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细胞学诊断在目前的医疗条件下，由于其方便或无创性，在临床上展开越来越广泛的应用，同活检相比，其可靠性也是相当高。但对于容易切取活检的病变，例如皮肤和口腔，脱落细胞学诊断几乎没有价值。一般来说，细胞学家可以做出一定数量的假阴性诊断，但假阳性诊断却不应该发生。在书写细胞学诊断时，尽可能采用与组织学同样的术语，不能确定细胞是否为恶性的病例，可将其报告为“可疑”，不排除要求再次送检。
对于某些器官，比如宫颈，在进行决定性的治疗之前，要通过常规活检来证实细胞学诊断。但对于另外一些器官，比如肺部阴影，如果支气管细胞学为阳性，就可以进行明确的治疗，即使活检是阴性的。
液基薄层细胞学制片技术（LCT）的应用可有效地减少非特异性的背景，使涂片更加清晰。