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黄鳝养殖的利润很高，为了在短期内获得较高的回报，许多养殖户不顾规模养殖内在规律的约束，在没有掌握过硬的养殖技术和种质资源有保障的情况下，强行盲目扩大规模，最终导致血本无归，影响了黄鳝养殖业的健康发展。如为了获得相应数量的苗种和饲料，对黄鳝苗种的引进、黄鳝动物性饲料的来源等环节把关不严，其结果通常是购进苗种质量良莠不齐，规格参差不齐，放养后的成活率低下；饲料质量差，供应也得不到保障，种鳝营养欠缺，经常发病，影响了健康发育。还有其他生产环节技术不过关，也会影响黄鳝的生产。
种苗是生产的基础。黄鳝的怀卵量相对较少，人工繁殖技术尚未成熟，规模化人工繁殖受到制约。养殖者所购得的黄鳝苗种基本上是来自野外捕捞，苗种生产仍然是制约黄鳝养殖业发展的重要因素。另外，鳝苗大量捕获的时期正值高温季节，暂养与运输不当，也会造成黄鳝在下池后大量死亡。因此，鳝种的质量在很大程度上由捕捞、暂养和运输方法所决定。由市场上收集而来的成鳝作为种鳝，则很难保证黄鳝苗种的质量。
产生以上问题的根源在于资金缺少、养殖面积受限制等因素。黄鳝生长期主要是在夏秋两季，冬天基本停止生长，春天后期生长缓慢，这样就导致养殖黄鳝在秋末大部分集中上市，影响了市场价格，从而影响了黄鳝养殖的经济效益。同样，上市规格小也影响黄鳝的销售价格，国际国内市场均是如此，例如美国市场对我国黄鳝、泥鳅等名优水产品的需求供不应求，市场潜力很大，但要求出口的黄鳝规格要大，一般为150克/尾以上。要解决这个问题也不难，提高上市规格，捕大留小，适当降低黄鳝的放养密度，适当加大食物投喂量，提高其生长速度，从而提高上市个体规格。
黄鳝在野生环境下摄食习性为昼伏夜出、偏肉食性、喜吃天然鲜活饵料。人工养殖黄鳝时，如果不能让黄鳝改变摄食习性，则对养殖的效果、人工饲料的利用率产生较大的负面影响。通过驯食，一是要解决黄鳝偏食活饵料的问题。黄鳝是肉食性动物，若投喂单一的动物性饲料，会对其他饲料产生厌食。如果在饲养的初期做好驯食工作，使黄鳝摄食人工配合饲料，在今后的养殖过程中，就可以用来源广、价格低、增肉率高的人工配合饲料喂养黄鳝，对今后防病治病、投喂药饵有好处。二是要调整黄鳝的摄食时间。野生黄鳝多在晚上出洞觅食，通过驯食，逐步调整投饵时间，使黄鳝在白天摄食。黄鳝驯食的时间通常需要40天左右，有些养殖者在驯食的中间阶段，看到有黄鳝在白天摄食，便停止驯化，其实这仅仅是部分黄鳝对驯食工作产生了条件反射，还有很多黄鳝还处在摄食饲料的转化期，需要进一步加强和巩固。
大多数养殖者以投喂蚯蚓、小杂鱼等活饵料为主，很少有投喂人工配合饲料。投喂小杂鱼等活饵料的黄鳝，多因营养不全面，黄鳝生长缓慢，饵料系数高，加上活饵料生产缺乏连续性，时饱时饥，会引起黄鳝自相残杀，也易诱发肠炎病、细菌性烂尾病等，导致养成的黄鳝规格参差不齐、大小不一，产量低下。仅靠活饵料已不能满足规模化生产的需要，投喂配合饲料已是大势所趋，然而，由于目前黄鳝专用配合饲料的生产厂家太少，黄鳝养殖户不易直接购买，且因路途遥远，即便购买也必须负担高额的运输费用，无形中增加了养殖成本。
目前，日本、新加坡等国家开发的立体集约化养鳝，集约化程度高，单层产量达50千克/米 2 。我国目前集约化养鳝单产为10~20千克/米 2 ，与先进国家比较尚有差距，集约化养殖技术有待提高。
病害是集约化养殖中最难处理的问题，随着养鳝集约化的发展，鳝病越来越多，据不完全统计，目前各类鳝病已达30余种，这方面的研究又滞后于生产发展，黄鳝的疾病已成为制约生产发展的主要因素，很多养殖户因为对病害防治不及时而造成养殖失败。