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养殖后的废水有机物含量高，其本身也是引起水域二次污染的主要原因之一。但目前绝大部分都未经处理直接排放，造成二次污染。不达标的养殖用水和养殖后的废水必须进行处理，才能用于泥鳅养殖。养殖用水和废水处理的目的就是用各种方法将污水中含有污染物质分离出来，或将其转化为无害物质，从而使水质保持洁净。根据所采取的科学原理和方法不同，可分为物理法、化学法和生物法。
在养殖用水和废水中，往往含有较多的悬浮物（如粪便、残饵等）或其他水生物，为了净化或保护后续水处理设施的正常运转，降低其他设施的处理负荷，要将这些悬浮或浮游有机物尽可能用简单的物理方法除去。处理方法包括栅栏、筛网、沉淀、气浮和过滤等。
常用的简单、经济、可行的方法是用生石灰进行水质、底质改良。底质常用生石灰化水即泼洒的方法；池水则以每亩10~15千克生石灰化水泼洒，能产生净化、消毒和改良水质、底质的效果。
生物处理方法很多，在泥鳅养殖中一般可采用以下方法：
目前利用某些微生物将水体或底质沉淀物中的有机物、氨氮、亚硝态氮分解吸收，转化为有益或无害物质，从而达到水质（底质）环境改良、净化的目的。这种微生物净化剂具有安全、可靠和高效的特点。目前这一类微生物很多，统称有益细菌（effective microbes，EM）。在使用这些有益细菌时，应注意以下事项：
①严禁将它们与抗生素或消毒剂同时使用。
②为使水体中保持一定的浓度，最好在封闭式循环水质中应用，或施用后3天内不换水或减少其换水量。
③为尽早形成生物膜，必须缩短潜伏期，所以应提早使用。
④液体保存的有益细菌，其本身培养液中所含氨氮较高，也应提前使用。
水体中氮、磷和有毒有害物质也可通过水生植物吸收、分解净化，在采收这些水生植物时即可从水体中带走过多的氮、磷及有毒害物质。
养殖水质必须严格按照生产技术规范操作，建立水质监测制度，及时调控水质，并进行废水处理，防止养殖生产的自身污染。