成立后由其直接支付给平台公司，平台公司开具资金往来收据作为支付凭证，项目公司据此入账，在企业所得税税前扣除。
2）涉税分析
平台公司作为企业法人，自负盈亏，独立承担责任，可以办理增值税一般纳税人认定。平台公司作为独立的纳税人，前期发生的费用转由项目公司承担，属于两个纳税人的交易，如果项目公司不取得发票，直接以收据作为凭据在税前扣除前期费用，存在一定的风险。
3）操作提示
（1）平台公司承担的前期费用需通过第三方中介机构进行确认，确认其费用的真实性。
（2）与平台公司签订服务协议，要求其针对前期发生的费用按照适用税目税率开具增值税专用发票。如果平台公司为一般纳税人，且前期发生的费用取得增值税专用发票，平台公司可以抵扣相应的进项税额，此时向项目公司开具增值税专用发票不会多承担税金；如果平台公司不开具增值税专用发票，项目公司支付前期费用的进项税额无法抵扣。
（3）如果平台公司不同意签订服务协议、开具增值税专用发票，需与主管税务机关协商，针对此部分工程前期费用做代收转付处理，政府付费时，协商开具零税率的增值税发票。
（4）项目公司应与政府方协商，如确实无法开具发票，导致前期费用无法税前扣除，则项目公司多承担的税费，由政府方承担。
项目前期费用签订的合同可能存在没有执行完毕或者后期需要支付尾款的情况，此时将面临合同是否继续执行及项目后期支付尾款如何开具发票的问题。
如果未执行完毕的合同不进行合同主体的变更，直接将发票开具给项目公司，并由项目公司支付相关款项，则项目公司存在“三流不一致”无法抵扣进项税的风险。
未执行或未执行完的费用，政府方、项目公司、第三方应协商签订三方协议，由第三方直接与项目公司进行业务结算、开具发票及资金支付。
征地拆迁是PPP项目一项非常重要的行为，根据拆迁的主体不同，可分为两类：第一类，是政府作为拆迁主体，项目公司不参与拆迁，但需要负担拆迁的资金；第二类，是项目公司作为拆迁主体，委托政府或政府的平台公司进行拆迁。
拆迁的主体不同，项目公司的涉税情况也不同。由于拆迁金额在整个PPP项目中的占比较大，涉税问题处理不好，可能导致整个PPP项目的税负增加，收益下降。因此以下针对不同的拆迁主体，分析项目公司的涉税处理。
对于部分政府付费的PPP项目或投资政府土地改造的项目，土地拆迁、移民安置及补偿以及相关的审批手续工作由政府作为责任主体，负责组织实施，项目公司负责按计划支付土地拆迁补偿所需的资金。项目公司的成本支出通过后期政府付费方式予以补偿。一般有两种方式，一种是自负盈亏方式，一种是固定收益方式。
1）现状描述
地方政府作为拆迁主体，指定规划设计和施工单位，项目公司作为建设方与规划设计单位、施工单位签订合同，协助地方政府完成土地规划设计、场地平整、地块周边绿化等工作，并直接向规划设计单位和施工单位支付设计费和工程款。当该地块符合国家土地出让条件时，由土地收储中心收储，地方政府将该地块挂牌出让，以成交价支付给项目公司。若成交价低于项目公司投入的所有资金，亏损由项目公司自行承担；若成交价超过项目公司投入的资金，收益归项目公司。
2）涉税分析
根据《国家税务总局关于纳税人投资政府土地改造项目有关营业税问题的公告》（国家税务总局公告2013年第15号）的规定，一些纳税人（以下称投资方）与地方政府合作，投资政府土地改造项目（包括企业搬迁、危房拆除、土地平整等土地整理工作）。其中，土地拆迁、安置及补偿工作由地方政府指定其他纳税人进行，投资方负责按计划支付土地整理所需资金；同时，投资方作为建设方与规划设计单位、施工单位签订合同，协助地方政府完成土地规划设计、场地平整、地块周边绿化等工作，并直接向规划设计单位和施工单位支付设计费和工程款。当该地块符合国家土地出让条件时，地方政府将该地块进行挂牌出让，若成交价低于投资方投入的所有资金，亏损由投资方自行承担；若成交价超过投资方投入的所有资金，则所获收益归投资方。在上述过程中，投资方的行为属于投资行为，不属于营业税征税范围，其取得的投资收益不征收营业税。
因此，自负盈亏的模式符合国家税务总局2013年第15号公告规定的情形，投资方的行为属于投资行为，不属于营业税征税范围，其取得的投资收益不征收营业税。由于营改增后，没有出台进一步的税收政策，其平移到增值税下，作为投资行为取得的投资收益也不征收增值税。
3）操作提示
（1）签订合同时，应符合国家税务总局2013年第15号公告规定的情形，合同中应明确项目公司自负盈亏，不享有固定回报。
（2）收到相应的款项时，因为属于不征税的收入，一般不能开具增值税发票，建议在合同中予以明确约定，从政府收取的资金不提供发票，可以提供行政事业性收费收据。
1）现状描述
地方政府机关作为拆迁主体，委托项目公司代地方政府机关向原土地使用权人支付拆迁补偿费，在项目完成政府付费时，按一定的收益率向项目公司支付垫付资金的利息。
2）涉税分析
根据《国家税务总局关于政府收回土地使用权及纳税人代垫拆迁补偿费有关营业税问题的通知》（国税函〔2009〕520号）的规定，纳税人受托代委托人向原土地使用权人支付拆迁补偿费的行为属于“服务业—代理业”行为，应以提供代理劳务取得的全部收入减去其代委托方支付的拆迁补偿费后的余额为营业额计算缴纳营业税。
根据《北京市规划和国土资源管理委员会 北京市国家税务局 北京市地方税务局 北京市财政局关于土地一级开发项目涉及增值税发票等有关问题的通知》（市规划国土发〔2017〕186号）的规定，政府土地储备机构为主体，政府委托企业实施的土地一级开发项目中，受托企业从政府收取款项并代为支付的行为属于代收转付，不属于增值税征收范围，不开具增值税发票。
目前，仅北京市出台此政策，其他地方未出台相关政策，对于北京外的地区，还需要参考当地税务机关的意见。
3）操作提示
（1）与政府签订拆迁协议时，应明确是代政府支付拆迁补偿的行为。因此，拆迁补偿协议应由政府与原土地使用人签订补偿协议。
（2）拆迁协议中应明确对于代政府支付的拆迁补偿费用和征地费用不能开具增值税发票，只能提供行政事业性收费收据。
（3）作为代收转付的拆迁补偿费用和征地费用不能确认为项目公司的收入，应通过往来科目核算。
4）案例分析
（1）案例描述
某环城道路建设项目PPP合同中约定，本项目的土地征迁、房屋征收安置补偿等工作由政府平台公司负责，项目公司负责筹措并以借款形式提供拆迁资金，作为非建安费用纳入项目决算审计投资额。该项目政府方按照固定利率支付项目公司拆迁资金的投资回报。
（2）案例解析
① 该项目政府方作为拆迁主体，项目公司垫付拆迁资金，拆迁资金计入投资总额，项目公司按照固定利率收取投资回报，属于收取固定收益的方式支付征地拆迁补偿费。
② 建议参照北京市国土发〔2017〕186号文，项目公司与政府方协商拆迁补偿款按照代收转付处理，并在PPP合同中进行明确。
1）现状描述
项目公司作为拆迁主体，一般委托政府的相关机构实施拆迁行为，并签订拆迁协议。项目公司按照与政府相关机构的结算形式不同，通常分为包干或者据实结算两种情形。
2）涉税分析
项目公司作为拆迁主体，土地拆迁补偿费用和征地费用作为投资总额，构成建设成本。但由于征地拆迁的特殊性，委托政府实施拆迁，政府相关机构不能开具增值税发票，征地拆迁费用无法抵扣进项税。
3）操作提示
（1）提出政策诉求，针对项目公司的征地拆迁费用可以计算抵扣进项税或在计算销项税额中扣除。
（2）与政府签订拆迁协议时，明确拆迁补偿标准及支付方式，政府应向项目公司提供支付拆迁补偿的原始凭证，包括但不限于与原土地使用人签订的补偿协议，原土地使用人领取拆迁补偿费的签字凭据等。
（3）在投资预计的拆迁补偿费范围内，尽量与政府签订包干协议，如果采用据实结算的方式，拆迁成本不好控制，可能导致整个项目的成本增加。如果确实无法采用包干形式，应制定征地拆迁结算金额的区间值，尽量控制其在区间值范围内，约定超出区间范围的部分由政府相关机构自行承担。
（4）如果实际拆迁成本超出投资估算的范围确实较大，应就投资额与政府方进行协商，对于增加拆迁成本部分予以补偿。
1）现状描述
PPP项目在征地拆迁执行过程中，委托政府实施拆迁，政府会要求项目公司支付拆迁经费，这部分费用主要作为政府相关机构在拆迁工作中的日常费用支出，政府机关收取该协调费时不提供相关发票。
2）涉税分析
项目公司对于支付给政府相关机构的拆迁工作经费，这部分费用将构成建安成本，如果无法取得增值税发票，未来企业所得税税前扣除时，存在涉税风险。
3）操作提示
建议与政府相关机构协商，能够提供行政事业收费收据。行政事业收费收据属于合规票据，可以在企业所得税税前扣除。
1）现状描述
与平台公司签订拆迁协议，一般采用包干的形式，并且在拆迁协议中明确约定，拆迁款项由项目公司支付给平台公司，与平台公司进行结算。
2）涉税分析
平台公司代项目公司实施征地拆迁行为，项目公司支付一定比例的费用给平台公司。根据业务性质，可以理解为平台公司代理拆迁的行为，平台公司收取的全部价款扣除支付的拆迁和征地费用后的余额，按代理业6%缴纳增值税。平台公司就拆迁和征地费用以外的部分可以开具增值税专用发票。支付的拆迁和征地费用不能开具增值税专用发票，可以开具普通发票。
3）操作提示
（1）建议与平台公司单独签订拆迁协议，就适用代理业按6%缴纳增值税，提前与当地主管税务机关进行沟通，并在协议中明确约定提供发票的类型及适用税率。
（2）针对与主管税务机关沟通的结果，形成会议纪要，规避后期税企纠纷。
（3）项目公司取得平台公司的发票要在有效期内认证留抵，在运营期抵扣进项，并作为成本税前扣除。