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泥鳅是较为常见的个体较大的鳅科鱼类，一般成熟时体长10~15厘米，最大个体长30厘米左右，其体较小而细长，前半部分呈亚圆筒形，腹鳍以后渐渐侧扁。体长为体高的5.8~8.6倍，为头长的5.5~6.7倍，为尾柄长的5.7~7.3倍。头长为吻长的2.2~2.7倍，为眼径的6.6~10倍，为眼间距的4.6~5.4倍。尾柄长为尾柄高的1.3~1.8倍。
泥鳅头部较尖，近锥形，吻部向前突出，倾斜角度大，吻长小于眼后头长。口小，亚下位，呈马蹄形。唇软，有细皱纹和小突起。有5对口须，其中吻端1对，上颌1对，口角1对，下唇2对。口须最长可伸至或略超过眼后缘，但也有个别的较短，仅长达鳃盖骨。泥鳅的这5对须对触觉和味觉极敏锐。泥鳅的眼很小，并覆盖有皮膜，上侧位视觉不发达，只能看见前上方的物体。但它的5对须极其发达，须的尖端有能辨别微弱气味的味蕾，可有效地弥补其视力衰退的不足，是寻觅食物的灵敏的“探测器”。头侧有1对鳃孔，内有鳃，鳃孔小；鳃耙退化，呈细粒状突起。鳃裂止于胸鳍基部。泥鳅头部无鳞，体表鳞极细小，圆形，埋于皮下。侧线鳞125~150枚。
泥鳅的皮下黏液腺发达，体表黏液丰富。体背及体侧2/3以上部位呈灰黑色，布有黑色斑点，体侧下半部灰白色或浅黄色。泥鳅头部无鳞，鳃孔至肛门的躯干部有细小的圆鳞埋于皮下。侧线鳞141~150枚。栖息在不同环境中的泥鳅体色略有不同。
泥鳅躯干部常有胸鳍、背鳍和腹鳍。胸鳍不大且雌雄异形（图3），位于鳃孔后下方。背鳍无硬刺：共有鳍条11根，其中不分支鳍条为3根，分支鳍条为8根。背鳍与腹鳍相对，但起点在腹鳍之前，约在前鳃盖骨的后缘和尾鳍基部的中点。腹鳍距胸鳍较远，鳍短小，起点位于背鳍基部中后方，腹鳍不达臀鳍。尾鳍呈圆形。胸鳍、腹鳍和臀鳍为灰白色，尾鳍和背鳍具有黑色小斑点，尾鳍基部上方有显著的黑色斑点。
图3 雌雄泥鳅的胸鳍
泥鳅具咽齿一行。肠较短，直线分布于腹腔，其壁薄而富有弹性。鳔小，呈双球形，前部包裹在骨质囊中，后部细小而游离于腹腔中。泥鳅的肠壁很薄，具有丰富血管网，能进行气体交换，有辅助呼吸的功能。