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目前，PPP项目前期大多都是政府或其平台公司立项。国家发展改革委关于印发《传统基础设施领域实施政府和社会资本合作项目工作导则》的通知（发改投资〔2016〕2231号）中规定PPP项目法人选择确定后，如与审批、核准、备案时的项目法人不一致，应按照有关规定依法办理项目法人变更手续，由此可见项目前期立项主体是可以变更的。因此，有些政府方可能会针对项目的情况要求项目公司成立后，将立项主体变更到项目公司。
目前，湖北省国税在营改增后，对BT和BOT项目出台了相关明细操作指引。对于BOT项目，湖北省国税政策规定以政府立项的，在交付阶段，项目公司按照“销售无形资产”税目征收增值税；以投融资人立项的，在转让阶段，项目公司按照“销售不动产”税目征收增值税。但此政策仅适用于湖北省内的项目情况，其他省份该如何操作，还需要与当地主管税务机关协商。因此，立项主体可能会对项目公司适用税目和税率产生影响。
（1）社会资本方应与政府方提前沟通项目立项主体问题，如立项主体对项目公司除涉税外并无其他影响，与政府方沟通尽量不变更立项主体，由政府方授权项目公司完成项目建设。
（2）PPP合同签订前，如果政府方要求必须变更立项主体，在合同中约定因变更增加的相关税费由政府方承担。
（3）PPP合同签订后，若政府方要求变更立项主体，应签订补充协议明确增加的相关税费由政府方承担。
符合划拨用地目录的PPP项目，可按划拨方式取得项目用地，但不得改变土地用途。建成的项目经依法批准可以抵押，土地使用权性质不变，待合同经营期满后，连同公共设施一并移交政府；实现抵押权后改变项目性质应该以有偿方式取得土地使用权的，应依法办理土地有偿使用手续。
不符合划拨用地目录的项目，可通过出让方式、租赁方式及作价出资、无偿使用或者入股方式取得土地使用权。
项目用地的不同取得方式适用项目及参考法规见表2-1。
表2-1 不同取得方式的用地适用项目及参考法规一览
续表2-1
常见的PPP项目，如高速公路、城市轻轨、地下铁路线路、市政道路、市政广场等，取得土地的方式为划拨方式，而棚户区改造、商业、旅游开发等PPP项目取得土地的方式一般为出让方式。
目前PPP项目采用土地使用权出租以及国有土地使用权作价出资入股的比较少见。
1）契税
转移土地使用权，以承受土地使用权的单位为契税的纳税人，土地使用权转让，包括出售、赠予和交换，因此项目公司以划拨方式取得土地不用缴纳契税。
先以划拨方式取得土地使用权，后经批准改为出让方式取得该土地使用权的，应依法缴纳契税，其计税依据为应补缴的土地出让金和其他出让费用。
依据《财政部 国家税务总局关于进一步支持企业事业单位改制重组有关契税政策的通知》（财税〔2015〕37号）的规定，对承受县级以上人民政府或国有资产管理部门进行行政性调整、划转国有土地、房屋权属的单位，免征契税。
对于当地政府或其他政府部门因鼓励企业落户减免的土地出让金，企业应当作为承受土地计税依据的组成部分缴纳契税。
2）印花税
划拨方式取得土地使用权所签订的书据不属于印花税列举的应税凭证，不需要缴纳印花税。
1）契税
以招拍挂方式出让国有土地使用权的，纳税人为最终与土地管理部门签订出让合同的土地使用权承受人。
出让国有土地使用权，契税计税价格为承受人为取得该土地使用权而支付的全部经济利益。对通过“招、拍、挂”程序承受国有土地使用权的，应按照土地成交总价款计征契税，其中的土地前期开发成本不得扣除。
2）印花税
对土地使用权出让合同，按产权转移书据，缴纳万分之五的印花税。
1）契税
（1）以协议方式出让的，其契税计税价格为成交价格。成交价格包括土地出让金、土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费、拆迁补偿费、市政建设配套费等承受者应支付的货币、实物、无形资产及其他经济利益。
没有成交价格或者成交价格明显偏低的，征收机关可依次按照下列两种方式确定：
① 评估价格：由政府批准设立的房地产评估机构根据相同地段、同类房地产进行综合评定，并经当地税务机关确认的价格。
② 土地基准地价：由县以上人民政府公示的土地基准地价。
（2）以竞价方式出让的，其契税计税价格，一般应确定为竞价的成交价格，土地出让金、市政建设配套费以及各种补偿费用应包括在内。
（3）对纳税人因改变土地用途而签订土地使用权出让合同变更协议或者重新签订土地使用权出让合同的，应征收契税。计税依据为因改变土地用途应补缴的土地收益金及应补缴政府的其他费用。
2）印花税
对土地使用权出让合同和土地使用权转让合同，按产权转移书据，缴纳万分之五的印花税。
1）契税
以土地、房屋权属作价投资、入股方式转移土地、房屋权属的，视同土地使用权转让征税。
依据《财政部 国家税务总局关于进一步支持企业事业单位改制重组有关契税政策的通知》（财税〔2015〕37号）的相关规定，以出让方式或国家作价出资（入股）方式承受原改制重组企业、事业单位划拨用地的，不属免税范围，对承受方应征收契税。
因此，对以国家作价出资（入股）方式转移国有土地使用权的行为，应视同土地使用权转让，由土地使用权的承受方按规定缴纳契税。
2）印花税
项目公司实收资本增加，“记载资金的账簿”的印花税计税依据为“实收资本”与“资本公积”两项的合计金额。
因此，应按实收资本和资本公积的当年净增加金额，缴纳万分之五的印花税。
项目公司取得土地使用权，税务机关可能认定项目资产移交时，需缴纳增值税、土地增值税。具体分析详见本节“三、项目其他法律事项办理”。
项目公司在征地和项目建设过程中，如果占用耕地，将涉及耕地占用税；使用土地过程中，将涉及土地使用税。以下将对项目征地和建设过程中涉及的耕地占用税、土地使用税进行具体分析。
1）纳税义务人
（1）占用耕地建房或者从事非农业建设的单位或个人，为耕地占用税的纳税人。
（2）经申请批准占用应税土地的，纳税人为农用地转用审批文件中标明的建设用地人；农用地转用审批文件中未标明建设用地人的，纳税人为用地申请人。
（3）未经批准占用应税土地的，纳税人为实际用地人。
（4）城市和村庄、集镇建设用地审批中，按土地利用年度计划分批次批准的农用地转用审批，批准文件中未标明建设用地人且用地申请人为各级人民政府的，由同级土地储备中心履行耕地占用税申报纳税义务。
（5）没有设立土地储备中心的，由国土资源管理部门或政府委托的其他部门履行耕地占用税申报纳税义务。
因此，对于PPP项目的项目公司占用耕地，如果是由项目公司作为用地申请人，则项目公司应作为纳税义务人缴纳耕地占用税。如果是政府作为用地申请人，且批准文件中未标明建设用地人，则项目公司不属于纳税义务人，不用缴纳耕地占用税。
2）纳税义务时间
经批准占用应税土地的，耕地占用税纳税义务发生时间为收到土地管理部门办理占用农用地手续通知的当天；未经批准占用应税土地的，耕地占用税纳税义务发生时间为实际占地的当天。
因此，项目公司应根据土地取得手续或实际占地的时间及时缴纳耕地占用税。
3）适用税额
耕地占用税的税额各地不同，由省、自治区、直辖市人民政府根据本地区情况核定。因此，项目公司占用耕地需要根据项目所在省、市规定的税额计算缴纳耕地占用税。
耕地占用税以纳税人实际占用的应税土地面积（包括经批准占用面积和未经批准占用面积）为计税依据，以平方米为单位，按所占土地当地适用税额计税，实行一次性征收。
耕地占用税计算公式为：
应纳税额=应税土地面积×适用税额
4）减免税优惠
建设学校、幼儿园、养老院、医院占用耕地的免征耕地占用税。
建设铁路线路、公路线路、飞机场跑道、停机坪、港口、航道等占用耕地的项目，耕地占用税减按每平方米2元的税额征收。
（1）减税的铁路线路，具体范围限于铁路路基、桥梁、涵洞、隧道及其按照规定两侧留地。专用铁路和铁路专用线占用应税土地的，按照当地适用税额缴纳耕地占用税。
（2）减税的公路线路，具体范围限于经批准建设的国道、省道、县道、乡道和属于农村公路的村道的主体工程以及两侧边沟或者截水沟。
（3）专用公路和城区内机动车道占用耕地的，按照当地适用税额缴纳耕地占用税。
（4）减税的飞机场跑道、停机坪，具体范围限于经批准建设的民用机场专门用于民用航空器起降、滑行、停放的场所。
（5）减税的港口，具体范围限于经批准建设的港口内供船舶进出、停靠以及旅客上下、货物装卸的场所。
（6）减税的航道，具体范围限于在江、河、湖泊、港湾等水域内供船舶安全航行的通道。
因此，需要注意涉及铁路线路、公路线路、飞机场跑道、停机坪、港口、航道占用耕地的PPP项目，此类PPP项目耕地占用税可以享受减免优惠。
5）临时占用耕地
临时占用耕地，是指因建设项目施工、地质勘查等需要，在一般不超过2年内临时使用耕地并且没有修建永久性建筑物的行为。
纳税人临时占用耕地，应当依照规定缴纳耕地占用税。纳税人在批准临时占用耕地的期限内恢复所占用耕地原状的，全额退还已经缴纳的耕地占用税。超过2年未恢复耕地原状的，已征税款不予退还。
因此，社会资本方作为施工总承包方，在施工过程中临时占用耕地，要按照纳税义务时间申报缴纳耕地占用税。而对于临时耕地满足条件恢复耕地原状的，可以申请全额退还已经缴纳的耕地占用税。
实际执行中，总承包方一般会和当地政府有关部门签订临时占用耕地协议，要求政府有关部门负责复耕，并支付一定复耕费用，总承包方也不缴纳耕地占用税。由于部分地方政府并未履行合同在规定时间内复耕，导致总承包方少缴纳了耕地占用税，存在税务风险。
建议总承包方应按临时用地的规定及时缴纳耕地占用税，并在与当地政府签订的临时用地协议中，明确约定政府复耕时间，根据规定及时向税务机关申请退税。如果政府不履行协议规定，导致耕地占用税无法返还，形成的损失由政府承担或补偿。
在城市、县城、建制镇、工矿区范围内使用土地的单位和个人，为城镇土地使用税的纳税义务人，因此在土地使用税规定范围内的建设用地，需要缴纳土地使用税。
1）纳税义务人
对于出让及投资入股方式取得建设用地的PPP项目，项目公司合法拥有土地的使用权，其作为纳税义务人应按照规定申报缴纳土地使用税。
因此，项目公司作为建设单位，属于土地使用税的纳税义务人，无论是否取得土地使用证，都应按照税收相关规定申报纳税。
2）纳税义务发生时间
（1）以出让或转让方式有偿取得土地使用权的，应由受让方从合同约定交付土地时间的次月起缴纳城镇土地使用税。
（2）合同未约定交付土地时间的，由受让方从合同签订的次月起缴纳城镇土地使用税。
（3）对于有偿取得土地使用权的，通常为先签订合同后交付土地，企业在签订合同时应注意以下问题：
① 在土地出让、转让合同中应明确土地实际交付使用的时间，避免在合同签订但土地尚未交付使用时产生纳税义务。
② 对于分期取得土地使用权的情况，应在出让或转让合同中注明每期土地的交付时间，避免后期取得的土地也从第一期土地交付时产生纳税义务。
3）适用税额
土地使用税的税额各地不同，省、自治区、直辖市人民政府，应当根据市政建设状况、经济繁荣程度等条件，确定所辖地区的适用税额幅度。因此，项目公司使用土地需要根据项目所在省、市规定的税额计算缴纳土地使用税。
土地使用税以纳税人实际占用的土地面积为计税依据，以平方米为单位，按所占土地当地适用税额标准，在使用期间征收。
土地使用税计算公式为：
应纳税额=应税土地面积×适用税额
4）免缴土地使用税
（1）能源、交通、水利设施用地和其他用地。
《中华人民共和国城镇土地使用税暂行条例》（国务院令第17号）规定，财政部另行规定免税的能源、交通、水利设施用地和其他用地，可以免征土地使用税。
（2）安置住房建设用地。
依据《财政部 国家税务总局关于棚户区改造有关税收政策的通知》（财税〔2013〕101号）的相关规定，对改造安置住房建设用地免征城镇土地使用税。
（3）廉租住房、经济适用住房用地。
依据《财政部 国家税务总局关于促进公共租赁住房发展有关税收优惠政策的通知》（财税〔2014〕52号）的相关规定，对廉租住房、经济适用住房建设用地以及廉租住房经营管理单位按照政府规定价格、向规定保障对象出租的廉租住房用地，免征城镇土地使用税。
某管廊项目建设期2年，运营期13年。PPP合同约定以无偿划拨方式取得项目所需土地的土地使用权，土地面积55万平方米且均为城镇范围的土地。此外，总承包方在该项目建设期需临时占用耕地5万平方米，并与当地政府签订临时占用耕地协议，约定支付政府复耕费，由政府有关部门负责复耕，并向土地管理部门办理占用农用地手续。项目建设完成后，政府有关部门并未按照协议复耕。
1）临时占用耕地
在施工过程中临时占用耕地，需按照纳税义务时间申报缴纳耕地占用税。而对于临时耕地满足条件恢复耕地原状的，可以申请全额退还已经缴纳的耕地占用税。
该项目中项目公司与当地政府签订临时占用耕地协议，约定支付政府复耕费，由政府有关部门负责复耕。但此项协议并不能消除项目公司占用耕地的纳税义务，项目公司需在收到土地管理部门办理占用农用地手续通知时申报缴纳耕地占用税，但由于本项目政府有关部门并未按照协议复耕，项目公司缴纳的耕地占用税将不能退回。
2）契税
项目公司以划拨方式取得土地不用缴纳契税。
3）印花税
划拨形式取得土地使用权所签订的书据不属于印花税列举的应税凭证，不需要缴纳印花税。
4）土地使用税
该项目用地属于城镇范围内土地，且管廊项目不属于免缴土地使用税的项目，所以，项目公司应作为建设单位，应当在无偿划拨合同约定交付土地时间的次月起缴纳城镇土地使用税。
项目其他法律手续办理是指项目所需的土地使用权证、建设工程规划许可证、建设用地规划许可证、建设工程施工许可证（上述四种证照简称“四证”）是否办理在项目公司名下。目前，多数PPP项目的建设工程施工许可证办理在项目公司名下，建设工程规划许可证、建设用地规划许可证政府方也要求办理在项目公司名下。
项目公司为项目的建设单位，依据我国《建筑法》规定，在建筑工程开工前，建设单位应当按照国家有关规定向工程所在地县级以上人民政府建设行政主管部门申请领取施工许可证，所以建设工程施工许可证需要办理在项目公司名下。
如果将土地使用权证、建设工程规划许可证、建设用地规划许可证均办理在项目公司名下，税务机关可能会认定项目资产所有权属于项目公司，在资产移交时，则会认定需要按照“销售不动产”税目计算缴纳增值税、土地增值税。
（1）社会资本方应与政府方提前沟通项目法律手续办理的问题，如果项目权利、证照办理在政府方对项目公司无其他影响，与政府方沟通尽量由政府方办理相关手续。
（2）PPP合同签订前，如果政府方要求必须由项目公司办理相关权利、证照的，在合同中约定增加的相关税费由政府方承担。
（3）PPP合同签订后，如果政府方要求项目公司办理相关权利、证照的，应签订补充协议明确增加的相关税费由政府方承担。