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如前述，55厘米以上的黄鳝基本上为雄性；22厘米以下的黄鳝全为雌性。除了根据体长来鉴定黄鳝的性别外，还可依据其他特征，进行雌雄鉴别。一般雌性黄鳝个体温顺。其头部细小不隆起，体背青褐色，无色斑，或微显3条平行褐色素斑。体侧颜色向腹部逐渐变浅，褐色斑点色素细密且分布均匀，腹部浅黄色或淡青色。雌性腹壁较薄；在繁殖季节，手握雌鳝，可看到肛门前端膨胀，稍显透明，现出腹腔内一条长7~10厘米的橘红色或黄色的卵巢。同时，可显现卵巢前端紫色脾脏，这是鉴别雌性黄鳝的主要特征。雄性黄鳝则喜蹦跳，且挣扎有力。其头部稍大而隆起，体背部一般由褐色斑点组成3条平行带，体两侧沿中线分别有一行色素带，其余色素斑点均匀分布如豹皮状。其腹部老黄色，较大个体呈橘红色。其腹壁较厚，不透明。手握雄鳝，腹向上，膨胀不明显，不显现腹腔内任何组织。