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泥鳅的食性很广，是偏好动物性饵料的杂食性鱼类。在泥鳅胃中的食物团里腐殖质、植物碎片、植物种子、水生动物的卵等的出现率最高，约占70%，其他如硅藻、绿藻、蓝藻、裸藻、黄藻、原生动物、枝角类、桡足类、轮虫等约占30%。人工养殖中能摄食商品饵料。泥鳅与其他鱼类混养时常以其他鱼类的残饵为食，甚至以其他鱼类的粪便为食，所以泥鳅也被人们称为池塘的“清洁工”。
泥鳅在生长发育的不同阶段摄取食物的种类有所不同。泥鳅在全长为3~5厘米时，喜食腐殖质、小型甲壳动物、昆虫等，胃肠食物团中，泥沙和腐殖质的重量比例高达70%，生物饵料的重量只占30%。泥鳅全长在5~8厘米时，喜食水中浮游动物、丝蚯蚓等，偶尔也食藻类、有机碎屑和水草的嫩叶与芽等。当泥鳅全长在8~10厘米时，食性偏杂，主食大型浮游动物、碎屑、藻类和高等水生植物的根、茎、叶、种子，也食部分微生物。在泥鳅生殖时期食量比较大，雌鳅食量比雄鳅更大，以满足生殖时期卵黄积累和生殖活动的需要，饥饿时甚至会吞食自产的受精卵。
泥鳅白天潜伏泥中，晚上出来吃食，在一昼夜中有两个明显的摄食高峰，分别是7：00—10：00和16：00—18：00，而早晨5：00左右是摄食低潮。它用口须寻找食物，发现食物后用口须挑选一下，把可口的吃掉，不可口的丢掉。它贴着水底，边挑边拣，边吃边走，一路寻寻觅觅，走走停停，一会儿就把肚子填饱了。泥鳅习惯在夜间吃食，但在产卵期和生产旺盛期间白天也摄食。在人工养殖条件下，经过驯化也可改为白天摄食。
泥鳅的食管短且较细，有利于选择性细泥的顺利通过。肠道粗且短，无盘曲，前段约1/3部分膨大形成“T”形胃，有利于大量储食；中部盘曲，有3~5个螺旋弯曲；后肠直且逐渐变细，对动物性饵料消化速度比植物性饵料快。泥鳅贪食，如投喂动物性饵料时会因贪食过量而影响肠呼吸，并产生毒害气体而胀死。当水温为15℃时泥鳅的食欲增高，水温24~27℃时食欲最旺盛，水温30℃以上时食欲减退。泥鳅在生殖时期食量比较大，雌鳅比雄鳅更大，以满足生殖时期卵黄积累和生殖活动的需要。
在人工养殖条件下，可以利用施肥培养生物饵料来喂养幼鳅；培育成鳅可投喂螺蛳、蚯蚓、蚕蛹粉、河蚌肉及禽畜内脏等肉食类饲料，并搭配一定比例价格较低廉的植物饲料，如米糠、麸皮、豆渣、三等面粉及老菜叶、弃置的瓜果类等。