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黄鳝的消化系统由食道、胃、肠道和肝脏、胆囊、胰脏组成。食道位于口咽腔后面，食道后为胃，胃后肠道，肠道开口处为肛门。作为主要消化器官的肠道，无盘曲，中间有一结节将肠道分为前肠和后肠。前肠柔韧性强，可充分扩张。这一结构与肉食性鱼类的肠道类似。肝脏较长，自心脏处延至肠中部，胆囊位于肝末梢及肾脏之前端。黄鳝的食道、胃、肠道为直管状，无盘曲，直通肛门，长度为体长的62%~67%，完全是肉食性鱼类肠道结构和表征。其消化特点是：对植物蛋白和纤维素几乎完全不能消化，对动物蛋白、淀粉和脂肪能有效消化，因此任何使用植物性饲料饲养黄鳝的企图都是对黄鳝消化机能缺乏了解的表现。但适度添加植物性饲料可促进肠道的蠕动，提升摄食强度。
黄鳝呼吸系统很特别，无鳔，与通常的淡水四大家鱼相比，黄鳝的鳃孔较小，左右鳃孔在头部腹面下颌后相连，呈“V”形，它有3对鳃，但整体上已经退化，无鳃耙，鳃丝短，呈羽毛状，共21~25条。因为鳃已经发生严重退化，黄鳝在进化中，已能用口腔直接进行呼吸，并具有一些辅助呼吸器官。口腔和喉腔内壁表层组织黏膜上分布着丰富的毛细血管网，通过前后鼻孔及口腔可直接呼吸空气，以弥补鳃呼吸的不足。它的肠道和侧线具有辅助呼吸功能，在冬眠期间和环境异常恶劣时承担一些微量的呼吸。当发生水质恶化、混浊和外界惊扰时，黄鳝会将头伸出水面，用鼻孔和口腔直接呼吸空气中的氧来解决机体对氧的需要。黄鳝的呼吸特性决定了它不适应在较深水体生活。在人工养殖中，必须依靠一些水生挺水植物或漂浮植物支撑鳝体用，以解决其对环境的适应问题。
黄鳝特殊的生殖系统是指其具有“性逆转”特性。性逆转是指同一条鳝，在前期为雌性，后期转化为雄性。它的生殖腺仅有一个，位于腹腔稍偏右侧，长度为肠长的2/5左右，并与直肠并入泄殖孔。生殖腺在早期向雌性化方面分化，性成熟产过一次卵后，即向雄性方面发展。一般情况是体长在24厘米以下的个体均为雌性；24~30厘米的个体雌性仍占90%以上；30~36厘米的个体雌性占60%左右；36~38厘米的个体雌性占50%左右；38~42厘米的个体雄性占90%左右；42厘米以上个体几乎100%为雄性。
黄鳝体表无鳞，但能分泌大量黏液包裹全身。黏液的分泌一方面具有代谢功能，可将体内的氨、尿酸等排出体外，同时更具有保护功能，可有效防止有害病菌的侵入，其作用机理在于，黏液内含有大量的溶菌酶，所以一般黄鳝对细菌性传染病具有极强的抵抗力。但溶菌酶只有依附于黄鳝体表，才具有活性，脱离机体，其活性很快消失，同时溶菌酶的活性还与机体的健康状况有关，当黄鳝体质衰竭，溶菌酶的活性也随之下降。另外，体表的湿度对皮肤正常的黏液分泌和溶菌酶的产生极为重要、皮肤干燥会导致腺细胞的坏死。而酸、碱、氨、硫化氢等有害物质或高温和高密度引起的发烧都会直接损伤皮肤黏液的屏障功能。一旦黄鳝体表的保护层被破坏，有害病菌就会迅速侵入机体。如果创伤较小，由于黄鳝抵抗力较强，此时进行药物治疗则具有一定的疗效。但创面较大，则有害病菌会迅速传染到局部或整个全身。