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找准穴位，是耳穴治疗的前提。那怎样才能算是找准穴位呢？机械地按照耳穴的解剖部位刺激耳穴，不能算是找准穴位。只有在耳穴的区域内找到敏感点，对该点进行刺激，才算是找准穴位。
在相应部位取穴，是根据人体病情选取与机体疾病相对应的耳穴。当机体某个器官、脏腑、肢体患病时，在耳郭与机体相对应的穴位点，出现阳性反应，如低电阻、低痛阈、变色、变形、丘疹、脱屑、血管充盈以及组织发生化学变化等。综合分析患者病情，通过刺激相对应的部位即可治疗临床相应疾病或起到保健作用。如胃痛取胃穴，泄泻取大肠穴、小肠穴，膝关节病取膝穴，偏头痛取颞穴，前头痛取额穴，腰椎病变选腰骶椎穴等。
另外，根据病变部位在耳郭相应穴区附近出现的反应点（压痛、变形、丘疹、脱屑等）取穴，也属此类取穴法。如肩周炎除了按相应部位取肩关节穴外，若肩穴或锁骨穴区出现阳性反应点，亦可取相应的肩穴或锁骨穴。在相应部位取穴是耳穴治疗的原则之一。
脏腑辨证取穴是根据各脏腑的生理功能和病理表现进行辨证取穴。脏腑辨证是耳穴治疗的特点，是中医辨证施治的核心。如脱发，藏象学说认为，“肾其华在发”，故取肾穴来治疗；皮肤病，藏象学说认为“肺主皮毛”，故取肺穴来治疗；痤疮，中医认为是肺胃郁热上熏于面部引起，患者多伴有阳明经热证，大便秘结，因此根据肺主皮毛、肺与大肠相表里的经络学说为依据，治疗痤疮时取肺穴、大肠穴为主穴来治疗。
中医理论取穴除根据脏腑辨证学说取穴外，还要根据经络学说取穴，即循经取穴和按经络病候取穴。
循经取穴是根据经络循行部位取穴，如坐骨神经痛，其经络循行部位属足太阳膀胱经，故可取膀胱穴来治疗；又如偏头痛，其病处属足少阳胆经循行部位，故取胰胆穴来治疗。
按经络病候取穴是根据经络“是动则病
”的病候来取耳穴。如齿痛，手阳明大肠经是动则病为齿痛，故齿痛取大肠穴；手少阴心经是主“心”所生病，如目黄、胁痛、臂内后廉痛、掌中热痛等，因此如见上述症状可取“心”穴治疗。
每个耳穴都各有主治特点和功效，因此，在选穴组方时还要根据穴位的临床功能处方选穴。如神门穴是镇静止痛的要穴，故凡治疗疼痛性疾病、失眠、神经官能症、更年期综合征、竞技综合征、戒断综合征常取神门穴；枕穴是镇静止晕的要穴，对于头晕、头昏、晕车、晕船等有较好的疗效，故可取之；风溪穴有祛风止痒、抗过敏之功效，故凡皮肤瘙痒、荨麻疹、过敏性疾患常取之；耳尖穴、屏尖穴均有退热之功效，故发热时常取此两穴治疗。
许多耳穴的定位是以现代医学理论为基础，所以耳穴中许多穴名是以现代医学名称命名的，如肾上腺穴、内分泌穴、交感穴、皮质下穴等，这些穴位的功能是与现代医学理论相一致的。因此，在取穴时可结合现代医学理论选取耳穴。
如肾上腺穴具有调节肾上腺和皮质激素的功能，肾上腺所分泌的激素有抗过敏、抗炎、抗风湿的作用，故有过敏性疾患、炎性疾病、风湿病时，均可取肾上腺穴治疗。糖尿病是因胰岛素分泌缺陷或其生物作用受损而引起的一种以高血糖为特征的代谢性疾病，故糖尿病可选择胰胆穴、内分泌穴治疗。甲状腺功能亢进或减退、肥胖症、更年期综合征、高泌乳素血症、性激素失调等，也可取内分泌穴治疗。耳穴三焦是迷走神经、舌咽神经、面神经混合之所在，故刺激耳穴三焦可以治疗面瘫、面肌痉挛、面痛等头面部疾病。
在临床实践中，医务人员积累了一定的经验，对某些病症有良效，如耳尖放血可治疗高血压、发热、睑腺炎（麦粒肿），灸耳尖可治疗腮腺炎、睑腺炎，腰腿痛取外生殖器穴，甲状腺疾患取内分泌穴，白内障、青光眼取枕穴，过敏取耳背沟穴，阳痿取神门穴，口疮取心穴、脾穴，胆石症取胰胆穴。
交感神经的作用主要以扩张血管为主，因此，治疗血栓性脉管炎、雷诺病等血管闭塞性疾病时可选交感穴，但对于出血性疾病，如消化性溃疡、白血病、痔疮出血等有出血倾向者则禁用交感穴。