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目前尚没有一种完全有效的办法可以治愈所有类型的甲状腺功能亢进症。目前较为常用的治疗方法有抗甲状腺药物治疗、手术治疗、同位素（即放射性 131 I）治疗：
适应范围广，无论大人小孩，男性还是女性，轻症或者重症甲状腺功能亢进症，首次发病还是甲状腺功能亢进症复发，孕妇或哺乳女性甲状腺功能亢进症都可以用药物治疗。抗甲状腺药物有两种——咪唑类和硫氧嘧啶类，代表药物分别为甲巯咪唑（又称他巴唑）和丙基硫氧嘧啶（又称丙嘧）。药物治疗适合甲状腺功能亢进症孕妇、儿童、甲状腺轻度肿大的患者，治疗一般需要1～2年，治疗中需要根据甲状腺功能情况增减药物剂量。药物治疗有一些副作用，包括粒细胞减少、药物过敏、肝功能受损、关节疼痛和血管炎。药物治疗初期需要严密监测药物的副作用，尤其是粒细胞缺乏，需要告诫患者一旦出现发热或咽痛，需要立即检查，如出现粒细胞缺乏，立即停药急诊。药物治疗另一个缺点是停药后复发率高，停药后复发率大约在50%。
适合那些甲状腺肿大显著，或高度怀疑甲状腺恶性肿瘤的，或甲状腺肿大有压迫气管引起呼吸困难者。手术前需要用药物将甲状腺功能控制在正常范围，术前还需要口服复方碘溶液做术前准备。
适合甲状腺中度肿大或甲状腺功能亢进症复发的患者，医生根据患者甲状腺对放射碘的摄取率，计算每个患者需要的放射剂量。由于放射碘有一个延迟作用，甲状腺功能减退症发生率每年下降3%～5%。放射碘治疗不适合有甲状腺眼病的甲状腺功能亢进症患者，因为治疗后眼病可能会加剧。放射碘对孕妇和哺乳妇女是绝对禁忌证。
在患者充分配合下，可以根据病情选择最合适的治疗方案。主要依据有：
年龄：儿童、青少年患者，一般主要采用抗甲状腺药物治疗以避免对甲状腺功能造成不可逆转地破坏，但疗程比成年患者要长。老年患者也多采用抗甲状腺药物治疗较为安全，也可首选更为简单有效的放射性 131 I治疗。
性别：女性患者要考虑育龄期对生育功能影响，未生育过的育龄期妇女，即使年龄略大也不宜首选放射性 131 I治疗。而男性患者，尤其有家族史者，症状较难控制且易复发时，可首选放射性 131 I治疗。
甲状腺大小：甲状腺肿大明显并伴压迫症状者，首选手术治疗；无甲状腺肿大或甲状腺肿大较小者，宜尽量采用药物治疗。
药物敏感性：对口服药物过敏，或其他原因致无法坚持继续服药；或长期正规服药，病情仍不能控制者，根据具体病情可采取放射性 131 I或手术治疗。
合并恶性突眼：甲亢患者合并恶性突眼症坚持长期药物治疗通常较为安全，也可以在先处理眼病后再采用放射性 131 I或手术治疗。
合并甲状腺功能亢进性心脏病：短期可先使用抗甲状腺药物治疗，待控制甲状腺功能亢进症状后再采用放射性 131 I治疗；对老年甲状腺功能亢进心脏病患者或甲状腺功能亢进症病情严重的患者也可首选放射性 131 I治疗，同时辅以抗甲状腺药物治疗等。
治疗疗程：初发患者可以先用药物正规治疗1个疗程，1.5~2年；复发者根据年龄等因素可考虑选用放射性 131 I或手术治疗。
合并周期性麻痹：可以首选放射性 131 I或抗甲状腺药物治疗。
甲状腺抗体水平：甲状腺球蛋白抗体及过氧化物酶抗体属于甲状腺破坏性抗体，如患者出现二者的滴度持续升高时，不宜行放射性 131 I治疗；因易引起永久性甲状腺功能减退症，手术治疗也应慎重选择。通常采用小剂量的抗甲状腺药物治疗，但该治疗方法疗程可能更长，甚至需要长期小剂量维持治疗。
总之，甲状腺功能亢进症治疗方法的选择要在充分考虑患者的病情特点、自身情况及意愿的前提下，尽量使用对患者安全、有效且性价比更高的治疗方案。这需要医患双方充分讨论和商定，而医生的治疗经验及患者的依从性往往也是决定治疗成败的重要因素。