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黄鳝喜栖于腐殖质多的水底淤泥中，在水质偏酸性的环境中也能很好生活。常钻入泥底或田堤、堤岸和水边乱石缝孔隙内营穴居生活。黄鳝一般选择软硬适当的泥土钻洞，也在石块周围、树根底下打洞。在稻田中，黄鳝大多沿田埂作穴，栖息在稻田中央的很少；池塘里的黄鳝也多在浅水区活动。因而池塘浅水高密度放养单产很高。在人工养殖时，黄鳝善逃，尤其是缺乏食物时，或者在雨天，或者在水质恶化时，最易逃跑。逃跑时头向上，沿浅水处游动，整个身体窜出，或者尾巴向上，勾住池塘壁沿，借力跃出。如果有孔洞则更容易逃走。严重时可逃得不剩一尾。因此，养殖黄鳝要重视防逃。
黄鳝洞穴常是由其头部穿穴钻成。穿穴钻洞时其动作相当敏捷，很快就可钻入土中。洞穴圆形，洞长为其体长的2.45~3.65倍。洞穴约离地面30厘米。洞穴孔道弯曲而又多分叉，每个洞穴至少有2个出口，2个出口一般相距60~100厘米，长的可达200厘米。其中一个洞口在水中，供寻觅食物或作为临时退路；另一个洞口通常留在近水面10~30厘米处，以便呼吸空气和逃避敌害。在水位变化大的水域中，多的有5个洞口。捕鳝时只要堵住一个洞口后，在另一个洞口守株待鳝，常可一举而获。
黄鳝营洞穴栖息的特征并非是其生存的必然条件，而是为了达到种的延续目的，是经过长期自然选择形成的结果，其意义在于逃避敌害和避免高温严寒的侵袭。由于黄鳝生活于浅水层是其生存的必要条件，但栖息这一水层却极易受到禽鸟的袭击，并且该水层温度变化剧烈，因此黄鳝营洞穴栖息是唯一有利于生存的途径。在人工养殖中，如能有效解决这一冲突，则黄鳝放弃洞穴对其生存栖息和摄食生长并无不利影响，采用网箱、水泥池无土养殖获得成功就很好地说明了这一点。