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通过调查发现，泥鳅养殖存在的迫切需要解决的问题主要表现在如下几个方面。
泥鳅养殖尤其是池塘单养，具有苗种放养密度大、饲料用量大的特点，现在仅每亩苗种成本就在2万元左右。如果赶上苗种和饲料价格上涨，在成品销售不变情况下，养殖效益就会大幅下降。
首先，野生捕捞的泥鳅苗种质量不过关、数量不足。①泥鳅苗种鱼龙混杂、以次充好，如将生长速度慢、长不大的花鳅等泥鳅品种作为泥鳅苗种出售，养殖户辛辛苦苦一年下来，泥鳅增重都不到1倍，损失惨重，甚至有些养殖户为了减少亏损，把养了1年后长不大的泥鳅冒充泥鳅苗种出售。②目前泥鳅养殖苗种在较大程度上依赖野生资源，野生苗种一般采用药捕、电捕等对苗种伤害较大的捕捞方式收集，再经高密度暂养、长途运输这些环节，极易导致苗种体质下降，造成成鳅养殖的成活率低，且生长速度慢。③野生泥鳅生存环境的破坏致使野生资源越来越少，人工繁育苗种缺乏和良种选育的滞后，市场缺乏优质苗种，导致泥鳅苗种价格高位。
其次，大规格苗种培育成活率低，不能进行规模化生产。目前泥鳅人工苗种主要是供应泥鳅水花苗和夏花寸片，由于大规格苗种培育技术尚未成熟，导致从人工苗种到大规格苗种的成活率很低，许多养殖户外购拿回去进行养殖的风险非常大，即使是经过人工饲料驯化了的夏花寸片，也要在经过苗种培育试验后再考虑大量引种养殖，否则养殖风险会大大增加。
目前各地兴起泥鳅池塘高密度规模化养殖方式。虽然泥鳅具有适应性强、疾病发生少、成活率高等特点，但在当前野生苗种质量差、人工繁育的优质苗种数量少、苗种价格高、养殖成本不断提高和缺少优质可靠的泥鳅配合饲料的情况下，高密度集约化养殖方式的风险急剧上升。池塘高密度规模化养殖方式塘口面积小，池塘建造与防逃设施等费用高，高密度养殖常常导致增重倍数低，收获时成鳅商品规格小，很难养成20~40尾/千克的大泥鳅。另外，以前一些池塘高密度规模化养殖是以赚取地区差价、季节差价为目的，为方便集中销售而以暂养为主、养殖为辅的养殖方式。随着近年来泥鳅野生资源减少及差价越来越小，这种养殖方式已逐渐失去了它的优势。现阶段需要尽快做出调整，探索新的养殖方式，实行养殖方式的多元化来规避养殖风险。
由于泥鳅特殊的食性，天然饵料远不能满足规模化生产的需要，投喂优质、稳定的全价配合饲料是必然的选择。目前用于泥鳅养殖的全价配合饲料良莠不齐，质量不能保证。
一般外销为主，主要是由江苏连云港市赣榆区收购出口韩日市场，价格会受到压制。部分泥鳅产品兼顾国内大中城市消费市场。
做大做强泥鳅养殖，保持渔业产业环保与节约型优势，推进泥鳅养殖产业发展，苗种是前提，设施是基础，模式是关键，水质是难点，病害靠预防，生态是方向，努力打造泥鳅生态养殖基地和现代设施渔业高地，拓展农民增收致富的重要途径。
随着养殖户的逐步增多及规模的扩大，苗种需求量会越来越大，现阶段人工苗种繁育技术还未完全掌握。以科研院所和苗种繁育场为支撑，加大科研投入，力争早日突破苗种生产技术瓶颈，实现泥鳅大规格苗种规模化生产，摆脱对野生苗种的依赖，解决苗种质量、数量和提高苗种成活率的问题。同时积极开展泥鳅的遗传育种工作，选育适合本地气候条件、生长速度快、抗病力强的优质良种资源，通过实现规模化苗种培育，从而确保源源不断向市场提供优质苗种。
采取有效措施，有效降低养殖风险，提高生产质量效益。在泥鳅池塘高密度规模化养殖模式下，养殖风险大大增加，因此积极探索泥鳅与四大家鱼或螃蟹套养、大面积池塘主养模式、绿色无公害的稻田养殖等模式，可大大降低苗种投放量、饵料投喂量，进行合理密度养殖以获取更大的增重倍数，从而降低饵料系数，提高商品泥鳅规格。充分利用农村的藕田、菱田、稻田等，进行泥鳅小苗到大规格苗种的培育，在不影响藕、菱、稻产量的情况下，生产大规格优质苗种，用于池塘精养或鱼池套养，力求用尽量低的养殖成本来规避养殖风险，创造最大效益。通过建立示范点、到现场观摩、听示范户介绍、举办多种形式的培训交流活动、总结推介成功典型等措施，示范推广种养结合的生态高效模式，不断提高从业人员的素质，实现养殖管理科学化、规范化，从而生产出无公害泥鳅产品。
目前，质量可靠信得过的有关泥鳅苗种培育阶段人工开口料、驯食的稚鱼粉碎料、成鳅全价配合饲料市场上极为短缺，因此加强科研院所和饲料企业的合作，加大泥鳅专用料的研究与生产，为泥鳅规模养殖提供支撑。
把分散的养殖户联合起来，及时交换市场需求信息。推进专业合作社申请直接出口销售，推行养殖标准化、生态健康养殖，促进泥鳅出口质量稳步提升，推动泥鳅养殖上规模、创品牌，同时开拓国内国外两个市场。政府有关部门应建立专项扶持政策，加大扶持力度，将泥鳅规模养殖基地纳入现代渔业转型升级奖补范围，建立协调机制帮助解决养殖过程中出现的问题，促进泥鳅产业的健康发展，让泥鳅养殖为农民带来更多的实惠。