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朱棣占领了南京，登上了皇位，但等待他处理的问题非常多，甚至更加凶险。
洪武三十五年（1402），随着靖难战事的收官，朱棣对拒不归降的文臣武将进行了屠杀。这一年是壬午年，于是这个惨痛的事件，被后世称为“壬午之难”。
“壬午之难”被史学家视为朱棣一生中的最大败笔，也是后世将他归结于一代暴君的典型案例。但事实真的这么简单吗？
朱棣靖难的理由，就是铲除齐泰、黄子澄等所谓的奸臣，要是他放过了这些人，一个都不杀，岂不是让靖难之役失去了他口中的合法性，让天下人无法认同？在诛杀反对派这一点上，朱棣与朱元璋确实有相同的一面，而且，朱棣似乎还有轻微的多重人格障碍。
所以，齐泰、黄子澄一定要杀，还要让他们死得很惨。在这时候，朱棣确实不能表现得过于大度，但是，这也只限于他最痛恨的几个人而已。
杀掉少数几个，是为了保住更多的人，是敲山震虎，让建文朝旧臣尽快认清形势，不做无谓的挣扎和牺牲。
在建文核心团队中，齐泰，因为计谋有效，手段强硬，思想顽固，理所当然地被朱棣列入了必杀名单，且高居榜首。
齐泰当时正在广德（今属安徽省宣城市）筹集军马，还想打回南京去救建文帝。但一夜之间，大街小巷都贴满了缉拿他的公文。为了躲避追捕，齐泰把自己的坐骑——一匹白马用墨汁染成黑色，趁乱拼命逃跑。
但人算不如天算，马饿了要吃草，累了也要出汗。由于汗流得太多，差不多相当于洗了个澡，把身上的墨汁全给洗掉了！
今天的一些人为自己名气太小而苦恼，但名气大就一定是好事吗？齐泰的名气使他当街就被人认了出来，那人高喊：“这不是齐尚书的马吗？”就这样，可怜的齐泰被抓获。
不久之后，齐泰就被作为战利品押到南京，送到了朱棣面前。
江湖传言，朱棣对齐泰非常痛恨，知道这家伙心眼儿多，麻烦更多，便没有走公开审判的形式，直接让手下拉出去凌迟，把他身上的肉一片片地削下来。齐泰被削了三千多刀，血流尽了才死，场面十分恐怖。让人佩服的是，在整个行刑的过程中，齐泰始终表现得特别坚定，始终骂不绝口，而齐泰的亲属，当然都被满门抄斩了。
从一贯表现来看，黄子澄根本不能算是朱棣的敌人，反而可以说是四皇叔的“盟友”，甚至是最可靠的“战略伙伴”。齐泰要把朱棣三子扣为人质，他说通通放走以免燕王起疑心；齐泰要先削燕藩，他要先枝后干；齐泰坚决反对以李景隆为统帅，这却是他提出的……可以说，黄子澄为朱棣的靖难成功立下了很大功劳，他的突出贡献无人可替。
朱棣怎么对待他的“恩公”呢？当黄子澄在嘉兴被捕，扭送到朱棣面前时，还算挺有骨气，一口一个“殿下”，可把朱棣气坏了。黄子澄还预言：“殿下向来悖谬，不可为训，恐子孙有效尤而起无足怪者。”（你的后代也要自相残杀啊。）
朱棣将他的一家老小六十五人和宗族姻亲三百八十人全带过来，要他交代罪行，他于是就写下了：“本为先帝文臣，不职谏削藩权不早，以成此凶残，后嗣慎不足法！”
朱棣勃然大怒，命人先砍去黄子澄的双手，再砍了他的双脚，随后又一刀刀地将其磔杀。这还不算完，又将其直系亲属满门抄斩，姻亲发配到边疆服苦役。
当然，对于方孝孺这样的文坛领袖，朱棣是不想杀的。让方孝孺活着，比让他死对未来的统治更有利，而且，道衍已经跪下求过皇帝。但结果呢，我们大家都知道了。
当时的情况，很可能是这个样子的：
当朱棣决定要正式继位时，需要找人写登基诏书。他希望由方孝孺这样的文坛领袖来执笔，以显示新君的皇恩浩荡，人尽其才。
但是，当亲兵把方孝孺请到龙江大帐时，方孝孺却一点儿都不配合。
他一进来就号啕大哭，见了朱棣，既不打招呼，更不行臣子之礼，就当这个准皇帝是透明人。
朱棣居然从座位上很有风度地站起来，还试图安慰极度悲痛的方孝孺：“先生不要太难过了，本王不过是效法周公，辅佐成王治理国家。”
方孝孺可不给他面子：“成王在哪里？”
“成王已死，过两天我就要以皇帝之礼厚葬。”
“何不立成王之子？”（朱允炆长子文奎在城破后失踪，二子文圭被燕军俘获。）
“这个国家需要长君。”（朱允炆之子年幼。）
“何不立成王之弟？”（朱允炆的三弟允熥，四弟允熞，五弟允熙均在世。）
“这是我们的家事。”
朱棣传令，把纸笔准备好放在方孝孺跟前，诏书写了，他就能活下来；不写，就让他从人世间消失！
方孝孺倒是听话，还真提起笔写开了，写得很慢很认真，直到他扔掉了手中的笔，长出一口气，看来是大功告成了。士兵把纸张拿给准皇帝。朱棣微笑地接在手中看了起来，不过看着看着，他的脸色就如石蕊试纸一般变了颜色。
突然，朱棣猛地站了起来，飞起一脚，把桌子踢翻了，笔墨纸砚撒了一地。
原来，这哪儿是继位诏书啊，直接把新皇帝朱棣不加掩饰地狠狠咒骂了一通，说他大逆不道，是乱臣贼子，天人共愤，注定要遗臭万年。
这不太欺负人了吗？
“方孝孺，你不怕灭九族吗？”
羞辱朱棣的目标已经达到，方孝孺知道自己可以心安理得地去死了。不过这时，据说他情绪失控，说出了一句给子孙后代带来惨重代价的话：
“诛我十族，能奈我何！”
结果，朱棣除了处决方孝孺传统意义的九族之外，还将他的弟子友人杀了个精光，共有八百七十三人被处死。
至于方孝孺本人，最终难逃凌迟于闹市的结局，时为六月二十五日。方先生慷慨赴死，并写下绝笔词：“天将乱离兮孰知其由？奸臣得计兮谋国用犹，忠臣发愤兮血泪交流。以此殉君兮抑又何求！呜呼哀哉兮，庶不我尤！”
此时，曾经不惜下跪行礼、请求朱棣放过他的道衍，自身的处境也十分尴尬。
以现代人眼光看，朱棣与朱允炆都是朱元璋的直系亲属，谁来做皇帝，可以说是他们的家务事。真的有必要以死相拼，甚至连累八百多个亲人吗？
方孝孺坚持的所谓大义，却让八百多条无辜的生命做了陪葬。
方孝孺的品格让人尊敬，但做法却并不值得欣赏。他的忠心能够感动天地，但似乎又显得相当死板。他的死对历史进步有多大价值呢？为什么要连累那么多人一起受刑呢？从一定意义上说，这样的成本太高了。但这就是当时文人所坚持的大义。
方孝孺死了，曾与他相约自杀的景清并没有死，反而担任了永乐朝的御史大夫。
朱允炆当政时，景清以左都御史改北平参议，负责侦察燕王动态。为了迷惑朱棣，景清和他做了朋友，两人一块喝了几次酒，谈得也很投机，但不知道什么原因，景清很快被调回南京，未能阻止朱棣靖难。
不过，就在建文四年（1402）八月的一天，散朝之后，朱棣步出大殿，景清却莫名其妙地跟在后面。
转瞬间，他恶狠狠地朝皇上冲了过来。好在侍卫不是吃素的，轻松地制伏了这个书呆子，并当场缴获了一把雪亮的匕首。
朱棣走下台阶，来到未能得逞的景清面前，微微一笑：“我平日对爱卿不薄，何必如此呢？”
“我要为先帝报仇！朱棣你大逆不道，一定会遭到报应的！”景清咬牙切齿，狠狠地盯着昔日的老朋友，今天的皇帝。
朱棣火了，下令打掉景清的牙齿，想让他老实一下，但景清在龇牙咧嘴之余，居然还积蓄能量，完成了一个高难度动作。虽说危害不大，但性质相当恶劣。朱棣大怒：“来人，把这个逆臣拖出去，剥皮实草！”
原来，景清用尽浑身的力气，将口中被敲掉的牙和鲜血一起，猛地吐向朱棣，好好的龙袍被搞了个乱七八糟，在场的文武官员都惊呆了。
晚上，朱棣突然从梦中惊醒，发出了一声惨叫，把守在不远处的卫士可吓坏了。原来，皇上梦到景清提着宝剑追杀自己，砍得龙袍上到处是血。朱棣醒来，大受刺激，下令将景清灭三族。这还不算完，他又让人下去调查，凡是景清的朋友，一律顺藤摸瓜给揪出来。把与景清相关的乡亲与邻居全部处死，致使整个村子变为废墟。
这就是历史上有名的“瓜蔓抄”。
在济南城下羞辱了朱棣的铁铉，于淮南被燕军俘虏，十月被押送到了南京。朱棣亲自审问这个给自己带来了诸多麻烦的人。铁铉居然背对朱棣坐在地下，很不配合，并且谩骂不止。
坊间传说，朱棣当时就从铁铉身上割下一块肉，让下人认真烹饪做熟，并亲自送到铁铉嘴里，问：“味道如何啊？”铁铉大口吞下，回应道：“忠臣孝子的肉，鲜美无比！”
朱棣讨了个没趣，遂命人先割掉其耳鼻，随后碎其身体，磔杀于闹市，让其他人体会一下跟皇帝作对的下场。为进一步警示后人，朱棣把铁铉八十岁的双亲发配海南，儿子福安发配到河池编伍，并把其妻杨氏和两个女儿送到教坊司，充为官妓。
那个建议将朱棣改封南昌的户部侍郎卓敬，可以说心思缜密，比齐黄二将靠谱多了。当他被押到皇帝面前时，朱棣指责道：“你之前劝建文裁抑诸王，现在还想不想给我当臣子了？”卓敬毫不尊敬新皇，冷冷地说：“先帝要是真听了我的建议，你就坐不到这个位子了。”
朱棣被戳到痛处，虽然动了杀心，但珍惜此人的才华，就把他关进大牢，并派人用管仲、魏徵“弃暗投明”的事情相劝。卓敬流着泪说：“身为人臣，只有以死相报。先皇曾无过失，却一天之间被横行篡夺。我恨不得马上死去，见到先皇。你还想让我当臣子？”
朱棣爱才心切，就是不舍得杀。姚广孝不希望皇上养虎为患，就大声提醒道：“建文要真听了卓敬的建议，你就坐不到这个位子了！”
一语惊醒梦中人，朱棣马上决定杀死卓敬，并灭其三族。卓敬临刑时毫不慌乱，平静地说：“变起宗亲，我没能做什么筹划，死有余辜。”朱棣令抄其家，只抄出了书数卷，不免既后悔又惋惜，说道：“国家养士三十余年，能不辜负其君主的，我只碰到了卓敬这么一个！”
礼部尚书陈迪在奸臣榜上高居第三，并且排在方孝孺前面，当然是一定要杀的。朱棣把他和凤山、丹山等六个儿子同时处以凌迟之刑。
用非常规手段终结一个旧体制、建立一个新政权之后，对前朝的“不法分子”进行清洗，是中国历史的一个惯例。“二十一史”（朱棣时代就这么多）和《资治通鉴》中，记录了大量惨案。相比前人，朱棣也不能免俗，而且也有情绪宣泄的味道，就这一点来说，史官再怎么洗也洗不白。
朱棣并不是一个杀人如麻的暴君，在战场上，他从来不杀俘虏，甚至将不愿意投降的俘虏放回，让他们重新加入官军，重新投入北伐，重新举着兵器和自己作对。对于逆臣榜上的大多数人，朱棣事实上都宽恕了，很多人不但能继续当官，还能不断升官。
但方孝孺的“诛十族”和“瓜蔓抄”事件，却让朱棣的形象大大受损，并受到后世文人猛烈的攻击。但这两件事的历史真实性，其实是要打一个大大的问号的。
平心而论，朱棣并不算特别残暴。比起父亲朱元璋，以及中国历史上很多皇帝，他已经显得相当温和了。朱元璋上台之后大杀功臣，连持有“免死金牌”的李善长都被满门抄斩；而朱棣身边的文官武将，没有一个在他登基后遭到清算。
但是，这不等于说，所有人以后都平安无事了。朱棣明白，身为一国之君，很多想做的事情，并不需要他亲自出马。