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黄鳝为底栖生活鱼类，适应力强，在各种淡水水域几乎都能生存。湖汊、稻田、塘堰、沟渠、池沼、水库等静水水域中数量较多；水流较缓的溪流、江河缓流处亦有。黄鳝自然栖息层的水深一般不会超过20厘米，这一特点源于其呼吸机能和身体结构。当黄鳝在摄食、运动和气温较高时，必须以呼吸空气的氧气为主，而其体内却没有与其他鱼类的膘功能一样器官。因此，一旦水位过深，黄鳝必须靠消耗体力游到水表层呼吸，这显然不利于黄鳝的栖息。所以黄鳝一般栖息于水位较浅的区域。在水深区域，如果有密集的水生植物漂浮生长，则同样可供黄鳝栖息。